漫画、小説版などのメディアミックスを展開する作品。キャラクターデザインは甲斐智久。
アニメ版の正式タイトルは『ミラクル☆トレイン～大江戸線へようこそ～』であり、その名の通り大江戸線を舞台としたアニメオリジナルストーリーが放送された。
元々中央線の企画が先にありWebコミック展開していたのだが、そちらがアニメ化されなかった理由については突っ込んではいけない。大人の事情です。
現在はその他浅草線五反田駅なども擬人化されている。

アニメ化に当たってミラクルトレインの設定は大幅に整備されることとなった。悩みのある女性だけが乗ることのできる不思議な特別列車、という都市伝説的位置づけでの存在。
車内では美麗な男子の姿となった駅たちに加え、中央線版ではあまり存在感の無かった「車掌」、そしてアニメ版オリジナルでミラクル☆トレインの「ガイド」を務める少女・あかりが出迎える。
一見”何でも屋兼ホストクラブ？”と言った感じのオイシイ話に聞こえるが、悩みが解決しないかぎり降りられない（※）、というちょっぴり恐ろしい面もある。

（※）表面的には降車は可能で、大抵途中で降車してメインでエスコートしてくれている駅の周辺を観光しながら悩み解決の糸口を見付ける、といった流れになるが、どうやら並行世界とでも言うべきか、現実の世界とは別の時間軸の街を見ているにすぎないと思われる。

アニメ化前の中央線企画の時点では、乗り込む女性に特に条件や制約はなく、ただ何となく偶々乗れちゃって、目的地までイケメンと楽しくお話しして、最後に「これを使えばまたミラクルトレインに乗れるよ」と専用ICカード”noruca”を貰ってさよなら、という流れだったが、アニメ版では、先述の通り乗れるのは”悩みのある”淑女だけ、悩みが解決するまでは必要以外基本的に停車しないが、解決と同時に女性の目的地の駅に到着するという仕組みになった。
また、こちらではnorucaはSuicaやPASUMOのように一般的なICカードのようであり、一度乗車した淑女が無条件にまた乗車できるということは無いようだ。

余談ではあるが、アニメ版のオープニングには大江戸線⇔浅草線回送専用電気機関車E5000形が登場し、ミラクルトレインとして抜擢された編成は12-000形の第18編成である（12-018F）

展開

原作（コミック・ノベル・ボイス）

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TVアニメ

2009年秋期放送。制作はゆめ太カンパニー。
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舞台版

★1st approach（2010年12月上演・DVD発売中）
両国オススメの時代劇DVDを見ていた面々。ところが暴走し始めたミラクル☆トレインに突如和服姿の女性が現れ消えてしまう。そこへ乗り込んできた女子大生・六花は明るく天真爛漫で悩みなど無さそうに見えたが列車は再び暴走し…!?
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★2nd approach（2012年４月上演・DVDは９月初旬発売予定/予約受付中）
ミラクル☆トレインに乗り込んできたのは何とウェディングドレス姿の女性・六桜（りお）。解決困難を極める今回の悩みには、六桜の執事・六樹（むつき）と婚約者・七智（なち）が関係ありそうだが……３人の本当の想いとは…？
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★SWEET DREAM EXPRESS（2012年12月上演）
「夜ミラ」と通称された通り、”夜にいつもとは違った様子のミラクル☆トレインが運行していたら”というスピンオフ的位置づけの作品。そもそもは主人公六本木史が「夜になると性格が大人しく真面目で優しい人柄から、色っぽく強引な雰囲気に変わる」という設定から生まれた企画と思われる。
構成も舞台オリジナルを含む歌とダンスが大きな比重を占めるなど前の２作品とは著しく異なる形となった。
舞台としては牛込神楽坂、擬人化とくがわが初めて登場。