下位流派
- 体の一部・あるいは全部を機械に改造した忍者（機忍）たちによる実行部隊「鍔鑿組（つばのみぐみ）」
- さまざまな忍具を開発したり、より使いやすいように改良する「大槌群」
- 他流派の奥義や忍法を分析・研究し、斜歯忍軍のために忍器を開発する「指矩班（さしがねはん）」
- 占星術による予知と呪殺を得意とする、異端の部門「御釘衆」

鞍馬神流

京（かなどめ）八流とも言われる武術の一派。あらゆる剣術の開祖とも言われ、圧倒的な戦闘力を誇る。

異形のものを滅ぼし、忍者の存在を陰の世界にとどめておこうとする。そのため、隠忍の血統を狩ろうとしている。

下位流派
- 外道や裏切り者を抹殺するため、仕置き人たちで組織される「廻鴉（まわりがらす）」
- 武芸に長けた鞍馬神流の中でも、銃器に特化した珍しい一派「バヨネット」
- 隠忍を狩るため、自ら隠忍の血を引いた人外の戦士たち「魔王流」
- 魔を滅ぼし、弱者を守る拳士の集団「蓮華王拳」

隠忍（おに）の血統

異形の存在、および、その末裔たちのこと。歴史的に時の政府から迫害されてきたため、比良坂機関に恨みを持っている。

十数年前に六大勢力それぞれが一つずつ持っていた神器を奪いシノビガミ召喚を行うも失敗し、街一つを異界（出島）にしてしまっている。

下位流派
- かつて朝廷に恭順せずに滅ぼされた蟲使いの末裔「土蜘蛛」
- 吸血鬼となった秦の始皇帝を始祖とする吸血鬼集団「血社（シエシャー）」
- 人に化ける能力を手に入れた妖獣やその血を引く獣人「凶尾（まがつび）」
- 幼少時に人間の赤子と取り替えられた異世界の住民たち「長耳（ながみみ）」

比良坂機関

比良坂流古神道を背景に持つ諜報機関。日本の国家を裏で操ると言われるほど、国家権力と結びついている（要はお役人）。

日本の国防、国益を最優先で遂行するため、傍目からみると外国人をホイホイと入学させている私立御斎学園は目の仇。

下位流派
- 死者を守り、その声を聞くことで凶事や災厄を予言する巫女「常夜（とこよ）」
- 隠された己の顔を見たものは抹殺する、女性だけの戦闘部隊「醜女衆（しこめしゅう）」
- 日本の安全保証を目的とし、国内外問わず忍者がらみの事件情報を収集・処理する政府内に設置された出先機関「公安隠密局」
- 毒使いの忍者とクノイチたちが潜む、政財界御用達の病院兼娼館「麝香会総合病院」

私立御斎（おとぎ）学園

表向きは国内外の子息令嬢が集まる小中高一貫の進学校、裏の顔は忍者養成学校。

忍びの力を制御するという名目の教育を行ってるため、異能の力を好き勝手に使うハグレモノと仇敵関係。

下位流派
- 御斎学園OBたちから構成された忍法教師の組織「特命臨時教職員派遣委員会」
- 優秀な生徒から選抜され、学園の治安を維持する「御斎学園生徒会」
- クノイチ（男の娘も可）たちの集う御斎学園の姉妹校「私立多羅尾（たらお）女学院」
- 迷宮化した旧校舎の維持やその探索をサポートする「旧校舎管理委員会」

ハグレモノ

上記五大勢力に属さない個人や小規模流派のこと。一つ一つの力は小さいが、決して無視できない力を持つ。斜歯忍軍の忍法狩りの犠牲者が多く、彼らに復讐しようと憎んでいる。

下位流派
- フリーの殺し屋集団「夜顔」
- 抜け忍たちの寄り合い「No.9」
- 妖かしの糸で影を操る、影使いと呼ばれる者たちのネットワーク「影絵座」
- 発火能力者の一族「不知火」
- 魔眼を受け継ぐ一族「咎眼（とがめ）流」
- 世界各国のニンジャ能力者たち「世界忍者連合」
- 主を失った忍獣の集団「ブレーメン」
- 死の世界からよみがえってきた者ども「デッドマン」（シノビガミ・リプレイ戦２の初回特典。大判ルールブック未掲載流派）

古流流派

忍術バトルRPGと銘打ってはいるが、現代忍術バトルTRPGではない。「シノビガミ」では、忍者がもっとも活躍した戦国時代を背景として遊ぶことも可能なのだ。

下記の二十二の流派があり、一定の条件を満たせば現代編でも古流流派の忍法を使うことができる。

流派一覧

流派名	流儀	本拠地（カッコ内は現在の地理）または主君・祖	傑物
伊賀者	忍びとしての使命と責務を果たす	伊賀（三重県）	服部半蔵、百地丹波、藤林長門
甲賀者	忍者を嘲笑う者を倒す	近江（滋賀県）	望月出雲守、山岡景友
裏柳生	徳川を害するものを倒す	大和（奈良県）	柳生刑部、列道義仙
根来衆	奥義でとどめを刺す	紀伊（和歌山県）の根来寺	津田監物、杉之坊明算
透波	忍者の素質がある者をスカウトする	甲斐（山梨県）	富田郷左右衛門、望月千代女
軒猿	自分の奥義を知られない	越後（新潟県）	「飛び加藤」加藤段蔵、中西某
乱波	敵対者を容赦なく倒す	相州（神奈川県）	風魔小太郎
突波	目上の者の命令を守る	信濃（長野県）	猿飛佐助
雑賀衆	金を稼ぐ	紀伊（和歌山県）	雑賀孫市
黒脛巾組	時間漂流者を捕獲・抹殺する	奥州仙台藩（宮城）	大林坊俊海、緋室蔵人
座頭衆	有力な人脈を作る	安芸（広島県）	角都、琵琶法師勝一
鉢屋衆	楽しい戦をする	出雲（島根県西部）	鉢屋弥三郎
八房	主君を守る	安房（千葉県）	犬塚信乃ら八犬士
黒鍬組	周到な準備で戦を有利に運ぶ	三河（愛知県東部）	黒鍬小角
川並衆	負け戦をしない	美濃（岐阜県南部）～尾張（愛知県西部）の木曽川流域	蜂須賀小六
山潜り	使命のためなら命を捨てる	薩摩（鹿児島県）	島津忠良、潜り狐（くぐりぎつね）
花留多衆	素顔を見せてはいけない	足利将軍家	黒阿弥
金色庵	大きな戦をする	豊臣秀吉	千利休、曽呂利新左衛門
宿儺衆	強い者を取り込み、一つの肉塊となる	飛騨国（岐阜県北部）	大耶奴主命（おおやぬすのみこと）、耶奴媛（やなひめ）
真言立川流	快楽によって悟りを得る	不明	文観僧正
土御門家	妖魔から人々を守る	安倍氏	土御門有脩、土御門久脩
伴天連	神の教えを広める	記述なし（イエズス会？）	ルイス・フロイス、フランシスコ・ザビエル