森の神殿に巣食う「異次元悪霊」。
英語表記：Evil Spirit from Beyond Phantom Ganon
大魔王ガノンドロフの魔力で生み出された幻影。
平時はガノンドロフそっくりの姿をしており、戦闘時に骸骨の様な仮面の姿になる。

七年の時を越え、大人時代編に入ってからの最初のダンジョンのボスを務める。
子供時代のラストシーンで圧倒された直後だというのに、最初のダンジョンに突入していきなり敵の親玉の登場はプレイヤーを驚かせた。

影武者に過ぎないとは言え、この時点ではかなり強力な部類のボス。
攻撃方法は前後で2種類あり、前半戦では、部屋に飾られている絵の世界へ入り込んだ後、絵画から飛び出して攻撃を行ってくる。弓矢を使って馬を撃破するまでは当分耐えるしかない。

馬を始末した後は、魔法弾の打ち返し合戦となる。この攻撃はガノンドロフも行うため、ラスボス戦のチュートリアルとなっている。ちなみに上手いプレイヤーだと、剣ではなく空きビンで魔法弾を打ち返す芸当ができる（リーチが短い為、タイミングは非常にシビア。ただし剣より打ち返し判定が強いので人によってはこっちの方が楽と言われる）。
更に余談ではあるが、何故か本物のガノンドロフと異なり打ち返す度に光弾の速度が上がるという特性がある。
このせいで慣れたプレイヤーからは本物より光弾ラリーは面倒臭い、下手し本物より強いと言われることもある。
ダメージは本物の方が圧倒的に上だが。

倒した直後に、ガノンドロフ本人からのメッセージで、このガノンは幻影に過ぎないと告げられる。不甲斐ない奴とみなされたファントムガノンはリンクの目の前で、次元の狭間に消し去られてしまった。

姫川明の漫画版では、森の神殿に向かったリンクへの刺客としてガノンドロフが自身の影から生み出した存在となっている。
ミドと一緒に神殿を歩いていたリンクを背後から奇襲し、マスターソードも通じない頑強さで苦戦させた。しかしミドが見つけた妖精の弓がリンクの手に渡り、絵画から出る瞬間を狙って矢で撃ち抜かれ消滅した。

風のタクト

二度目の魔獣島侵入とガノン城で何度か戦うことになる。
後に大怪鳥ジークロックや本物のガノンドロフが控えており、中ボス的な存在。
今回は馬もいなければ槍も持っておらず剣を片手に襲い掛かってくる。
最初から魔法弾の打ち返しが始まるのでさっさと打ち返して倒してしまおう。
ガノン城でのしつこいぐらいの連戦は、道さえ知っていれば無視もできる。
この作品でも空きビンによる打ち返しは出来る。

4つの剣＋

4つの剣＋にもボスとして登場。本編のファントムガノン戦が一対一で魔法弾を弾き返し合うテニスやバドミントンのようであったのに対して、こちらはガノンの魔法弾をプレイヤー全員でお手玉して返すバレーボールのような趣となっている。最初に戦うボスでもあるため手強くはないが、プレイヤー全員にミスのない連携を強いる初心者泣かせでもある。

が、その後もゲームをしばらく進めていると再びボスとして登場。またかと思っていると、今度は瞬時に4体に分身。4つの剣ってレベルじゃねーぞ！
ホレホレホレホレと言いたげに4体で大剣を振り回しているが、倒すべき本体は一人だけ。落ち着いて対処しよう。

ゼルダ無双ハイラルオールスターズ

「風のタクト」のものが巨大魔獣として登場する。レジェンドモードではメインストーリーの後日談を描いた「風のタクト編」で異変の黒幕として登場し、闇の世界に封じられていたシアから魔力を奪い取った。更にそこから得た情報でラナから力のトライフォースも奪って転生の扉を開き、ハイラルの一部を風のタクトの世界に上書きしてしまった。そしてジークロックを遣わすなどして侵略行為を始め、風のタクトの世界を支配しようとした。
行動パターンは2段階で、体力が多いうちは魔法弾を放ち、体力が減ると二刀流での肉弾戦に移行する。魔法弾の撃ち返し合戦に勝利すると倒れてWPが出るので叩く感じになる。二刀流モードになると魔法弾はまったく使わなくなるので、背後から殴ってダウンさせることになる（正面からだとガードされる）。また魔力解放から繰り出す必殺技でダウンさせWPを作るという手もある。
シリーズの中ボスからラスボスに格上げされた珍しい例である。

ブレスオブザワイルド

直接登場はせず、代わりに似たような立ち位置の敵としてカースガノンが登場する。
その後、DLC第2弾でファントムガノンになりきれる兜・鎧・具足が登場。
セットで装備すると敵に気付かれにくくなる以外にも「ガイコツ変装」と「骨武器得意」のセットボーナスが付与され、スタル系の敵に襲われなくなる。

余談

かぢばあたる著『神々のトライフォース』にはガノンを模したレプリカモンスターが登場している。ファントムガノンとは違い、こちらは能力こそ劣るものの外見はガノンそのもの。
ゴーレムドライバーという技術で動くモンスターであり、制御装置を破壊されると活動を停止する。
リンク、ラスカ、アルジュナの3人がかりでも歯が立たないほどの強さを見せたが、リンクの一撃で額の制御装置を壊されたことで機能停止した。

『時のオカリナ』のファントムガノンの笑い声を再生速度を早くするとポウと四姉妹の幽霊の笑い声と同じになる。