名称変更
- 東京巨人軍(→読売ジャイアンツ)
- 大阪タイガース(→阪神)
- 阪神(→大阪タイガース)
- 大阪タイガース(→阪神タイガース)
- 中部日本(→中部日本ドラゴンズ)：1947年
- 中部日本ドラゴンズ(→中日ドラゴンズ)：1948年
- 中日ドラゴンズ（→名古屋ドラゴンズ）：1951年
- 名古屋ドラゴンズ（→中日ドラゴンズ）：1954年
- 東京セネタース（→翼軍）：1940年
- イーグルス（→黒鷲軍）
- 広島カープ（→広島東洋カープ）
- ロッテオリオンズ（→千葉ロッテマリーンズ）
- 大洋ホエールズ（→横浜大洋ホエールズ）
- 横浜大洋ホエールズ（→横浜ベイスターズ）
- 日本ハムファイターズ（→北海道日本ハムファイターズ）:2003年
- 阪急(→阪急ベアーズ)
- 阪急ベアーズ(→阪急ブレーブス)
- オリックス・ブレーブス（→オリックス・ブルーウェーブ）
- オリックス・ブルーウェーブ（→オリックス・バファローズ）：2004年
- サンケイスワローズ(→サンケイアトムズ)
- ヤクルトアトムズ(→ヤクルトスワローズ)
- ヤクルトスワローズ（→東京ヤクルトスワローズ）：2005年
- 西鉄クリッパース(→西鉄ライオンズ)
- 太平洋クラブライオンズ(→クラウンライターライオンズ)
- 西武ライオンズ（→埼玉西武ライオンズ）：2008年
- 大映スターズ(→大映ユニオンズ)
- 近畿日本(→近畿グレートリング)
- 近鉄パールス(→近鉄バファロー)
- 近鉄バファロー(→近鉄バファローズ)
- 近鉄バファローズ(→大阪近鉄バファローズ)
球団売却等による名称変更
- 名古屋軍(→産業軍)
- 産業軍(→中部日本)：1946年
- 後楽園イーグルス(→イーグルス)
- 黒鷲軍(→大和軍)
- 国鉄スワローズ(→サンケイスワローズ)
- サンケイアトムズ(→ヤクルトアトムズ)
- 大洋軍(→西鉄軍)
- 西鉄ライオンズ(→太平洋クラブライオンズ)
- セネタース(→東急フライヤーズ)：1947年
- 東急フライヤーズ(→東映フライヤーズ)
- 東映フライヤーズ(→日拓ホームフライヤーズ)
- 日拓ホームフライヤーズ(→日本ハムファイターズ)
- クラウンライターライオンズ(→西武ライオンズ)
- 阪急ブレーブス（→オリックス・ブレーブス）：1988年
- 南海(→近畿日本)
- 近畿グレートリング(→南海ホークス)
- 南海ホークス（→福岡ダイエーホークス）：1988年
- 福岡ダイエーホークス（→福岡ソフトバンクホークス）:2004年
- 横浜ベイスターズ（→横浜DeNAベイスターズ）：2011年
合併による球団消滅
- 名古屋金鯱軍(→大洋軍)
- 翼軍(→大洋軍)
- 西日本パイレーツ(→西鉄ライオンズ)：1951年
- 高橋ユニオンズ(→大映ユニオンズ)：1957年
- 大映ユニオンズ(→大毎オリオンズ→東京オリオンズ)：1958年
- 松竹ロビンス(→大洋松竹ロビンス→大洋ホエールズ)：1952年
- 大阪近鉄バファローズ(→オリックスバファローズ)：2004年
解散による球団消滅
- 西鉄軍：1943年
