概要
元々は『三重連太陽系 紫の星』で、人間のマイナス因子やストレスを解消する為に作られた物質。だが、故意か、偶然か、制御を司る中枢『Zマスター プログラム』の暴走により、寄生した対象に不死を齎す生機融合体『ゾンダー』へと変質させる。
内部組成は複雑な重原子が絡み合い、結晶化したもので、ウイルスの様なひとつの生命体に等しく、『同太陽系 緑の星』で作られた『Gストーン』、同じく『赤の星』で作られた『Jジュエル』とは対消滅する反物質の関係であり、融合する事は出来ないが、巨大なエネルギー同士がぶつかり合えば只では済まない。
基本的な構造自体は『Gストーン』のと同じであり、過去に『三重連太陽系』で『次元ゲート』の開発を行う際に、『緑の星』は動力機関の開発を担当。結果完成したのが『Gストーン』。『赤の星』が発展型の『ラウドGストーン』を搭載した『ソール11遊星主』を制作した事を踏まえると、元々はこれも『紫の星』が供与を受け、それらを基に開発した可能性も有り得える。
植物の様な性質を持ちながら、『機界31原種』の体内や『ゾンダーメタルプラント』にて生産されるも、生成には莫大なエネルギーが必要で、機界指令『パスダー』が宇宙メカライオン『ギャレオン』との接触で地球に落下し、地下へ潜伏した2年の間に侵略に必要な数は三十前後しか造られていない。この理由から度々プラント作成を主眼にした作戦が行われたが、全て『GGG』に未然に防がれ粉砕された。
生物に寄生すると、素体が抱え込む怒りや悲しみ、焦燥、苦しみ等の負の感情(邪界思念)を糧に『ゾンダー』へと換わり、手近な機械に融合して『ゾンダーロボ』へと成長するが、子どもの場合は破壊力は相当あるものの、心の傷や痛みを癒す浄解能力が(『護』や『戒道』程ではないにしろ)強い為に素体には不向きであると『ペンチノン』は語る。活動時には地球上には存在しない『素粒子Z0』を放出し、その反応を探知する機能を『GGG』は先発隊との抗争中に開発し対応が執れた。短時間なら人体に害は無いが、大量に浴びれば同じく『ゾンダー』へと変質する。
成長し始めた『ゾンダー』は原因となった対象を破壊し、欲望の充実に活動。完全体になると『ゾンダー胞子』なるラムスクープジェット状の種子を体の対外から大量に散布する。この胞子はメタルと同等の能力を持ち併せ、その素体の持つDNA情報を取り込んでいる為、接触すれば惑星の動植物は疎か無機物問わず『ゾンダー』化させる。この惑星規模の機界化した状態を『機界昇華』と呼ぶ。
だが、元来有ったストレス解消の効能は失われておらず、本来なら与えられた人間の持つ自浄作用のみで自然と除去される筈であったが、情報過多により難しくなっただけでなく、『Zマスタープログラム』の暴走により変質した影響から、取り除くには強力な『浄解』でしか手立てが無いものの、この追加付与により情緒は安定し、ある種の感情の本流が溢れ感涙。心身ともにリフレッシュする。
但し、脂肪が燃焼して激ヤセする事例は有るが、大病を患っていた部分は癒えず完治は不可能。それどころか、ストレスによる体力の低下で、戦闘のダメージによる死亡の例もある。長期間の『ゾンダー』化は、『浄解』を与えても肉体が遥かに限界を超え、既に寿命が尽きて持たないらしく、元々『紫の星』出身で最初期に『ゾンダー』化したであろう『ポロネズ』は、人間の姿に戻った直後に肉体が昇華(本人曰く「少し遅かった」)。同様に『プリマーダ』も『超竜神』の『GSライド』に真正面から突っ込み、『Gパワー』をマトモに浴びて『浄解』処か、そのまま対消滅して滅びた。
その他
ゾンダリアン
通常の『ゾンダー』は知性を失い、素体のストレス解消以外に何も考えてない獣同様の存在になるが、元の知性を残し活動できる存在。どういった条件でなるかは不明だが、登場した面々は赤の星や紫の星の重要な存在が多く、ただゾンダー化させて知性を失わせてしまうのは勿体ないと原種が判断した者がゾンダリアンになるのでは？という説がある。知性を残しているデメリットなのか、ゾンダリアン自体はゾンダー胞子の生成能力は無い。
エヴォリュダー
『Gストーン』サイボーグであった。『獅子王凱』が、その奇跡で生まれ変わった姿。当初は生身の身体を取り戻したと思われていたが、実質『Gストーン版ゾンダリアン』とも言える状態。『GGG』の調査で完全な優性遺伝子らしく、凱の子孫も全てエヴォリュダーとなる可能性が示唆されている。
ゾヌーダ
『パスダー』が地球に襲来した際、近くにいた『卯都木命』に植付けた通常の『ゾンダーメタル』と異なる物体。『Zマスター消滅後』も稼働可能な上に、全くの偶然により、『Gストーン』に接する機会の多かった命の体内に擬態の形で寄生して、『Gパワー』に晒されながら耐性も獲得する。
メタルサイボーグ
東京大決戦のどさくさに紛れ、『ゾンダーメタル』と『多次元諜報潜水艦』に残されたGGGサイボーグに関する技術データを奪取した『バイオネット』が作り上げた、『疑似ゾンダー』とも言える存在。髪の毛が長髪なのはエネルギーアキュメーターの流用で、微弱ながら『素粒子Z0』も検出。『エヴォリュダー』や『Gストーンサイボーグ』並の戦闘力を誇るが、試作体は手術の成功率の低さに加え、寿命も極端に短い兵器としては重大な欠陥を抱える。『鰐淵シュウ』は『凱』に勝ちたいと拘る負の心を抱え込んでいた為に『GSライド』で稼働する『ガオファー』から発せられる『Gパワー』に晒されながらも肉体の維持が可能だった。
スパロボシリーズでは
第2次αの雑魚ユニットとして登場（BX以降は『No PILOT』として統一）。
シリーズ最大の特徴として他の人間がゾンダーロボを生み出す際、自己記憶プログラムが加えられたという事を生かして雑魚ユニットとしてMSやAS、異星人の兵器など様々な物を複製して自分の戦力として運用してくる。
