自機組の由来だが、東方Projectにおける作品である「東方永夜抄」では「人間と妖怪がペアとなった自機」が操作可能であり、初めに名前をあげた四名（「博麗霊夢」、「霧雨魔理沙」、「十六夜咲夜」、「魂魄妖夢」）は人間側のキャラクターとしてそれぞれ設定されていたことによる（ただし、「妖夢」は「半人半霊（人間と幽霊のハーフ）」であり、正確に言えば人間ではないことにも留意されたい）。

また、「東方永夜抄」以降に発表された作品では、自機キャラが多く登場しているもの（対戦型シューティングである「東方花映塚」や、弾幕アクションゲームである「東方萃夢想」など）でも上記の四名は自機としての使用が可能になっている。
なお、上記の四名のうち「霊夢」、「魔理沙」の二人は東方Projectの本編作品（作品番号が整数である作品、「東方紅魔郷」や「東方地霊殿」など）で操作可能な自機として毎回登場している、いわゆる主人公的な位置づけのキャラクターである他、「咲夜」も「東方妖々夢」、「東方輝針城」などで単独での自機として使用することが可能である。また、「妖夢」も「東方神霊廟」で単独の自機として設定されている。

そのような流れから、pixiv上では東方Projectにおける主人公的なキャラクターとしての括りとして「自機組」のタグが扱われることが多い。

永夜抄自機の妖怪側のキャラクターが加えられる場合

こうした由来から、「東方永夜抄」の自機におけるペアの妖怪側である「八雲紫」、「アリス・マーガトロイド」、「レミリア・スカーレット」、「西行寺幽々子」の四名が一緒に描かれることもある。（それぞれのペアは下記）

余談

pixiv上のイラストタグ数が10個までという制限から、「永夜抄」の自機キャラクターの全八名が描かれたイラストには「自機組」のタグが付けられないことがある（「各キャラ名」8つ+「東方」タグ1つ+「自機組」以外の他のタグ1つ=計10、でタグが全部埋まってしまい、なおかつイラスト投稿者の設定でイラストのタグが全て固定されてしまうこともあることから。8名全部を描いたイラストを検索をされる際は、注意されたい）。

「東風谷早苗」や「射命丸文」が加わる場合

冒頭で触れた四名に加えて、「東風谷早苗」や「射命丸文」が一緒に描かれることもある。

「東風谷早苗」が加わる場合

先の4名に「東風谷早苗」が加わった五名を指した意味としても「自機組」が扱われることがある。「早苗」は「東方星蓮船」や「東方神霊廟」で自機(主人公)となり、それ以降の作品（「東方紺珠伝」など）でも操作が可能であることが多いことや、種族が「人間」であるという設定など先述の四名との共通点が多い。そうしたことから、「自機組」のタグが付けられたイラストには、「早苗」が一緒に描かれることが多い（かつては「人間組」のタグがこの五名を描いたイラストに付けられることもあった）。
現在では、早苗の自機経験数が妖夢を上回ったこともあり、早苗を自機組に含める動きも主流になりつつある。

「射命丸文」が加わる場合

あるいは、「東方文花帖」や「ダブルスポイラー」、「東方天空璋」の主人公（自機）である「射命丸文」を加えた五名を意味することもある。しかし、pixiv上には五名のみを描いたイラストがかつては投稿されていたが、2012年12月現在では全て削除されている。

二名両方が加わる場合

もしくは、「東風谷早苗」と「射命丸文」の二名の両方を加えた六名を示す意味でも使われることがある。

その他のキャラが加わる場合

上記で触れたキャラ以外にも、「ダブルスポイラー」のもう一人の主人公である「姫海棠はたて」、「妖精大戦争」と「東方天空璋」での主人公である「チルノ」、「弾幕アマノジャク」での主人公である「鬼人正邪」、「東方紺珠伝」の自機の一人である「鈴仙・優曇華院・イナバ」、「秘封ナイトメアダイアリー」の主人公である「宇佐見菫子」、また「東方紅魔郷」において没自機とされている「冴月麟」が加わることもあるが、上記で触れたキャラに比べるとpixiv上に投稿されたイラスト数は少ない模様。

各キャラの登場作品

ここで、東方ProjectのWindows版作品において自機となったキャラについてまとめる。上で述べたキャラクターが登場した作品については下記の表に記す（エンディングのみの登場や、永夜抄における妖怪側のキャラクターはここでは触れない）。ただし、ここでは上記の内容では触れなかったなどの他の自機経験キャラクターについても参考までに下記の表で取り扱う。

なお、作中で複数回ボスとして出ているキャラは主な出番のみを記載した。

登場作品（東方紅魔郷～東方文花帖）

キャラ＼作品	紅	妖	萃	永	花	文
博麗霊夢	自機	自機	登場	自機（+紫）	登場	‐
霧雨魔理沙	自機	自機	登場	自機（+アリス）	登場	‐
チルノ	2ボス	1中ボス	‐	‐	登場	Lv2
十六夜咲夜	5ボス	自機	登場	自機（+レミリア）	登場	Lv7
魂魄妖夢	‐	5ボス	登場	自機（+幽々子）	登場	Lv6
鈴仙・優曇華院・イナバ	‐	‐	‐	5ボス	登場	Lv4
射命丸文	‐	‐	‐	‐	登場	自機
東風谷早苗	‐	‐	‐	‐	‐	‐
姫海棠はたて	‐	‐	‐	‐	‐	‐
鬼人正邪	‐	‐	‐	‐	‐	‐
宇佐見菫子	‐	‐	‐	‐	‐	‐

登場作品（東方風神録～ダブルスポイラー）

キャラ＼作品	風	緋	地	星	非	DS
博麗霊夢	自機	登場	自機	自機	登場（ストーリー無）	LvEx
霧雨魔理沙	自機	登場	自機	自機	登場（ストーリー無）	LvEx
チルノ	‐	‐	‐	‐	登場（ストーリー有）	‐
十六夜咲夜	‐	登場	‐	‐	登場（+緋想天）	‐
魂魄妖夢	‐	登場	‐	‐	登場（+緋想天）	‐
鈴仙・優曇華院・イナバ	‐	登場	‐	‐	登場（+緋想天）	‐
射命丸文	4ボス	登場	支援（霊夢）	‐	登場（+緋想天）	自機
東風谷早苗	5ボス	‐	Ex中ボス	自機	登場（ストーリー有）	LvEx
姫海棠はたて	‐	‐	‐	‐	‐	自機
鬼人正邪	‐	‐	‐	‐	‐	‐
宇佐見菫子	‐	‐	‐	‐	‐	‐

登場作品（妖精大戦争～弾幕アマノジャク）

キャラ＼作品	大	神	心	輝	弾
博麗霊夢	‐	自機	登場	自機	8日目
霧雨魔理沙	Exボス	自機	登場	自機	7日目
チルノ	自機	‐	(背景)	1中ボス	1日目
十六夜咲夜	‐	‐	(背景)	自機	7日目
魂魄妖夢	‐	自機	(背景)	‐	7日目
鈴仙・優曇華院・イナバ	‐	‐	(背景)	‐	-
射命丸文	‐	‐	(背景)	‐	6日目
東風谷早苗	‐	自機	(背景)	‐	7日目
姫海棠はたて	‐	‐	(背景)	‐	6日目
鬼人正邪	‐	‐	‐	5ボス	自機
宇佐見菫子	‐	‐	‐	‐	‐

登場作品（東方深秘録～東方虹龍洞）

キャラ＼作品	深	紺	憑	天	秘	鬼	虹
博麗霊夢	登場	自機	登場	自機	日曜日、裏・日曜日、悪夢土曜日	自機	自機
霧雨魔理沙	登場	自機	登場	自機	水曜日、悪夢土曜日	自機	自機
チルノ	‐	‐	‐	自機(日焼け)	‐	‐	‐
十六夜咲夜	‐	‐	‐	‐	‐	‐	自機
魂魄妖夢	‐	‐	‐	‐	‐	自機	‐
鈴仙・優曇華院・イナバ	登場(PS4版)	自機	登場	‐	‐	‐	‐
射命丸文	‐	‐	‐	自機	‐	‐	‐
東風谷早苗	‐	自機	‐	‐	‐	‐	自機
姫海棠はたて	‐	‐	‐	‐	‐	‐	‐
鬼人正邪	‐	‐	‐	‐	‐	‐	‐
宇佐見菫子	登場	‐	登場	‐	自機	‐	‐