概要
ポケモンと人間との共存について研究するポケモン共生研究所の研究企画のこと。
シンクロマシンと似た様な技術で、ポケモンと人間の意識を同化させるために本技術を開発していたが、はかいのいでんしがベースとされるRによるポケモンの暴走事故にに伴い研究企画は中止になった。
関連タグ
ジェシカ・ミラー／チャールズ・マーロック／：プロジェクトの関係者
悪の組織としてのユニタス
しかし、ある人物が、諦めていなかった。
名探偵ピカチュウ(前編)と帰ってきた名探偵ピカチュウ(後編)のストーリークリア後に閲覧することを厳しく推奨する。
その実態はライムシティ市長ハワード・マイヤーズが立ち上げた機関であり、その目的はポケモンと友好的な関係を築くためポケモンの徹底した管理体制を構築するといったもの。
2年前のR事件によって妻エマを亡くしたハワードは、「ポケモンを管理してこそ友好が築ける」と確信し、ユニタスを立ち上げた。
名前の由来は、記事上部にあるエマが発案した「ユニタス・プロジェクト」から来ている。
エマはポケモンと意思疎通からの友好を望んでいたが、ハワードの「これ以上ポケモンによる被害を出したくない」という思いが暴走し、結果的に本来のプロジェクトとは別の方向に動くことになった。
作中の動向は、ハワードの演説の際にアーマーガアをけしかける、ウッウにオーロラの雫を盗ませる、スピアーの大群でミュウツーを襲撃、ガラルヒヒダルマなどを鹵獲、ピカチュウなどを警察署に連行といった事件を起こしたが、その全てにユニタスが絡んでおり、即ち本作の黒幕と言える。
友好キューブと呼ばれるものをポケモンの背中に装着し、ポケモンを操ることができる。
これにより一連の事件を起こしていたのだ。
また、ユニタスは警察とも繋がっており、警察署に連行されたポケモンに友好キューブを装着していた。
更なるネタバレ注意
作中の動向は上記の通りだが、首謀者については異なる。
というのもハワードの考えでは友好キューブはあくまで「ポケモンの共生のために利用する」ものであるため、作中のように人間の悪意によってポケモンを操る運用は想定していなかった。
加えて友好キューブはその名の通り「ポケモンと友好な関係を築くため」と研究所譲渡や資金融資を受ける際にハワードはマーロックから説明を受けていた上、ユニタスという名前からうかがえるようにハワードの妻の夢の実現も目標としていることから、ハワードはあくまで理想のためにユニタスに援助していたに過ぎず、作中の動向については感知していないどころか首謀者に騙された上で計画に手を貸してしまっていた。
ユニタス研究所の最下層でティムとレイチェルの説得によってハワードは自分の過ちを認めたが、上記の友好キューブを作り人間の悪意による事件を引き起こした首謀者については解決していない。
その首謀者はチャールズ・マーロック。
R事件より半年前、マーロックは人とポケモンの精神を繋ぐ方法（ポケモンを人間の意のままに操る方法）を見つけたが、その実証性については不明瞭だった。
しかし、この頃エマは実証性を充足する研究を見出していたため、マーロックはポケモン共生研究所で研究を行なっていた当時のエマの元を訪れ研究データを見せるよう要求したが、研究そのものが危険とエマが反発した。
マーロックは研究所内を探し回ったが見つからなかったため、ジェシカ・ミラーが持っていると推測し、研究データを奪う機会を虎視眈々と待っていた。
それと同時並行で、自身の最終目的のための施設開発や研究サンプルを増やすなどの目的で、ハワードから資金援助を受けてきた（ちなみに友好キューブは本来の名称は「コントロールキューブ」であり、まさにポケモンを操るために開発されたのだが、それを秘匿してハワードに説明していた。一方、作中のユニタスの動向がコントロールキューブによるものだったとしても、ハワードの目的も人間にとっての悪用ではない以外はポケモンにとって有害であることは同様なので、ハワードがレイチェルに反論したように、結局は使い方の問題である）。
そして本作の「竹林の記憶」にてジェシカから研究データを奪ったマーロックは、自身の研究成果から最終目的の人とポケモンの融合を行なう。
ミュウツーによってハリー・グッドマンと意識が合体したピカチュウに目をつけ、ハリーの肉体と、ハリーと元のピカチュウの意識が絶妙な塩梅で混在したピカチュウのエネルギーを利用し、オーロラの雫から復元したデオキシスの肉体に自身の意識を取り込み、融合を果たした。
デオキシスの力を試すべくライムシティに向かおうとするが、ミュウツーに阻まれてしまい交戦する。
ティム・グッドマンとピカチュウの推理によりデオキシスを倒す方法を閃かされ、最後の力を振り絞ってボルテッカーを発動したピカチュウにデオキシスの復活に使用した2つのエネルギーをぶつけられ、パワーバランスが崩れたことでマーロックの意識がデオキシスの肉体から分離した。
関連タグ
ギンガ団(ヒスイ)→ギンガ団：組織体制の変遷により元々の理念と異なる動向となった点に類似性がある。
BDSPのひでんわざ：詳しい仕組みは不明。ヒスイ地方のライドポケモンに合わせ主人公の実力を認め力を貸すならともかく、何ら関係ない野生ポケモンを行使する様は人によっては悪の組織と同じ事をやっているようにも見える。
