概要
キャッチコピーは「すべての「G」がここに！」。タイトルはこの時点で予定されていた次作（仮称『00』、後の『F』）との繋がり（『0』）を意識して『ZERO』と命名された。
登場するユニット数は700体以上、登場キャラクターは500人以上となっている。シチュエーションモードは、前作から更に『ガンダム・センチネル』『機動戦士ガンダムF91』『機動戦士Vガンダム』のシナリオを追加した全50ステージが用意されている。前作では1ステージのみだった『機動戦士ガンダム第08MS小隊』『機動戦士ガンダム外伝』『機動戦士ガンダム0080ポケットの中の戦争』もストーリー全体が収録されており、登場ユニット数約700、全50ステージが用意されている。また、一部のステージは前半戦において特定の条件を満たすことで後半戦に進めるようになっており、実質80近い戦闘をプレイすることができる。また、キャンペーンモード（操作できるのはゲストユニットのみで自軍オリジナル部隊の出撃が不可能）も用意されており、こちらでは『機動武闘伝Gガンダム』『新機動戦記ガンダムW』『機動新世紀ガンダムX』が各1ステージだけプレイ可能。
システム
本作からシリーズの根幹となる以下のシステムが登場した。
レンタルキャラクターは仕様が変更され、シチュエーションモードにおいてキャピタルを支払うことでクリアしたシナリオのキャラクターを1ステージに限り使用が可能になった。また、特定の機体とパイロットの組み合わせで専用機が登場することもあるため、MSプロフィールを100%にするには欠かせない。なお、レンタルキャラクターには同一人物を同時に複数登場させることは不可能（例えば『1st』のシャア・アズナブルと『Ζ』のクワトロ・バジーナ）という制約がある。また、特定の機体を入手することでそれに応じたキャラクターがレンタルリストに登録されるようになった。
戦艦には艦長の他にブリッジクルーを配置可能になった。例えば操舵能力の高いキャラクターを操舵手にすれば戦艦の回避率が上昇し、整備能力の高いキャラクターを整備士にすれば、搭載した機体のHP・ENの回復量が上昇する。
敵を撃破したり、敵の攻撃を回避することでパイロットのやる気が上昇するテンションシステムが導入された。最高テンションの「超強気」になると攻撃が必ずクリティカルヒットするようになる。戦艦以外のユニットが敵を倒せばボーナスステップが発生し、続けて行動可能になる。
機体のレベルを「ACE」まで上げることで、その機体を生産リストに加えることが可能になるACE登録が導入された。これは主にゲスト軍の機体を入手するために用いる。また、一部ACE登録を利用しないと入手できない機体も登場した。なお本作では生産可能な機体は生産リストに加えないとMSプロフィールに登録されないため、捕獲と開発で入手した機体をMSプロフィールに登録するにはACE登録を利用する必要がある。ACEレベルまで上げた機体を「改造」することでさらなる強化を図ることもできる。
本作のみモビルファイターは一切エネルギーを消費しない他、ガンダムローズのローゼス・ビットが必殺技ではなくサイコミュ兵器の扱いになっているため、搭乗者のジョルジュ・ド・サンドがニュータイプ扱いになっている。以降の作品ではどちらも変更されている。
余談
なお初回版では、MSプロフィールにゾアン、ダギ・イルス（白）、コア・ファイター（Vガンダム）の3機が登録されないため、絶対に100%にはならないというバグがある。『コミックボンボン』の応募者全員サービスでプレゼントされた『スペシャルムービーディスク』と、後に発売された『F.I.F』には、本作のプロフィール100%のプレミアムセーブデータが収録されている[4]。
通常版に同梱されている「機動戦士ガンダムギレンの野望ジオンの系譜機密映像DISC特別篇」には、『ジオンの系譜』のムービーや機体解説の他に『サイレントボマー』の体験版も収録されている。
登場声優の扱い
スレッガー・ロウは、劇場版で同役を演じた井上真樹夫に変更された。
