京都大学にて冬月コウゾウ(以下冬月)とゲンドウと知り合い、親しくなる。
冬月とはほかの教授を通して彼女の評判を知った冬月が興味を示し、彼女を自分の研究室に呼んだことで知り合った。
ゲンドウと知り合った経緯は謎だが、のちに冬月は回想シーンで彼女を利用しゼーレに近づくためだったのではないかと思われている。
ゲンドウに冬月を紹介したのは彼女。
冬月はゲンドウと会った感想を彼女に「あまりいい印象が持てない」と言っているが、彼女は軽く反論しゲンドウを「実は可愛い人」と言っている。

2000年〜2001年

2001年に主人公の碇シンジが生まれた事も考慮してこの間にゲンドウと結婚。
冬月はこれを2002年に南極でゲンドウと再会したときに知り意外な組み合わせに軽いショックを受けていた模様。

2004年

冬月がゲンドウに会いにゲヒルンを訪れた時に冬月と彼女が再会。

2005年

初号機とのシンクロ実験を試みたが、初号機のコアに吸収され、公式的には死亡。これにより最愛の妻である彼女を失ったゲンドウは狂っていく。

2015年

第3使徒戦では主人公のシンジの危機を察して初号機を起動させたり、暴走させる。
第12使徒戦でも、シンジの危機と叫びを察して暴走。
第14使徒戦ではシンジの覚悟、意志、叫び、がコアの中の彼女に届き、彼女の意思が覚醒暴走したのち使徒を捕食、さらにシンジをコアに取り込みシンジと接触した。
最後のNERV本部攻防戦では無気力なシンジを初号機に乗せるために初号機を起動。
補完計画のさなか、ゲンドウと再会(諸説あり)。

2016年

初号機を起動させ、黒き月、リリス、エヴァンゲリオン量産型9機を破壊。
シンジとの再会と永遠の別れ。
初号機と共に、宇宙へと地球から旅立つ。

その他

ゲンドウには溺愛されていた模様。
冬月にもゲンドウについてくるあたり彼女に特別な感情を持っていた。
また、主人公のシンジの内罰的な思考を作るきっかけはゲンドウに捨てられた事ではなく、今まで自分を愛してくれた彼女との死別がきっかけであり、ゲンドウの仕打ちはトドメの一撃だったという説もある。
また、初号機とのシンクロでコアに取り込まれる事を知っていたらしく、止めようとする冬月に「エヴァは永遠に残るので、エヴァと共に人類の生きた証になる」等の発言をしている。

ファンの間には…

・EVA初号機を建造した。
・さらに彼女は裏死海文書を翻訳した。
・人類補完計画の原案を書いた。
などの説もあり、すべて真実ならエヴァンゲリオンの世界における全ての黒幕にもなる。

漫画版では

若干彼女の描写が異なり、ゲンドウと再会した時にこれまでの彼の行いに悲しんだり、シンジと第3使徒戦直後から接触しようとするなどの変更があるが、彼女の印象はあまり変わっていない。シンジはユイの兄夫婦の家に預けられていた。兄はユイの肉親だが、ゼーレやネルフとは全く関わりがなかった模様。

新劇場版では

TV版とは違い、暴走したのは第4の使徒戦のみ。
彼女の旧姓が綾波になっている。(TV版では元々、碇)
また、消失した経緯は「コアへのダイレクトエントリー試験」であると設定されている。

『シン・エヴァンゲリオン劇場版:||』では旧世紀版とは全く違う来歴だと明かされた。
彼女はただゲンドウとシンジのためだけに行動していた。
新劇場版で人類補完計画の原案を作成したのはある人物の父親であるため、旧世紀版におけるゼーレとの関連は一切存在しない。
ヒトではない何者かが残したとされるゴルゴダオブジェクトに居たとされており、明確にヒトではないことが明かされた（人類側が意図的に接触させられたとも考えられる）。
そして、全ての因縁の終局の時、今まで初号機の中にいながら一切の意思を出すことが無かった彼女は希望と絶望、プラスとマイナスを自分の手で精算しようとしたシンジの身代わりとなり、ゲンドウと共にシンジを新世界へと送った。