メインストーリーVol.1「対策委員会編」、Vol.3「エデン条約編」など、ブルーアーカイブのストーリーにおける黒幕的存在。
先生同様に「キヴォトスの外」から来た存在であるらしい、謎の集団。
先生同様、「キヴォトスの外」に属する存在だが、黒服曰く先生とは異なる領域の者。別の姿を持っていたが、何らかの理由で異形の姿となったようだ。

黒服によると、遥か昔、キヴォトスに神を再現するためにAI開発を行う研究機関が存在しており、その研究に対して援助活動を行っていた組織が『ゲマトリア』を名乗っていた。しかし、計画が頓挫し組織が解散した後に、その名前だけ拝借して使っているという。そのため、過去にキヴォトスで活動していたゲマトリアと、主人公である先生と対峙している現ゲマトリアは別物である。

メンバーは４人(厳密には５人)。目標や探求方法など、各々の考え方は異なっているが、どうやら『色彩』と呼ばれる謎の存在に対抗するために、キヴォトスの世界で神秘を手に入れ、解明しようと暗躍している。神秘の探求・研究のためならば、あらゆるものを利用する。

メインストーリーFinal.「あまねく奇跡の始発点編」にて「色彩」の襲撃を受け、メンバーは負傷。今まで入手した様々な武器や秘儀などを奪われて一時的に組織を解散することになる。

主要人物

黒服

黒いスーツを着た謎の存在。
詳細は個別記事にて。

マエストロ

タキシードを着た謎の存在。
詳細は個別記事にて。

ゴルコンダ&デカルコマニー

コートを着た首無しと、男性の後ろ姿の写真の二人組。
詳細は個別記事にて。

ベアトリーチェ

貴婦人の様な謎の存在。
詳細は個別記事にて。

フランシス

「あまねく奇跡の始発点編」に登場する、正面を向いた不気味な顔の肖像画。
詳細は個別記事にて。

ゲマトリアと関連する者達

デカグラマトン

人の手で新たな神を再現するという理念のもと、とある研究機関によって作られた超人工知能。
長い年月を経て、神の存在の証明に至る。
自らを「音にならない聖なる十の言葉」と称し、自身の信奉者となるセフィラから採られた10人の預言者と接触し、パスを拓いた。
この人工知能らは機械でありながら、キヴォトスにおける生徒たちと同じように頭上に光輪があるが果たして……

ミメシス

複製を意味する言葉であり、マエストロからは「根源の感情のレプリカ」と呼ばれる。
総力戦のスランピアで動き出したシロ＆クロやゴズが相当する。
メインストーリーにおいてはこのミメシスの力で観測した“神秘”の裏側である“恐怖”を生きている生徒に適用できるかを実験するつもりだったことが黒服により語られている。マエストロはアリウスとの取引によりユスティナ信徒の複製(ミメシス)を作った。

ヒエロニムス

マエストロ曰く、聖徒の交わり（Communio sanctorum）を率いる受肉せし教義。
トリニティの地下に封印されていた太古の教義の神秘からマエストロが作り出した人工の天使。
現状では唯一メインストーリーに登場した総力戦ボスとなっており、更にメインストーリーでは珍しく固定パーティーではなく手持ちのユニットを編成する戦闘となっている。