「総員、第一種戦闘配置」
CV:立木文彦
概要
年齢48歳。 特務機関NERV総司令にして、主人公・碇シンジの実父。
なお「碇」の姓は亡き妻・碇ユイとの結婚によるもので、旧姓は「六分儀」。
ある事件を境に幼い自身の息子を知人に預け、長年、顔を合わせる事なく生活を送っていたが、その後シンジをEVA初号機専属パイロットにするべく第3新東京市へ呼び出し、NERVの管轄下に置く。
ネルフの総司令として使徒の殲滅を至上の目的とする一方、 人類補完委員会のメンバーに名を連ね、ゼーレのシナリオの下「人類補完計画」という謎の計画を遂行させるべく暗躍を続けている。が、ゲンドウの真の目的は、かつて初号機の内部に取り込まれた妻・ユイに再会することであり、計画内容を己の望む形に捻じ曲げようと裏で様々な策謀を張り巡らせていた。
やがて独断専行が目立ち始めたことによりゼーレから目を付けられ、全ての使徒の殲滅後、彼らの手引きによってNERV本部は戦略自衛隊の襲撃を受けることとなる。
加持リョウジより入手した第一使徒・アダムの卵を自らの右手に移植しており旧劇場版では惨劇の最中、レイと共にNERV本部地下のリリスへ向かい、アダムと（レイの中に眠る）リリスの魂、そしてリリスの肉体の禁断の融合を図ることで補完計画を発動させ、ユイとの再会を果たそうとする。
しかし、シンジの存在を感じ取ったレイによりアダムを右手ごと奪われ、結果ゲンドウの思惑とは違う形で計画が発動。全人類がL.C.Lへと還元されてゆく中、彼だけは“初号機に体を食い千切られる”という破滅的なイメージで補完されてしまった。
副指令の冬月コウゾウは大学時代の恩師。部下のEVA開発責任者・赤木リツコとは愛人関係を築きながら、自らの計画のために利用している。
人物像
推定185cm以上の長身と刈りこまれたリンカニックの髭、そしてサングラスが特徴。司令官としては非常に有能で、智略や政治的手腕にも長けるが、性格は冷酷非情そのものであり、目的のためならばいかなる手を用いる事も厭わない。劇中でも妨害工作・裏切り・殺人などの非道な手段を平然と実行しており（後にセカンドインパクトの発動にも関与していた事が判明）、息子のシンジすら目的達成のための駒として見ている節がある。
普段の態度も冷徹かつ威圧的で、いかなる相手に対しても（年長者かつ恩師の冬月にすら）それを崩さない。なお着座時に顔の前で手を組む癖があり、他人がその表情を窺い知ることは難しい。
学生時代から悪い噂の絶えない人物だったらしく、ユイに接近したのも元々は彼女のバックに存在するゼーレへの接触を図るためだったようだが、その過程で次第にユイ自身に傾倒してゆき、やがて彼女との間にシンジを儲ける（そんな当時の彼をユイは「とても可愛い人」と評している）。
が、後にユイはEVA初号機の起動実験中に内部へ取り込まれて消滅。以降、彼の暗黒面はゼーレの思惑すら超えて暴走してゆくこととなる。
ちなみにその本性は息子のシンジ同様に内向的で頑固で人見知り。
他者を基本的に信用しておらず、また同時に恐怖している節があり、自分が信用した人間以外は同じ人間だと思っていない。ゆえに目的のためなら冷酷な手段を躊躇なく用いる。
元々は孤独主義な野心家であったが、碇ユイと出会ってからは愛情に目覚め、依存するようになる。
ユイが「可愛い」と揶揄するように、本質は子供っぽいところがあるようだ。
だが、息子のシンジとは距離の取り方がわからず、結局遠ざけてしまった。それが決定的な破局へとつながり、愛することも憎むこともできない恐怖の対象へと変貌してしまった。要は父親として不器用で臆病すぎたのである。
旧劇場版にて、ゲンドウは補完される直前に「シンジに向き合うことができなかった」という自分の本心を吐露しており、最後の言葉は他ならぬ息子への謝罪の言葉であった。
人間関係
息子シンジとの関係は極めて劣悪。シンジは幼い頃に父に捨てられた事がトラウマとなり、父を避けつつも内心では求めている模様だが、ゲンドウはそんな彼の心境を知りながらも一方的に突き放した態度を取り続けている（ただ劇中の描写からは、逆にシンジの側がゲンドウと向き合うことを恐れて逃げ出したのが二人の別離の始まりであったようにも読み取れる）。
EVA3号機殲滅事件を機にその不仲は決定的となり、修復不可能な状況にまで陥るが、旧劇場版の補完計画発動時の描写を見るに、ゲンドウ自身もまた内心息子との触れ合いを恐れ、弱い自分を隠すために辛辣な態度を取っていたようである。
対照的に綾波レイについては不自然なほど気に掛けている様子を見せる。EVA零号機の暴走事故で彼女が機外に放り出された際は、自身の負傷を省みず彼女を助けた（その際、両手に大火傷を負い、また長年使用していた眼鏡を破損。以来、火傷痕を隠すための白手袋と、現在のサングラスを着用するようになる）。
だがそれが、彼女がユイの面影を色濃く残す故なのか、あるいは彼女が補完計画発動のキーとなる存在だからなのかは不明。
ユイ消失後はMAGI開発者の赤木ナオコ、更に彼女の死後はその娘リツコをそれぞれ愛人とするも、それらはいずれも自身の目的達成の手駒として利用するためであり、用済みと判断するや直ちに始末していた。
副司令の冬月とはユイと出会う以前からの関係であり、当時はユイと接点を持つために酒乱で逮捕された際の引取人として指定する形で接触した。
だが、ユイを通して交流を深める内に、彼の人柄を知り、次第に信用するようになった。セカンドインパクト以後は疎遠になっていたが、ゲンドウが人類補完計画を推し進めるようになってからは最も信頼できる人間として、傍らにおいている。
その関係は相棒であり、片腕であり、師であり、そして時には父性を求めるような場面もあった。
漫画版
貞本義行による漫画版エヴァでは、アダムの卵を直接丸呑みすることで自らの肉体に移植。後に左掌にアダムを宿し、戦略自衛隊襲撃の際は生身でATフィールドを展開してこれを迎撃するという驚異の展開を見せた。
アニメ版とは違い完全に冷酷な性格になっており、シンジに対しても「ユイの愛情を自分から奪った存在」として憎しみすら抱いている様子が描かれている（その一方、レイに対して温和な態度を向けるのは、彼女をユイに重ねているためであることが明かされている）。また、リツコとの関係については「ナオコの墓前で弱みを晒して縋りつく」という大胆な手口で彼女の心を射止めたことが明かされた。終盤ではレイにアダムを奪われた後、ゲンドウに銃撃されながらも執念で生き延びていたリツコに喉を撃ち抜かれて致命傷を負う。補完が進む中で念願のユイとの再会を果たし、旧劇場版同様シンジと親子の触れ合いを行わなかったことを後悔すると同時に、心の底では彼を我が子として想っていた事実を再確認し、シンジが生きてくれることを強く望みながら息絶えた（遺体がL.C.L化しなかったため、補完されたのではなく死亡した模様）。
なお、アニメ版と漫画版におけるゲンドウ本人の性格の違いについては、貞本曰く「（ある意味で）悲しい人間」として描いているため。
新劇場版
旧作（TV版および旧劇場版）と同じくNERV総司令として登場。冷徹な性格は相変わらず。
『序』・『破』ではシンジに対する態度や思惑に若干の変化が見られ、ヤシマ作戦時におけるミサトの「自分の息子を信じてください」という懇願を承認したり、レイによるシンジとの会食の提案に戸惑いながらも応じるなど、息子に対して距離を置きながらも関心を捨てきれない不器用な親心がより強調されて描かれている（たとえばユイの墓参りのシーンでは、「父さんと話せて嬉しかった」というシンジの言葉に対し、TV版では素っ気なく「そうか……」と返すのみだが、新劇場版では「そうか……？」と微妙に戸惑ったようなイントネーションとなっている）。
また（対EVA3号機戦におけるダミープラグの発動やシンジの捕縛など）非情に思える行動の一つ一つにも彼なりの信念が垣間見えるようになっており、EVAでの戦いに失望したシンジを「大人になれ」と諭している。
一方で、加持から「ネブカドネザルの鍵」と呼ばれる謎の物体を入手して何かを企てていたり、己の目的達成のためにシンジとレイを意図的に親しくさせようと画策していたりと、腹黒い一面は本作でも健在。
なお、リツコとの愛人関係については明確にされていない（それを匂わせるカットはあるが）。
| 【注意】以下、『シン・エヴァンゲリオン劇場版𝄇』のネタバレを含んでいます。 |
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14年後を描いた『Q』『シン・エヴァ』では、サングラスが旧作でのキールに似た意匠のバイザーに変わっており、まるでサイボーグ化したかのような印象を与える。
『シン・エヴァ』本予告でも銃でバイザーごと頭部を撃ち抜かれているにもかかわらず、火花が走りながらも生存しているのが確認できる。
『Q』では冬月とともに半壊したNERV本部に居り、詳しい経緯は不明だがカヲルを自陣に加えている。
アヤナミレイ(仮称)を使ってヴィレが確保していたシンジを奪還、エヴァンゲリオン第13号機に搭乗させる。その際にカヲルをも欺いて「フォースインパクト」を起こさせようとしていたが、カヲルの自害により阻止される。
『シン・エヴァ』では「ネブカドネザルの鍵」を使って神に等しい存在になっていたことが判明。そしてその素顔はまさしく「ヒトを捨てた」ものだった。(息子のシンジがヴィレの者達から恨まれていたのは彼が濡れ衣を着せたせいだと思われる)
早い話、『新劇場版』の黒幕である。
ゲンドウが企む人類補完計画、その真意とは…（重大なネタバレ注意！）
その他
二次創作物等における扱い
本編で非常にシリアスな人物として描かれていた反動か、放送当初からスピンオフ作品やファンアート等では逆に徹底してユーモラスな扱いを受けることが多い（TV版最終話のいわゆる「学園エヴァ」の世界では、ユイの尻に敷かれながらも温かい家庭を築いている様子が描かれていた）。
公式の学園ラブコメ漫画「碇シンジ育成計画」においても恐妻家で親馬鹿でエロオヤジと、完全にネタキャラと化している。さらには最先端技術を扱う研究所の所長でありながら機械音痴であり、研究所の端末をチョップしてシステムを復旧させようとしたり、コンピュータがウィルスに侵されたと聞いて除菌剤をまいたり、挙句の果てには使徒に対しそげぶを食らわせている（しかも結構効いた）。どうしてこうなった。
ゲーム「新世紀エヴァンゲリオン2」では、碇シンジでプレイすると好感度によってはとんでもない方法で授業参観に駆けつけてくれたり、ほのぼのとしたエンディングを迎えることができる。また、赤木リツコでプレイすると、とてもアダルトなエンディングを目指す羽目になる。
Schickとのコラボ剃刀の広告では、これまでに見たことの無いような笑顔で髭を剃っていた。
スーパーロボット大戦シリーズでは原作と同じくNERVの司令として登場。シンジやミサトらをプレイヤー部隊に出向させる等、表向きは味方側の協力者でありながらも、やはり思惑有りの行動であり、その行動に疑惑を抱く他作品のキャラクターも少なくない。
「F完結編」にてゼーレの面々を暗殺し、補完計画を進行しようとするが、加持の自爆に巻き込まれるという結末を迎える。予想だにしなかった加持の行為に狼狽するという、ゲンドウらしからぬ醜態を曝した上での最期であった。
逆に「MX」では自軍に協力的で、最後は補完計画を阻止され狼狽するゼーレの前に現れ、自分の仕掛けた爆弾で道連れにする非常に珍しいきれいなゲンドウが見ることができる。
「第3次α」ではなんとエヴァ再現シナリオのラスボスとして、己が野望のために暴走した初号機を使い自軍に戦いを挑んでくるという、新劇場版の展開を一部先取りしたかのような展開が描かれた。版権作品のラスボスの中でも戦闘前の他作品との会話が多く、自軍部隊の行動を「無駄なあがき」と嘲笑している。しかし、大多数の登場人物からは父親としての役割を放棄するなともっともな指摘をされた他、煙に巻くような言い方だから子供に伝わらないだのもっとシンジに対して素直になったらなど不器用な彼の背中を押すような発言をする人物もいた。
また、人と人が関わることで傷つけ合う「恐れ」から人類補完計画を推し進めるゲンドウと、人は傷つけ合うからこそわかり合おうとする人間の善性に希望を見出すアムロのあり方は見事に対になっており、彼らの掛け合いは必見。ヒイロからも人類補完計画で訪れる「平和」とは平和ではなく戦わないことと断じられている。
一方で、セレーナから「結論を急ぎすぎるからシンジとの間に溝ができる」という趣旨の発言をされると、「そうか…覚えておこう」という反応を返したり、甲児に「愛する人との子供であるシンジが可愛くないのか!?」と指摘されて話を逸らそうとするなど、彼にも自分自身の短所に思うところがあったようだ。
赤木リツコとの関係について、女性を口説くイメージが出来ないので愛人の娘であった彼女と無理矢理に関係を持ったという印象を持たれていた。この説は新劇場版が公開される頃までファンの間に非常に浸透しており、性犯罪者のレッテルを貼られた挙句、そうした展開が描かれた二次創作が多数存在していた。先述の通り、漫画版では一応合法的にリツコを口説いた（それ以前から異性として意識されていた節があるので、素でモテるらしい）ことが描かれているのだが……
トリビア
モデルは『謎の円盤UFO』のストレイカー司令官。また、名前はガイナックスで企画されながら実現しなかったアニメの登場人物のものを流用したらしい。
人物像に関しては、庵野の父親の影響が色濃く反映されているらしく、庵野の父親は若い頃の怪我が原因で左脚の膝から下を切断、義足を付けることになったためやりたいことが殆ど出来なくなり、その鬱憤を息子にぶつけることもあったという。庵野はそれに対して複雑な心情を持っていたらしく、まさに劇中の碇親子のような関係性だったらしい。
中の人ネタ
いわゆる「中の人繋がり」にして、ゲンドウを元ネタにしている思しき銀魂の長谷川泰三のいじりネタからマダオ扱いされることが多く、ネタとしてよくいじられる。
当然のことながらこのネタを嫌うファンもいるものの、息子との接し方において『ま』るで『だ』めな『お』父さんであり、マダオであるということはマダオ扱いを嫌うファンですらも認めている。そして、シン・エヴァンゲリオンを見たファンからは、元ネタよりもぶっちぎりでマダオだと、そのダメっぷりを指摘されることになった。
また、これまた中の人繋がりで、ネタ絵には「サイクロン！」「ジョーゥカァー！」とか叫んでいたりする。
これで決まりだ！
紅白でも
2021年12月31日『第72回NHK紅白歌合戦』で突如サキエルが襲来したことに伴い、
遅れたシンジに代わって大泉洋にエヴァに乗ることを強要する。
その際「また逃げ出すのか、大泉…！」と発言した。
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