クルクル山のふもとで平穏な日々を過ごしていたバンジョーとカズーイにまたグランチルダが勝負を挑みに来る。しかしバンジョーとカズーイはその間に激太りし、グランチルダも頭蓋骨だけになってしまったため、“ロード・オブ・ゲーム”（通称ログ）と名乗る者によって『ドタンバたうん』での決着をつけることを提案される。

ゲームシステム

乗り物

本作ではマンボのガレージにて乗り物を自分で作成し、ゲーム内に居るキャラクターから与えられる様々なミッションをクリアしていくことになる。

乗り物はパーツ（単なる部品の他、エンジンやプロペラなどの動力やタマゴ砲や火炎放射などの武器も含む）を組み合わせることによって作り、こなすミッションもレースやボスの撃破などの他、対象物に激突してドミノ倒しをしたり、スケールの大きいゴルフゲーム(?)をしたりと多岐にわたる。

レースの内容も陸上だったり水上だったり空中だったり、小回りが必要だったり障害物があったりするのでそのミッションに合わせた乗り物を作成することが要求される。

一部のクエストはログ指定の乗り物しか使用できない。

ジグソー

本作ではワールド各所にいる人物に話しかけることでクエストが開始され、経過時間などの成績に応じて「オンプ」「ジグソー」「トロフィー」の3段階の褒美がある（これは最終バトルに至るまで例外ではない）。ジグソーを取れれば先のステージを解禁することはできるが、トロフィーの獲得を狙うとかなり難しい。

これまで以上にクリア手順が多彩であるのも特色で、「指定された場所にあるタルへ収穫物を詰め込め」と言われたらタルを取り外して収穫物の場所まで運んで行ったり、「指定されたターゲットを護衛せよ」と言われたらターゲットを無理矢理乗り物に載せて敵から逃亡を図ったり、「ログ指定の乗り物しか使えないレースをせよ」と言われたらその場で解体して超軽量化してブッチギったり、プレイヤーの発想次第で解法は想像以上の多岐に渡る。

いかにして自分の頭で考えるかを試されるゲームと言える。

また、そのシステムの都合上、探索するだけでいきなり手に入るジグソーは存在しない。

ゲームワールド

今回の舞台は中央エリアである「ドタンバたうん」を中心に、特色豊かなゲームワールドと呼ばれる世界へ足を運ぶことになる。

本作では、登場人物はゲームワールドごとに全く違う役で出演しており、まるでそれぞれのワールド同士が平行世界のような様相を見せている。

たとえばボトルズなら、「バンジョーランド」では園長を務めているが、「ジゴッセウム」ではうだつの上がらない運動オンチといった風に、人物関係や立場そのものも全く異なる。そのため、意外な人物から奇想天外なクエストを受注することも・・・。

1つのステージにつき入口が複数あるのも特徴で、スタート地点・必要ジグソー数・受注できるクエストが全て違っている。したがって、同じ世界をいくども違う角度から見ることになる。但し前作にあった「別のステージ同士が裏口で繋がっているギミック」はない。

登場キャラクター

バンジョー

引き続き今作でも主人公として操作することになる。

ただ直接走ったりジャンプしたりというよりは、レースをしたり物を運んだりと乗り物を操作することのほうが多い。

カズーイ

割と今作では不遇な扱いとなってしまったもう一人の主人公。

ハネやクチバシを使ったアクションは無くなってしまったが、”魔法のレンチ”を使ってバンジョーをサポートする。

マンボ・ジャンボ

元々は呪い師(いわゆる魔法使い)だったのだが、魔術業界の景気が悪いなどというえらくリアルな理由で転職。

乗り物を作るガレージを提供していて、手に入れたパーツボックスを開いたりしてバンジョーを助けてくれる。

ただ、問題を起こしたり（バーベキューを火事と間違えられたり等）することも多い。

ちなみに丁度これが発売された2008年ごろは、スーパーマリオギャラクシーなどに象徴されるように、世界的にはゲーム文化の世界観がSF&機械文明が優勢になっていたとされる（参考：Elves are out, aliens are in（英語記事））。メタ的な意味では、実際魔術業界の景気は悪かったのだ。

フンバ・ウンバ

マンボのライバル。彼女もまたマンボ同様に転職。しかし転職先までマンボと同業種なあたり、もはや腐れ縁である。

前作から容貌が激変した。パーツを売ってくれる店を開いている。

クランゴ

これまではグランチルダの忠実な手下だったが、グランチルダからのあんまりな扱いに気づいて逃げ出した。

今回はグランチルダと特にかかわりは無く、どたんばタウンのはずれで自作ゲームの開発にいそしんでいる。

ボトルズ

これまではゲーム進行に必要なアクションを教えてくれる役割だったが、今回はどたんばタウンにいて、役に立つ(?)助言をしてくれる。

ちなみにジャムジャーは今作では出ない（冒頭シナリオのラジオで声だけ聞くことができる）。

キャプテンブラバー

第1作で登場時にいきなりカナヅチであることを激白してしまった元船長。沈没船に宝を落としたという、泳げない彼にとって致命的なトラブルに見舞われる。

第2作でもウェーブレーサー店を開いたものの、海のトラブルでレンタルマシンが全て大破して店をたたむなど、水に関してとことんまで運が悪い。

今回は、水系のミッションが多いような、そうでもないような…。

ボギー

白熊。ジムでバンジョーのステータスを上げることができる。

ジョリードジャー

（何故か）今作で急にレギュラー化することとなったひとり。

初登場は第2作であり、当時はジョリー・ロジャーという名前で、リゾート地の市長を勤めながらパブを経営している、ゆったりした佇まい···に見えるのだが、裏に火薬を詰めた樽を隠していたり、そもそも海のリゾートで海賊旗そのまんまな名前をしているあたり、どう見ても裏で何やってるかわからないキャラクターだった。

案の定、本作では闇商人っぽくジグソーピースを売ってたり、ワールドマップ内では”セレブで花形のコンピュータープログラマー”だったりする。