元々は1995年から2000年まで25時台に放送されていた「UP'S〜Ultra Performer'S radio〜（略称：UP'S）」が前身であり、開始時から月曜に伊集院光を、木曜にコサキン（97年から水曜）を、97年から火曜に爆笑問題を起用するなど、ヘビーリスナーを対象とした深夜番組を放送していた。2000年4月にUP'S自体が終了するものの、伊集院・爆笑問題・コサキンの3番組がいずれも続投するなど、UP'Sの流れを汲んだ深夜番組ゾーンは単独番組として継続。

そして2002年4月から、25時台の旧UP'Sと24時台（ネット局は27時台に時差ネット）に放送されていた「Be@t B@by!!」と統合する形で、本番組を開始。Junk放送開始時にはUP'S時代から伊集院・爆笑問題・コサキンの3番組と、UP'S終了後の単独番組時代から金曜に開始した「極楽とんぼの吠え魂」がそのまま引き継がれた。

かつては競合番組のオールナイトニッポン同様兄弟番組もあり、開始時には現存の25時台の2時間枠の1部に加え、前後の24時台には旧「Be@t B@by!!」の流れを引き継いだ同番組名の1時間枠や27時台にはB-JUNKとして放送していた。その後、24時台枠がB-JUNKと事実上統合され全局27時台に移動すると、2005年から2008年9月まではJUNK2にリニューアルし、2008年10月から2010年3月まではTBSラジオのみ24時台に移動（他は27時台に時差放送）したJUNKZEROが放送された。JUNKZEROが終了し、25時台のJUNK一番組のみになった2010年4月から2021年3月までにもJUNKサタデーとして土曜25時台にも放送された。

開始当初は24時台を中心に音楽関係のパーソナリティが多く起用されたことがあるものの、UP'S時代から長らくお笑いタレントが多数起用されており、2010年以降は全曜日お笑いタレントが担当している為、お笑い要素が強いのが特徴。特に月曜は伊集院光が、火曜は爆笑問題がUP'S時代から25年以上長く務めており、深夜帯では高い聴取率を取っている。また、水曜から金曜も2010年にリニューアルして以来一度もパーソナリティが変更されていない。

パーソナリティ(2021年12月現在)

月曜JUNK:伊集院光深夜の馬鹿力

パーソナリティ:伊集院光(1995年10月～)

火曜JUNK:爆笑問題カーボーイ

パーソナリティ:爆笑問題(1997年4月～)

水曜JUNK:山里亮太の不毛な議論

パーソナリティ:山里亮太(2010年4月～)

木曜JUNK:おぎやはぎのメガネびいき

パーソナリティ:おぎやはぎ(2010年4月～)

金曜JUNK:バナナマンのバナナムーンGOLD

パーソナリティ:バナナマン(2010年4月～)

現在の放送局一覧

TBS　北海道放送　ラジオ関西　 RKB毎日放送　琉球放送

TBSラジオをキー局にJRN各局にネットしているものの、JRNシングルネットのCBCラジオやクロスネットを結んでいる多くのラジオ局がニッポン放送制作のオールナイトニッポン（以下ANN）をネットしていることから、TBS以外ではCBC以外のJRNシングルネットの3局と独立局のラジオ関西の4局のみ。一方、かつて放送されていた24時台のJUNKやB-JUNK⇒JUNK2（いずれも全局27時台で同時ネット）⇒JUNKZERO（TBSとCBCのみ24時台で、他は時差放送）は各局27時台に放送されており、こちらはオールナイトニッポンをネットしている多くの地方局がネットしていた。

関西地方では2008年まではJUNKシリーズがネットされていなかったが、2008年にJUNKZEROを毎日放送（現：MBSラジオ）が、2009年にJUNKを朝日放送（ABCラジオ。現朝日放送ラジオ）がネットしたのを契機に開始。その後、2014年4月よりABCラジオがJUNKの放送を打ち切るも、翌2015年4月からラジオ関西のネットが開始。ラジオ関西は対象地域は兵庫県のみだが、大阪府などの近隣でも聴取できる他、radikoのサービルエリアでは三重県以外の近畿全府県で聴取可能。

ちなみに、UP'S時代の1997年4月から翌98年9月まで金曜25時にラジオ関西制作の林原めぐみのHeartful StationをUP'SをネットするTBSなどがネット受けしていた時期もあった。

また、JRN系列のCBCラジオが放送対象地域である東海3県については開始から現在に至るまでJUNKが放送されていない。これは、元々競合局である東海ラジオ（NRN系列）が長年『ミッドナイト東海』を放送し圧倒的な人気を得ていたことで、本来のNRNネット番組であるANNを東海ラジオでは放送できず、ニッポン放送がミッドナイト東海に聴取率で苦戦していたCBCに打診したことで系列外ながらANN1部をCBCが1972年放送開始。その後、ミッドナイト東海が終了以降も長年ANN1部をCBCが放送していることから、東海ラジオは系列外であるJUNKをネットせず、自社制作や文化放送制作の深夜番組を放送。また、独立局である岐阜放送でも深夜帯は休止しており放送していない。

一方、24時台のJUNKやB-JUNK⇒JUNK2⇒JUNKZEROに関しては、ANN1部と別時間帯ということもあり、いずれもCBCがネット。また、27時台のオールナイトニッポンZEROに関しては前身のオールナイトニッポンRの一部曜日・時間帯をCBCがネットした時期があるものの、2021年より東海ラジオが土曜を除きフルネットしている。