南雲機動部隊の別名として捉えられていることが多い。
初代は、1941年4月10日に南雲忠一中将を司令長官として編成された空母中心の部隊である。それまで水上艦部隊である第一艦隊と第二艦隊に分属されていた空母を一つの艦隊に集約し、大集団で動かすことで攻撃力や防御力の増大を図ったものである。新編時は第一航空戦隊・第二航空戦隊の空母4隻から成っていたが、順次増強され、太平洋戦争開戦直前には下記のように4個航空戦隊・空母8隻から成る大部隊となっていた。
ただし、この他は護衛・雑用の駆逐艦が若干のみで、この艦隊単独で作戦を行う能力はなかった。作戦の場合は、他の艦隊から必要な護衛を借りてくる必要があったのである（逆に借り出されることもあった）。
ちなみに、ここに含まれていない第三航空戦隊は戦艦部隊である第一艦隊の所属となっていた。
開戦時は主力の一航戦・二航戦・五航戦中心で機動部隊を編成し、南雲司令長官が直率してハワイを奇襲した。その後も似たような形の運用が続いたため、これを指して南雲機動部隊と呼び、第一航空艦隊の別名のように捉えられているが、厳密には別物である。
ミッドウェー海戦で一航戦・二航戦の4空母を失い、第三艦隊に再編された。
この他に二代目として、1943年7月1日に発足したものがある。猛将である角田覚治中将を司令長官とした、陸上を基地とする航空部隊で、戦闘艦艇はない。マリアナ沖海戦で司令部もろとも壊滅、再建されたのちフィリピンで初の特攻を含む凄惨な戦いで消耗した末、1945年6月15日、解散された。
なお、第二次大戦時のドイツ空軍も「航空艦隊」という編成単位を持っていた。第一航空艦隊はポーランド戦や独ソ戦に参加している。
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第一航空艦隊は赤城 加賀 蒼龍 飛龍 翔鶴 瑞鶴の総称となっており、
南雲機動部隊は赤城 加賀 蒼龍 飛龍 とされている。
