自機組の由来だが、東方Projectにおける作品である「東方永夜抄」では「人間と妖怪がペアとなった自機」が操作可能であり、初めに名前をあげた四名（「博麗霊夢」、「霧雨魔理沙」、「十六夜咲夜」、「魂魄妖夢」）は人間側のキャラクターとしてそれぞれ設定されていたことによる（ただし、妖夢は「半人半霊（人間と幽霊のハーフ）」であり、正確に言えば人間ではないことにも留意されたい）。

また、「東方永夜抄」以降に発表された作品では、自機キャラが多く登場しているもの（対戦型シューティングである「東方花映塚」や、弾幕アクションゲームである「東方萃夢想」など）でも上記の四名は自機としての使用が可能になっている。
なお、上記の四名のうち霊夢、魔理沙の二人は東方Projectの本編作品（作品番号が整数である作品、「東方紅魔郷」や「東方地霊殿」など）で操作可能な自機として毎回登場している主人公的な位置づけのキャラクターである他、咲夜は「東方妖々夢」や「東方輝針城」などで、妖夢は「東方神霊廟」で単独の自機として設定されている。

そのような流れから、pixiv上では東方Projectにおける主人公的なキャラクターとしての括りとして「自機組」のタグが扱われることが多い。

その他のキャラクターが加わる場合

永夜抄の妖怪側自機キャラクターが加わる場合

こうした由来から、「東方永夜抄」の自機におけるペアの妖怪側である「八雲紫」、「アリス・マーガトロイド」、「レミリア・スカーレット」、「西行寺幽々子」の四名が一緒に描かれることもある。（それぞれのペアは下記）

霊夢+紫=「幻想の結界チーム」、
魔理沙+アリス=「禁呪の詠唱チーム」
咲夜+レミリア=「夢幻の紅魔チーム」
妖夢+幽々子=「幽冥の住人チーム」

pixiv上のイラストタグ数が10個までという制限から、「永夜抄」の自機キャラクターの全八名が描かれたイラストには「自機組」のタグが付けられないことがある（「各キャラ名」8つ+「東方」タグ1つ+「自機組」以外の他のタグ1つ=計10、でタグが全部埋まってしまい、なおかつイラスト投稿者の設定でイラストのタグが全て固定されてしまうこともあることから。8名全部を描いたイラストを検索をされる際は、注意されたい）。

本編の自機キャラクターが加わる場合

冒頭で触れた四名に加えて、「東風谷早苗」が一緒に描かれることもあり、その組み合わせとしても「自機組」が扱われることがある。早苗は「東方星蓮船」や「東方神霊廟」で自機となり、それ以降の作品でも操作が可能であること（「東方紺珠伝」など）あるいは前述の四名と同じ面で出演することがあること（「弾幕アマノジャク」など）、種族が「人間」であるという設定など前述の四名との共通点が多い。そうしたことから、「自機組」のタグが付けられたイラストには、早苗が一緒に描かれることが多い（かつては「人間組」のタグがこの五名を描いたイラストに付けられることもあった）。

現在では、早苗の自機経験数が妖夢を上回ったこともあり、早苗を自機組に含める動きも主流になりつつある。

また、「東方獣王園」にて獣要素がないのにも拘らず、咲夜や妖夢を差し置いて参戦してることから公式にも自機組として扱われてることが覗える。

早苗ほどではないが、「東方紺珠伝」で自機を務めた「鈴仙・優曇華院・イナバ」、「東方天空璋」で自機を務めた「チルノ」や「射命丸文」が自機組に加えられることも多い。また、チルノは「妖精大戦争」で、文は「東方文花帖」や「ダブルスポイラー」で単独の主人公として登場した。

とりわけ、早苗が登場する以前から自機として登場する頻度が高かった文は、早苗が自機として登場する様になって以降は、永夜抄の人間側の自機の四名や早苗と共に一緒に描かれることもあった。

その他のキャラクターが加わる場合

また、チルノや文のような小数点作品の自機キャラクター（「ダブルスポイラー」のもう一人の主人公である「姫海棠はたて」、「弾幕アマノジャク」での主人公である「鬼人正邪」、「秘封ナイトメアダイアリー」の主人公である「宇佐見菫子」）、旧作の自機キャラクター（「東方怪綺談」で自機を務めた「魅魔」や「幽香」）、「東方紅魔郷」において没自機とされている「冴月麟」が加わることもあるが、上記で触れたキャラに比べるとpixiv上に投稿されたイラスト数は少ない模様。

各キャラの登場作品

ここで、東方ProjectのWindows版作品において自機となったキャラについてまとめる。上で述べたキャラクターが登場した作品については下記の表に記す（エンディングのみの登場や、永夜抄における妖怪側のキャラクターはここでは触れない）。ただし、ここでは上記の内容では触れなかったなどの他の自機経験キャラクターについても参考までに下記の表で取り扱う。

なお、作中で複数回ボスとして出ているキャラは主な出番のみを記載した。

登場作品（東方紅魔郷～東方文花帖）

キャラ＼作品	紅	妖	萃	永	花	文
博麗霊夢	自機	自機	登場	自機（+紫）	登場	‐
霧雨魔理沙	自機	自機	登場	自機（+アリス）	登場	‐
チルノ	2ボス	1中ボス	‐	‐	登場	Lv2
十六夜咲夜	5ボス	自機	登場	自機（+レミリア）	登場	Lv7
魂魄妖夢	‐	5ボス	登場	自機（+幽々子）	登場	Lv6
鈴仙・優曇華院・イナバ	‐	‐	‐	5ボス	登場	Lv4
射命丸文	‐	‐	‐	‐	登場	自機
東風谷早苗	‐	‐	‐	‐	‐	‐
姫海棠はたて	‐	‐	‐	‐	‐	‐
鬼人正邪	‐	‐	‐	‐	‐	‐
宇佐見菫子	‐	‐	‐	‐	‐	‐

登場作品（東方風神録～ダブルスポイラー）

キャラ＼作品	風	緋	地	星	非	DS
博麗霊夢	自機	登場	自機	自機	登場（ストーリー無）	LvEx
霧雨魔理沙	自機	登場	自機	自機	登場（ストーリー無）	LvEx
チルノ	‐	‐	‐	‐	登場（ストーリー有）	‐
十六夜咲夜	‐	登場	‐	‐	登場（+緋想天）	‐
魂魄妖夢	‐	登場	‐	‐	登場（+緋想天）	‐
鈴仙・優曇華院・イナバ	‐	登場	‐	‐	登場（+緋想天）	‐
射命丸文	4ボス	登場	支援（霊夢）	‐	登場（+緋想天）	自機
東風谷早苗	5ボス	‐	Ex中ボス	自機	登場（ストーリー有）	LvEx
姫海棠はたて	‐	‐	‐	‐	‐	自機
鬼人正邪	‐	‐	‐	‐	‐	‐
宇佐見菫子	‐	‐	‐	‐	‐	‐

登場作品（妖精大戦争～東方深秘録）

キャラ＼作品	精	神	心	輝	ア	深
博麗霊夢	‐	自機	登場	自機	8日目	登場
霧雨魔理沙	Exボス	自機	登場	自機	7日目	登場
チルノ	自機	‐	(背景)	1中ボス	1日目	‐
十六夜咲夜	‐	‐	(背景)	自機	7日目	‐
魂魄妖夢	‐	自機	(背景)	‐	7日目	‐
鈴仙・優曇華院・イナバ	‐	‐	(背景)	‐	‐	登場(PS4版)
射命丸文	‐	‐	(背景)	‐	6日目	‐
東風谷早苗	‐	自機	(背景)	‐	7日目	‐
姫海棠はたて	‐	‐	(背景)	‐	6日目	‐
鬼人正邪	‐	‐	‐	5ボス	自機	‐
宇佐見菫子	‐	‐	‐	‐	‐	登場

登場作品（東方紺珠伝～秘封ナイトメアダイアリー）

キャラ＼作品	紺	憑	天	ND
博麗霊夢	自機	登場	自機	日曜日、裏・日曜日、悪夢土曜日
霧雨魔理沙	自機	登場	自機	水曜日、悪夢土曜日
チルノ	‐	‐	自機(日焼け)	‐
十六夜咲夜	‐	‐	‐	‐
魂魄妖夢	‐	‐	‐	‐
鈴仙・優曇華院・イナバ	自機	登場	‐	‐
射命丸文	‐	‐	自機	‐
東風谷早苗	自機	‐	‐	‐
姫海棠はたて	‐	‐	‐	‐
鬼人正邪	‐	‐	‐	‐
宇佐見菫子	‐	登場	‐	自機

登場作品（東方鬼形獣～東方獣王園）

キャラ＼作品	鬼	剛	虹	闇	獣
博麗霊夢	自機	登場	自機	4th	登場
霧雨魔理沙	自機	登場	自機	自機	登場
チルノ	‐	‐	‐	2nd	‐
十六夜咲夜	‐	‐	自機	4th	‐
魂魄妖夢	自機	‐	‐	4th	‐
鈴仙・優曇華院・イナバ	‐	‐	‐	‐	‐
射命丸文	‐	‐	‐	‐	‐
東風谷早苗	‐	‐	自機	4th	登場
姫海棠はたて	‐	‐	‐	‐
鬼人正邪	‐	‐	‐	‐	‐
宇佐見菫子	‐	‐	‐	‐	‐