概要
アルケミー・スターズに所属する天才児の1人である藤宮博也を中心に開発されたコンピューターで、藤宮曰く『世界を導く予測』を行うシステム。
本編開始の4年前にて、クリシスの光量子回路が軌道に乗ったことで開発に成功したのだが、その直後にクリシスが狂ってしまう。そして、「近未来、地球と人類に破滅をもたらす破滅招来体が襲い来る」というメッセージがクリシスから伝えられた。
その後、色々と試行錯誤した結果、破滅招来体による地球の襲撃を防ぐには“人類を消去”するしかないという結論に至ってしまった。
以上の経緯により、藤宮はクリシスの出した答えを信じ、地球と人類の両方を救おうとする我夢と度々対立することになる。
しかし、これは罠だった。
我夢=ウルトラマンガイアと藤宮=ウルトラマンアグルが戦闘し、何度も激突した際の膨大なエネルギーを利用してゾーリムが出現した時、クリシスは破滅招来体によって操られていたということが発覚する。
信じていたもの、大事なものに裏切られたと悟った藤宮は絶望し、アグルの光を我夢に託して姿を消すことになった。
ゾーリムが倒された後、クリシスの全システムは凍結されたかのように思われだが、クリシス内部に潜んでいたコンピューターウイルスによって最悪な事態が引き起こされるようになる。
余談
ガイア本編1話と2話にて、その存在が示唆されていたが、16話にて正式名称が登場することになる。