だが、その年の7月1日、H是都M(元々「雙六エクスタシー」の時点でヒイズミマサユ機としてジャズバンド「PE'Z」(2002年メジャーデビュー)のkeyで活躍しており、PE'Zの活動も海外ライブが行われるなど活発になっている時だった)と晝海幹音の二人が、それぞれの活動のためにバンドを離れることを発表した。

※左からH是都M、晝海幹音、椎名林檎、亀田誠治(師匠)、刄田綴色。

第2期

メンバー

椎名林檎 - ボーカル

亀田誠治 - ベース

刄田綴色 - ドラムス

伊澤一葉 - キーボード

浮雲 - ギター

サード・シングル「修羅場」とセカンド・アルバム『大人（アダルト）』の製作に合わせ、伊澤一葉(H是都Mの元バンド仲間)と浮雲(ソロ時代からの椎名の知人)の2名がバンドに参加。この2人が加わったことにより、解散まで続く第2期のラインナップとなった。また、シンボルマークが折り鶴から孔雀になった。

2011年2月23日には7作目のシングル「空が鳴っている／女の子は誰でも」（両A面）をリリースする予定だったが、同年2月10日に刄田が公務執行妨害で逮捕されたため、発売延期とプロモーション活動の自粛を発表。

3月14日に刄田は略式裁判により罰金刑となった為、協議の結果4月5日から活動を再開する事となった。今回の一連の件に関して、刄田は公式ウェブサイトにて謝罪している。

2012年1月11日に解散を発表し、2012年2月29日（閏日）をもって解散。

※左から、浮雲、伊澤一葉、椎名林檎、師匠、刄田綴色。

解散後

椎名林檎はソロ名義で第2期メンバーの浮雲及び第1期メンバーのH是都M(と同一人物と目されるヒイズミマサユ機)との活動を活発に行っている。
H是都Mと同一人物と目されるH ZETT Mは2013年よりインストバンドH ZETTRIOとして活動。
浮雲は自身のバンド・ペトロールズの活動やソロ活動も忙しい模様。星野源のサポートなども。
師匠は相変わらずプロデューサーしたりすごい賞をたくさん取ったり恩返ししたりマルちゃん麺づくりを食べたりしてる。
その他、わっちやとしちゃん、ミッキーも各自自分のバンドや色々なアーティストのサポートなどで精力的に活動。

再結成をほのめかす動き

2016年に配信された椎名林檎の「ジユーダム」（NHK「試してガッテン」テーマ曲）では久しぶりに第2期メンバー全員がそろう。ジャケットには林檎マークの上に孔雀マークも描かれている。
2016年リオデジャネイロオリンピックでは椎名林檎が閉会式に携わり、自身の曲とH ZETTRIOの曲を効果的に使用したTOKYO SHOWは好評だった。また、パラリンピックでも浮雲の歌う曲が用いられた。
2016年12月31日の第67回NHK紅白歌合戦では椎名林檎のバックバンドとして2度目の紅白出場を果たす。また、背景では「ただならぬ関係」のPVが流される、出演時間が20:16〜20:20など全体に「東京事変」と「オリンピック」が意識されたものだった。
2020年1月1日に「再生」が発表され、再生装置に再び電源が入れられた。

再生▶︎

2020年元日、新曲「選ばれざる国民」を突如配信リリース。同時にライブツアー「ニュースフラッシュ」開催が発表される。
「ニュースフラッシュ」の一部公演が新型コロナウイルスの影響で中止される。
4月8日、再生後初のアルバム「ニュース」リリース。「color bars」を意識したジャケットでファンを沸かせた。
「TOKYO2020」の開会式予定日だった7月24日にNHKホールにて無観客ライブを開催。9月に「東京事変２Ｏ２Ｏ.７.２４閏vision特番ニュースフラッシュ」と銘打ち、映画館での上映とweb配信が実施された。のちにDVD/BD化される。
8月12日、シングル「赤の同盟」リリース。配信という形態であるが、のちにアルバム「音楽」の初回限定特典としてマキシシングル化される。
2021年元日、活動は2020年で終わらないことを公式ティザー映像で宣言。
6月9日、約10年ぶりにフルアルバム「音楽」を発表。
12月22日、全期通して初のベストアルバム「総合」が発売。
2022年2月4日、「ふつうとは」配信リリース。
5月1日、「私生活　新訳版」配信リリース。

音楽性

一期と二期では演奏スタイルや楽曲のジャンルがやや異なるうえ、常にサウンドが変化しているバンドとも言える。初期は椎名がほぼ全曲作曲していたため、椎名のソロ時代のようなロック系のサウンドが多い。二期は新しいメンバーのバックグラウンドであるジャズやカントリー、ポップスの要素が取り入れられ、より多彩な楽曲が作られるようになった。

また、一期はアグレッシブでハードなパフォーマンス性の高い演奏スタイル、二期は、よりバンド全体のバランスを考慮した統率のとれた演奏スタイルである。

CD製作においてはオーバーダビング等の作業を減らし、バンドサウンドへの強いこだわりを持っている（しかし『大人』のレコーディングは伊澤が腱鞘炎の悪化により同時録音できず、後で一人で演奏したものを重ねている）。

バンドメンバーについては、個々が独自の音楽性を確立するプレイヤーで構成されており、演奏技術、コンポーズ能力ともに非常に高い。故に、ライブにおいてはCD音源とは異なった多様かつ高度なアレンジが展開される。

ディスコグラフィー

シングル

枚	リリース日	タイトル	メンバー
1st	2004年9月8日	群青日和	1
2nd	2004年10月20日	遭難	1
3rd	2005年11月2日	修羅場	2
4th	2007年7月11日	OSCA	2
5th	2007年8月22日	キラーチューン	2
6th	2009年12月2日	能動的三分間	2
7th	2011年5月11日	空が鳴っている / 女の子は誰でも	2
(8th)	2021年6月9日	赤の同盟	2

※その他、2011年11月2日に椎名林檎名義でリリースされたシングル「カーネーション」は本来東京事変の名義でリリースするつもりだったため、収録された3曲全てが東京事変を中心とした構成であるため、事実上は東京事変のシングルとも言える。

※「赤の同盟」はデジタルシングルとしてリリースされ、物理CDはアルバム「音楽」の特典としてのみ存在。

アルバム

枚	リリース日	タイトル	メンバー
1st	2004年11月25日	教育	1
2nd	2006年1月25日	大人（アダルト）	2
3rd	2007年9月26日	娯楽（バラエティ）	2
4th	2010年2月24日	スポーツ	2
5th	2011年6月29日	大発見	2
6th(mini)	2012年1月18日	color bars	2
live	2012年2月15日	東京コレクション	1+2
c/w	2012年8月29日	深夜枠	1+2
(BOX)	2013年2月27日	Hard Disk	1+2
7th(mini)	2020年4月8日	ニュース	2
8th	2021年6月9日	音楽	2
best	2021年12月22日	総合	1+2

※「東京コレクション」以外の単独アルバム作品はチャンネル名などテレビにちなむ名称が付けられている。バンドサウンドと電波の帯域（バンド）をかけているという。

※「Hard Disk」には限定配信曲やDVD収録バージョンなどのアルバム未収録曲およびオリジナル曲「BON VOYAGE」(作詞作曲：浮雲、ピアノ：H是都M)が収録された「Recovery Disc」と「教育」収録曲の「サービス」の別アレンジ(インスト)が収録されたUSBメモリーが含まれている

アナログ版

リリース日	タイトル	メンバー
2004年11月25日	群青日和／遭難	1
2006年3月23日	ADULT VIDEO ORIGINAL SOUND TRACK	2
2007年11月21日	娯楽（バラエティ）増刊号	2
2021年9月29日	教育	1
2021年9月29日	大人	2
2021年9月29日	娯楽	2
2021年9月29日	スポーツ	2
2021年9月29日	大発見	2
2021年9月29日	音楽	2

映像作品

PV集

リリース日	タイトル	メンバー
2004年12月8日	tokyo incidents vol.1	1
2006年3月23日	ADULT VIDEO	2
2007年11月21日	閃光少女	2
2011年9月21日	CS Channel(BD&DVD)	2
2013年2月27日	Golden Time(BD＆DVD)	1+2
2022年12月22日	Prime Time(BD＆DVD)	1+2

ライブビデオ

発売日	タイトル	メンバー
2005年7月13日	Dynamite in	1
2005年8月17日	Dynamite out	1
2006年9月6日	Just can't help it.	2
2010年3月26日	Spa & Treatment(会場版)	2
2010年8月25日	Spa & Treatment(一般販売版)	2
2010年8月25日	ウルトラC(DVD)	2
2010年9月8日	ウルトラC(BD)	2
2012年2月15日	Discovery(BD＆DVD)	2
2012年6月13日	Bon Voyage(BD＆DVD)	2
2012年8月29日	珍プレー好プレー(BD＆DVD)	1+2
2021年4月14日	2020.7.24閏vision特番ニュースフラッシュ	2