概要
アルケミー・スターズに所属する天才児の1人である藤宮博也を中心に開発されたコンピューターで、藤宮曰く『世界を導く予測』を行うシステム。
本編開始の4年前にて、クリシスの光量子回路が軌道に乗ったことで開発に成功したのだが、その直後にクリシスが狂ってしまう。そして、「近未来、地球と人類に破滅をもたらす破滅招来体が襲い来る」というメッセージがクリシスから伝えられた。
その後、色々と試行錯誤した結果、破滅招来体による地球の襲撃を防ぐには“人類を消去”するしかないという結論に至ってしまった。
以上の経緯により、藤宮はクリシスの出した答えを信じ、地球と人類の両方を救おうとする我夢と度々対立することになる。
しかし、これは罠だった。
我夢=ウルトラマンガイアと藤宮=ウルトラマンアグルが戦闘し、何度も激突した際の膨大なエネルギーを利用してゾーリムが出現した時、クリシスが暴走しネットワーク回路を遮断してしまう。
更にクリシスがワームホールのパルス符号とシンクロしており、破滅招来体によって操られていたということが発覚する。
信じていたもの、大事なものに裏切られたと悟った藤宮は絶望し、アグルの光を我夢に託して姿を消すことになった。
ゾーリムが倒された後、クリシスの全システムは凍結されたかのように思われだが、クリシス内部に潜んでいたコンピューターウイルスによって最悪な事態が引き起こされるようになる。
後に、クリシスの予測を操っていた原因がアルケミー・スターズの内部の裏切り者であるという結論にたどり着き、犯人はクリシスの設計にも携わっていたドイツのクラウス・エッカルトであったことが明かされた。
クラウスは、破滅招来体の精神寄生体と接触したことで破滅招来体をはるかなる星の叡智と認識して自らの肉体とクリシスを含めた知識を明け渡しビゾームに変貌していた。
最終章で、プロノーン・カラモスへとたどり着いた藤宮がチェレンコフ光を見て、稲森京子博士の残留思念からどんなに空がイナゴに覆われようと宇宙からニュートリノか降り注いでいるという言葉をヒントにして、ニュートリノの活性化システムを使用、クリシスを再起動させ光量子ネットワークを復活、通信回線を回復させた。
余談
ガイア本編1話と2話にて、その存在が示唆されていたが、16話にて正式名称が登場することになる。
