概要
現実世界における錬金術師たちは、卑金属から金を作ることを夢見ていたが失敗し、その研究過程が化学の礎となった。
『武装錬金』においても表向きはそういうことになっているが、実際は錬金術師たちは二つの成果を得るに至っている。一つは錬金戦団の使用する核鉄を闘争本能に呼応して特殊な武器に変身させる「武装錬金」であり、もう一つが「フラスコの中の小人」と呼ばれる人造生命体、ホムンクルスである。
ホムンクルスは胎児に似た姿をしており、これ単体ではフラスコから出ても接触機能を持たないため1日と持たず餓死する。ホムンクルスが活動するにあたっては生きた人間に寄生させる必要があり、ホムンクルスが脳まで到達した場合、その人間は一生ホムンクルスとなり二度と人間に戻れなくなる。（文庫版書き下ろし『武装錬金アフターアフター』において、錬金戦団が「ホムンクルスの細胞から作ったクローンにホムンクルスの脳を移植すれば人間として暮らせるのではないか」という研究を行っている旨がヴィクターの口から語られている）。
錬金術の基本が等価交換である以上、無からいきなりホムンクルス（幼体）を作り出すことはできず、何らかの生物細胞をベースに培養していく必要がある。
後述の食人性より錬金戦団からは駆除の対象と見なされており、人間を襲い次第、一切の弁明の余地もなく殺害される。そもそも錬金戦士の多くは、ホムンクルス災害における生存者または遺族により構成されている。
ただしヴィクター・パワードが蝶野一派やLXEの残党をまとめ上げたことにより、目立った活動をしていたホムンクルスたちはヴィクターの傘下に収まり月へと移住した。
生物的特性
ホムンクルスは極めて危険な生命体であり、人間を常食とする。
彼らは基本的に水も食料も、それどころか酸素すら生命維持に何ら必要ない超生物であるが、母体となっている「人間」に回帰するという盲目的な渇望を有しており、それ故に彼らは人間を殺し、その死体を貪り食う習性を有する。その原理故か、人間を辞める気マンマンでパピヨンとなった蝶野攻爵は自分の意思で食人衝動を抑え、以降も全く発現していない。
捕食に際しては動物型は口から摂取するが、人間型の場合は掌から一瞬で吸収することもできる。小説『//』によれば「年寄りは不味い」「子供の肉は集団の上位に献上するべき」といった嗜好があるとのこと。
そうした思考回路を有するホムンクルスが一定の指揮系統を有して徒党を組んだ場合は非常に厄介であり、大事故や自然災害に見せかけ、膨大な量の人間を一斉に捕食するといった最悪の事態を招くこともある。
また、先述した「餓死も窒息死もしない」という特性から推察される通り、彼らは基本的に殺されない限り死ぬことはない。ホムンクルスになった者はその時点から一生年を取らず、軽く数世紀はそのままの姿でいる。
更に彼らには驚異的な再生能力があり、体にある章印（ハートマークを上下互い違いに合わせたような形）を潰さない限り、どれだけズタボロにしても見る見るうちに身体がつながって再生してしまう。このように物理攻撃に対しては極めて高い耐久性を有するホムンクルスであるが、武装錬金による攻撃は普通に通用してしまうのが難点ともいえる（そのため、斗貴子さんには死ににくいことを利用されて痛めつけられたりしている）。
分類
動物型ホムンクルス
動物型、と名前は着くが、実際は植物をベースにしても該当する。
彼らは普段は宿主と同一の姿に擬態しているが、捕食の際にはベースとなった生物を巨大化させ、その中から宿主の体（たいてい首）が突き出した不気味な姿に変形する。
動物型ホムンクルスは宿主の記憶と人格を有しているものの、ホムンクルス本体の凶暴な人格がその大半を占めているため、宿主としての人生は残念ながら寄生された瞬間お陀仏となる。あくまで、本体が宿主っぽく振る舞っているだけに過ぎない。そのため、パピヨンの作ったホムンクルスたちはいずれも元々蝶野を見下していたが、ホムンクルスとなってからはショッカー怪人の如く忠誠を誓っている（特にもっとも完成度が高い鷲尾は、半ばオオワシの人格と鷲尾本人の人格が混和していた）。そのため、ホムンクルスを駆除する錬金戦団側にとっても、ある日突然態度が一変した人などは「ホムンクルスに成り代わられたか？」と目星を付ける目安になる。
人間型ホムンクルス
ベースとなる幼体の細胞に、動植物ではなく宿主自身の細胞を使うホムンクルス。
いわばホムンクルスのエリート的存在であり、宿主の人格が完全に反映される。
人間の最大の特徴、すなわち自分の意思で道具や武器を作り使いこなす能力を有しているため、動物型の使用できない核鉄で武装錬金を生成することができる。
なお人間型の章印は全て左胸に刻まれている。
ホムンクルス調整体
LXEが粗製乱造したホムンクルス。信奉者たちをドクトルバタフライが片っ端からホムンクルスに寄生させた成れの果てであり、様々な動植物の細胞を混ぜ込んで作ったため、白いとんがりコーンのような醜い化け物に成り果て、知能も完全に喪失してしまった。
多いのだけが取り柄で、銀成高校襲撃の際には捨て駒として使い潰され、カズキと斗貴子に枯れ葉のように消し飛ばされていった。
互いを捕食しあうことで巨大な蝶・成体に融合することもできる。
作中に登場するホムンクルスに関する団体
以下、人間型は太字で表記
蝶野一派
序盤の敵である蝶野攻爵/パピヨンの作り出した19体（蝶野本人が20体目）のホムンクルス。うち1体は斗貴子に寄生した。
残る18体は蝶野が嫌悪した人物が無理矢理ホムンクルスにさせられてしまった姿であり、カズキと斗貴子に全滅まで追い込まれるも、蝶野がニュートンアップル学園から盗んだ技術によりクローン化された。
LXE（the League of eXtraordinary Elects）
超常選民同盟の名を持つ北関東のホムンクルス信奉団体。
赤銅島襲撃犯
小説『//』に登場したホムンクルス軍団。斗貴子さんの故郷である赤銅島を滅ぼした張本人であり、人間型ホムンクルス3体と動物型9体で構成されている。若き日の錬金戦団により、村全滅と引き換えに殲滅されたかに思えたが…。
邪空の鳳＜キング・オブ・ダークフェニックス＞
小説『/Z』に登場するホムンクルス軍団。人間型1体と、9体の翼持つ動物型で構成。飛行機を襲撃し、乗員乗客を全滅させてから撃墜、墜落事故に見せかけ始末する悪辣な集団。
その他
- ヴィクトリア・パワード
- ヴィクトリア・パワード（人間に戻った後自ら志願しホムンクルスとなる）
