1967年4月1日に海洋に関する博物館事業行う計画が発足し、当初はイギリスの豪華客船クイーン・エリザベスを購入して展示場として使用する予定だったが、各種の問題で買収を断念、結局本館はクイーン・エリザベス2世をモデルとした大型客船風の建物として建造された。
1974年7月20日に開館。東京臨海副都心、いわゆるお台場で最初に開設された施設のひとつであるが、ここだけ品川区東八潮だったりする。
船舶や海運、海洋開発、海上保安といった海事関連全般について展示している施設のほか、海上保安庁の東京港内交通管制室等もある。
現在、本館は2011年9月30日より無期限休館中であるが南極観測船宗谷を中心にミニ展示場、野外展示の公開と各種体験教室等の開催により博物館活動を継続中。
かつては青函連絡船羊蹄丸や二式大艇も公開されていたが、二式大艇は2003年12月に海上自衛隊に譲渡され、2004年3月に海上自衛隊鹿屋航空基地に移設された。
羊蹄丸は本館の休館に伴い2011年9月30日をもって展示を終了。
本館で宇宙鉄人キョーダイン、うたう!大竜宮城のオープニングの撮影が行われた。また、船の科学館敷地内にある大瀬崎灯台は仮面ライダーV3の最終回にてデストロンのアジトの入口として使用された。
2021年には艦隊育成型シミュレーションゲーム「艦隊これくしょん -艦これ-」に“宗谷”が実装されたことから科学館がツイートしている。
船の科学館
ふねのかがくかん
東京臨海副都心地域にある海事博物館(メイン画像左隅)。
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