概要
サー・コナン・ドイル『シャーロック・ホームズ』シリーズに登場する。
フルネームの「H」は、妻に「ジェームズ」と呼ばれた事があるため、「ジェームズ」と同じ意味の「ヘイミッシュ」だと推測されている。
邦語訳では｢ワトソン｣とされるのが一般的に有名だが、熱心なファンには｢ワトスン｣呼びを支持する層も居る。
シャーロック・ホームズとともに、メアリ・モースタンと結婚(「四つの署名」)まで221Bに同居し、生活をしていた。第二次アフガニスタン戦争に従軍した際に肩(足という説もある)を負傷し、本国へ送還されたあと、スタンフォードに紹介され、シャーロック・ホームズとの生活に至った。ホームズ専属の伝記作家である。結婚後、開業医になっている。
人物像
ホームズと対比された形で描かれており、安定した仕事を持っている常識人というイメージが文章からは読み取れる。また、本人は女性好きを自称しているが、そういった点が物語自体に現れている部分は見られない。
職業は医師で、元はイギリス陸軍の軍医だったがアフガニスタンに赴いた際に戦傷を受けて除隊後に開業医となった。格安で借りられる下宿を探していたとき、たまたまホームズと条件が一致するため、ベイカー街で同居することになった。神経質かつ病的な一面を持つものの、秀でた才能（相当偏っているが）と善良な一面を持つこの男と友人になる。そしてそんな矢先に、レストレード警部らの管轄で、奇妙な殺人事件が起こる。この事件でホームズの探偵としての才能に感嘆したワトソンは、ことの顛末を『緋色の研究』と名付け出版、こうして物語は始まる。
ホームズは「自分の事件をメロドラマ調に書くな」と文句を言いつつも、ワトソンの作家としての才能を認めている（「獅子のたてがみ」など）。あまりにしつこく文句をつけるホームズに堪忍袋の緒が切れて「だったらお前も書いてみろ！」とキレた事もあり、実際に「獅子のたてがみ」を執筆したホームズは「読者を喜ばすにはワトソンのように書くしかなかった」と非常に反省している。
実際、ホームズはワトソンをとても頼りにしており、ワトソンが銃撃を受けたさいは激しい心配を示し（「三人ガリデブ」）、医者としての彼の腕を信頼し（「ぶな屋敷」「バスカービル家の犬」ほか）、射撃の腕もあり（「バスカービル家の犬」ほか）、何度も命を救われている（「悪魔の足」「空家の冒険」ほか）、かけがえのない親友と思っている。彼に向かって、本気なのかジョークなのか、「君の他に友人はいない」（「五粒のオレンジの種」）とまで言い切っている。
ワトソンも、ホームズの才能に敬服しているほか、彼が自分に対して抱いている感情に対しては感動すらしている（「３人ガリデブ」「悪魔の足」ほか）。
実際、死んだと思っていたホームズがいきなり目の前に姿を現したときは、驚きのあまり気絶し、そのあとで「幽霊」ではないようだ…。君が生きているなんてそんなことがありえるのか!?」と感動して叫んでいる（「空家の冒険」）。
ワトソン自身、ホームズがあまりにも個性が強すぎてわからないが、常識と教養を持ち合わせた人物である。彼の書き方が謙虚なのでわかりにくいが、初期の作品と比べて、彼の探偵的才能もかなりホームズの感化を受けている。また、医師としての腕は確かで、開業後の彼の医院はかなり儲かっている。そして、ホームズが孤独を感じたときには、喜んで彼の相棒を務める（後述する通り、彼の妻もホームズを信頼しており、隣の医者と繁忙期に交代する契約を結んでいるためだ）。
ただし原作をよくよく読むと、ホームズとワトソンは関係者との間で「絶対に秘密を守り通す」と約束している場面がちょくちょく見受けられる（「ボスコム谷の惨劇」）。つまり、ワトソンは約束を破って物語を発表している事になる。「まだらの紐」に至っては、「依頼人と事件の事は秘密にする約束をしていたが、依頼人が急死したので秘密を守る必要がなくなった」ととんでもない事を言い放っている。
このように常識人のように見えて守秘義務の観念についてはかなり怪しい人物だったりする。
まあ、スタンフォードにこれから同居するかも知れない人物が死体を叩いていたり、研究の為に悪気は無くても人に毒を飲ませる、もしくは自分でも飲むかも知れない人物と聞かされても同居した方なので、肝っ玉が太いだけでなく、どこか壊れてる所もあるのかも。
原作で描かれるホームズの拳銃の扱いに不信を抱くあるシャーロキアンの説では、ワトソンは拳銃の名手であり、謙虚な彼は作品ではそうとは描いていないが「四つの署名」事件でトンガを、「バスカヴィルの犬」事件で犬を射殺したのは彼であり、「三人ガリデブ」事件でエヴァンズがワトソンを撃ったのもホームズと比べ彼の方が強敵と判断した為と主張している。（因みにホームズはライフルの名手であるとのこと）
生涯で二度の結婚をしている（１度目は「４つの署名」の依頼人、モースタンであり、結果的にホームズがキューピットとなった）。
作中の不明点
- 戦争から送還された理由の負傷箇所は、足という説と肩という説が挙げられる。
- ジョン・H・ワトソンのHは、ヘイミッシュとの説が有力ではあるが、不明。
- メアリーとは、離婚説・死別説とがある。
のちの解釈
映像作品などでは、主人公のホームズを引き立てつつ目立つやり方としてか、演じる役者がワトソンを凡人の間抜け役として演じる事が多く、それが一般的には定着していた。
その風潮に対してグラナダ放送の「シャーロック・ホームズの冒険」では原作通りにホームズは天才だが変人であり、ワトソンは有能な常識人として描かれている。
BBC制作のSHERLOCKでは、マーティン・フリーマンが演じ、名前はジョン・ヘイミッシュ・ワトソンとなっている、また負傷した箇所は肩で、足は心因的な理由でPTSDと設定されており、原作の矛盾点を双方とも盛り込んだ設定になっている。
創作物への影響
推理小説界において、「探偵の相棒を務める作品の筆記者」は彼の名をとって「ワトソン役」と呼ばれる（そのポジションを作ったのはエドガー・アラン・ポーだが、彼の作品に登場するオーギュスト・デュパンの友人”私”には名がない）。
ワトソン役として有名なのは、アガサ・クリスティのヘイズディングズ大尉（エルキュール・ポワロの相棒）、シェパード医師、島田荘司の石岡和巳（御手洗潔の友人）、金田一耕助ものの作中における横溝正史などがあげられる。
作家名をワトソン相当の登場人物からとった作家としてひきこもり探偵シリーズの坂木司などがあげられる。
創作物では女性に置き換えられる場合もある。
原作未読の人にはよく誤解されているが、医者としての確かな知識や技術を持ってはいるものの彼はあくまで事件の捜査現場や解決の過程を見てみたいだけの一般人であり、｢探偵助手｣でも｢探偵志望者｣でもない。
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