原案はジュール・ヴェルヌのSF小説『海底二万里』及び『神秘の島』。
NHK総合で1990年4月13日から1991年4月12日の毎週金曜日19:30-20:00に放送された。全39話。
NHK教育でも2004年4月7日から2004年12月30日にかけて再放送があったが、同年10月23日に発生した新潟県中越地震に配慮して、災害直後に放送された第30話では地震によって地割れが発生する場面がカットされた。
翌週は特番により放送休止となり、その後31話を飛ばして32話から放送が再開された。
2012年4月7日よりNHK教育にてデジタルリマスター版が放送開始。
19世紀を舞台に、発明好きの少年・ジャンと青い宝石「ブルーウォーター」を持つ少女・ナディアが巻き込まれ、古代アトランティスの超科学文明を利用して世界征服を企む秘密組織・ネオアトランティスとそれを阻止しようとする万能潜水艦ノーチラス号の戦いを描く。
設定やストーリー展開などにジブリの『天空の城ラピュタ』と似た要素が多いが、これは両作が宮崎駿がNHKでのTVシリーズとして用意した設定を下敷きにしているためである。
登場キャラクター
- ナディア・ラ・アルウォール（CV:鷹森淑乃）
- ジャン・ロック・ラルティーグ（CV:日高のり子）
- マリー・エン・カールスバーグ（CV:水谷優子）
- キング（CV:桜井敏治）
- グランディス・グランバァ（CV:滝沢久美子）
- サンソン（CV:堀内賢雄）
- ハンソン（CV:桜井敏治）
- ネモ / エルシス・ラ・アルウォール（CV:大塚明夫）
- メディナ・ラ・ルゲンシウス・エレクトラ（CV:井上喜久子）
- エーコー・ウィラン（CV:松本保典）
- 機関長（CV:島香裕）
- 操舵長（CV:田原アルノ）
- 航海長（CV:清川元夢）
- 水準操作員（CV:桜井敏治）
- イコリーナ・エッチーノ（CV:井上喜久子→水谷優子）
- デンギル・エッチーノ（CV:藤本譲）
- 科学技術部長（CV:清川元夢）
- フェイト（CV:関俊彦）
- ガーゴイル / ネメシス・ラ・アルゴール（CV:清川元夢）
- ネオ皇帝 / ビナシス・ラ・アルウォール（CV:塩沢兼人）
- エアトン・グレナバン（CV:山寺宏一→辻谷耕史）
- ジャンの叔父（CV:増岡弘）
- ジャンの叔母（CV:藤夏子）
- メイビル（CV:大宮悌二）
- ハマハマ（CV:山口勝平）
- ゴンザレス（CV:江原正士）
- イリオン（CV:高木均）
- 宇宙人（CV:銀河万丈）
主題歌
オープニングテーマ
『ブルーウォーター』
歌：森川美穂、作詞：来生えつこ、作曲：井上ヨシマサ、編曲：ジョー・リノイエ
エンディングテーマ
『Yes, I will...』
歌・作詞：森川美穂、作曲・編曲：ジョー・リノイエ
各話リスト
| 話数 | サブタイトル |
|---|---|
| 第1話 | エッフェル塔の少女 |
| 第2話 | 小さな逃亡者 |
| 第3話 | 謎の大海獣 |
| 第4話 | 万能潜水艦ノーチラス号 |
| 第5話 | マリーの島 |
| 第6話 | 孤島の要塞 |
| 第7話 | バベルの塔 |
| 第8話 | ナディア救出作戦 |
| 第9話 | ネモの秘密 |
| 第10話 | グラタンの活躍 |
| 第11話 | ノーチラス号の新入生 |
| 第12話 | グランディスの初恋 |
| 第13話 | 走れ!マリー |
| 第14話 | ディニクチスの谷 |
| 第15話 | ノーチラス最大の危機 |
| 第16話 | 消えた大陸の秘密 |
| 第17話 | ジャンの新発明 |
| 第18話 | ノーチラス対ノーチラス号 |
| 第19話 | ネモの親友 |
| 第20話 | ジャンの失敗 |
| 第21話 | さよなら…ノーチラス号 |
| 第22話 | 裏切りのエレクトラ |
| 第23話 | 小さな漂流者 |
| 第24話 | リンカーン島 |
| 第25話 | はじめてのキス |
| 第26話 | ひとりぼっちのキング |
| 第27話 | 魔女のいる島 |
| 第28話 | 流され島 |
| 第29話 | キング対キング |
| 第30話 | 地底の迷路 |
| 第31話 | さらば、レッドノア |
| 第32話 | ナディアの初恋…? |
| 第33話 | キング救助作戦 |
| 第34話 | いとしのナディア♥ |
| 第35話 | ブルー・ウォーターの秘密 |
| 第36話 | 万能戦艦Ν-ノーチラス号 |
| 第37話 | ネオ皇帝 |
| 第38話 | 宇宙へ… |
| 第39話 | 星を継ぐ者… |
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ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q･･･楽曲のアレンジが使用されている。
