TV・漫画版
主な搭乗者は綾波レイ。テストとして一度だけ碇シンジが搭乗した事もある。
コアに封入されている人物（魂）の正体は、他のEVAシリーズとは異なり、作中では明言されていない（レイが乗ることを前提とした機体であるため、始めから誰の魂も入れられていないという説もある）。
本編開始の数ヶ月前、起動実験の最中に暴走を起こし、以来NERV本部内で凍結されていた。
プロトタイプとして開発されたものなので実戦参加予定は無かったが、ヤシマ作戦の実行時に凍結を解除、実戦投入された。同作戦内で零号機は大破。修理・改修されるが、その際に機体色が山吹色から青色へと変更されると共に初号機や弐号機等と同型の肩部ウェポンラックが追加された。媒体によってはこちらを「零号機改」として区別することがある。
その後数度の使徒迎撃に参加するも、第16使徒アルミサエル戦において使徒と共に自爆。機体は完全に破壊されてしまい、以降登場する事は無かった。
実戦では主にパレットライフルやスナイパーライフルを装備して後方支援に回る事が多かった。ヤシマ作戦ではラミエルの加粒子砲を防ぐ耐熱光波防御盾を装備したほか、ゼルエル戦では独断でN2爆雷を持ち出し、特攻による自爆を敢行している。アラエル戦ではネルフ製のポジトロンスナイパーライフルを使用するも効果が無かった為、ロンギヌスの槍を投擲して殲滅に成功している。
ちなみにこの零号機以前にも完成に辿り着けなかった数多くの試作機があったようで、セントラルドグマ内には本機と同型のエヴァの残骸が大量に投棄されている。
ANIMA
アルミサエル戦での自爆後に再建計画がスタート、回収されたコアとドグマに保管されていた試作パーツ、新造されたF型装甲、封印兵器であった天使の背骨を組み合わせて零号機F型装備として再建された。
機体色は零号機改の青色から元の山吹色に戻されている。
搭乗者は綾波レイ(3人目、作中ではNo.トロワとも呼ばれる)だが彼女の不調後はレイ・No.シスが搭乗している。
量産機との戦闘では初号機と共に全ての量産機を撃破し以降も拘束具の改修などを施されながら運用されていたが、ノヴァヤゼムリャでの反抗作戦に合わせてアレゴリカユニットを搭載した零号機F型・アレゴリカに改修された。
また本機とは別に量産機の残骸とドグマに保管されていた試作パーツを組み合わせて建造された3機の零号機、『零号機試製Ⅱ式改・領域制圧機』通称『0・0EVA』が登場し、レイのクローン体達が搭乗している。
上記の通りセントラルドグマに保管されていた零号機の試作パーツが多くの機体に流用されている他、物語の終盤ではとある機体の改修パーツにも用いられている。
新劇場版
ヱヴァンゲリヲン新劇場版におけるEVA零号機。
搭乗者はTV版同様綾波レイ。
TV版と違い、ヤシマ作戦後も機体の色が変更されておらず山吹色のままである(一応表記上は改として扱われている)。
第10の使徒戦の際にN2弾道ミサイルを抱えて特攻するが撃破できず、レイごと使徒に飲み込まれてしまう。
Qでは零号機に酷似した外観を持つエヴァンゲリオンMark.09が登場するがこれはシンジを油断させる為の外装であり、後に本来の頭部が生えて機体色は黒色に変化した。
そして完結編であるシン・エヴァンゲリオン劇場版𝄇の終盤、ほんのワンカットだが青い零号機改が久しぶりに登場していた。
スーパーロボット大戦では
TV版ではハッキリ言って不遇と言える機体だった。他のエヴァより性能・攻撃力が劣り、ATフィールドがあるからか盾（シールド防御）も使えない。おまけにサルファ以外では終盤にレイが永久離脱して使用不能になる為、2軍どころか3軍の筆頭として倉庫で埃を被って突っ立っているのが主な仕事であった。
逆にサルファでは最後まで使える上にパイロットを弱体化させる特殊な粒子がレイに効かないというイベントがある(スパロボの熟練者や情報を知っている者は基本的にレイを育てない為、この面はそれを逆手に取った罠となっている)。
武装面でもN2爆雷、ポジトロンスナイパーライフルや合体技「EVA一斉攻撃」に加え、ロンギヌスの槍が追加されるなど強化されている。二週目以降はレイのPP（ステータス養成値）がカンストするバグがあったりもした。
ただし、本作に強ユニットが他にも多数いるうえ、レイは熱血・魂を覚えないので攻撃力が不足している。おまけにエヴァ再現シナリオが終わるとロンギヌスの槍が使用不能になる為、結局上記のイベント以外では2軍級の戦力という感は否めない。
それでも『離脱しない』という点は評価出来ると言えるが。
新劇場版では攻撃面こそ弱体化したものの装甲が強化され、ようやく盾装備が機体能力に反映されたので援護防御がしやすくなっている。加えて修理装置等を搭載される事が増えた為、レイの「脱力」も合わせてサポート役として活躍出来るようになった。
そしていなくなる事も無くなった為、倉庫番の仕事から抜け出せる事が出来た。
DDではとにかく防御力が高いという一点張りにより、攻撃の避雷針要因としては役に立っている。「貴方は死なないわ、私が守るもの」ってそういう意味だっけ？
少なくとも出番があるだけTV版や旧劇場版から考えられない程の出世と言える。
関連タグ
新世紀エヴァンゲリオン ヱヴァンゲリヲン新劇場版 エヴァンゲリオンANIMA
EVA零号機F型装備 EVA零号機F型・アレゴリカ 0・0EVA
ドラえもん(TV版のカラーリング変化の元ネタという説あり)
