最初のステージであり、最後のオルゴールがある場所である。ここのボスは蜘蛛の「スパイゴン」。事実上の最後のボスである。緑の宝箱からは「カエル王子の手袋」が手に入り、激流の水に逆らって泳ぐことができる。ある宝を手に入れるとマップ上に葉っぱが落ちる演出が出る。ストーリークリアするにはここの宝箱を全て開けなければならない。

N2 静かな村(The Peaceful Village)

人が一人もいない名前通りの村である。昼はコックン、夜はゾンビが登場する。恐怖の森を開放すると東のエリアに行くことができる。ある宝を手に入れるとマップ上に蛇が出てくる。

N3 広大な平原(The Vast Plain)

広い平原ステージで、上空や地下など上下にも広い。初めて透明人間になれる。静かな村と合わせて初めて複数の宝が必要だと分かるステージである。最初に緑色の宝箱を開ける場所である。ある宝を手に入れるとマップ上にツタが生える

N4 激流の川辺(Bank of The Wild River)

「混沌とした街」で手に入れたオルゴールによって行けるようになる。どのようにして行けるようになったのかという演出はない。川の流れが速いステージである。この川を泳ぐにはある宝でパワーアップする必要がある。ボスは食いしん坊魚の「ファットマウス」。緑の宝箱を行くにはカエル王子の手袋でも逆らえない激流を止めないといけない。別の部屋にいるファットマウスに餌を与えることで太らせることで激流を止めることができる。

N5 満ち引きの海岸(The Tidal Coast)

激流の川辺と同時に解放される。夜と昼で海の満ち引きが変わるステージである。潮の状態で入れる場所が変わる。緑の宝箱は夜しか攻略できないが、鍵やオルゴールコインはいつでも回収できる。

N6 ウミガメ岩場(Sea Turtle Rocks)

「ニンニクボール」を手に入れることで行けるようになる。マップ上の表現では手前の岩を破壊して移動する演出がある。パワーアップで行けるようになる唯一のステージである。別のパワーアップアイテムとセットで使うことで岩を壊しながら進むことができる。ボスはイカの「イカタコテング」。頭のボタンを上から押し、その後出てくる下のボタンを押すことを繰り返すと倒せる。倒すとオルゴールが手に入り、炎の洞窟が出現する。

西

クリアに必要なお宝は12個。

W1 砂漠の遺跡(Desert Ruins)

始めて昼と夜で攻略できるルートが違うことが分かるステージである。時間帯によって門が開いたり、閉じたりする。この門はパワーアップすることで壊すことができる。昼の建物より夜の建物の方が探索エリアが広い。最初の赤い宝箱を開けるステージである。さらに進むと「風船魔人」というボスが潜んでいる。風船魔人の頭をヒップドロップし、その後出てくるポンプを３回押すと体が膨らみすぎて爆発する。

W2 火山のふもと(The Volcano's Base)

火山のふもとにあるステージ。竜巻を消すと行くことができる。ここは最初にボスと戦い、最初にパワーアップアイテムが手に入り、最初にステージ開放に関係ないお宝が手に入り、最初にすべての宝箱を空けることができるステージである。ボスは達磨の「ダルマン」。達磨落としのように光る土台をアタックで落とす。本体だけになったらアタックし、本体が緑色になったらところで再度アタックすると倒せる。倒すと「船のオーバーオール」が手に入りヒップドロップできる。ある宝を手に入れるとマップの岩が崩れる。

W3 雨水の池(The Pool of Rain)

ある宝によって作り出された雨でできた水たまりのステージ。ヒップドロップで動く杭を動かして移動する。後半は水たまりを泳いでいく。ボスは忍者の格好をした狐の「ケズネ」。人魂をよけ、いがぐりもよけるとクリボーみたいな敵が出る。そいつをアタックしてケズネに当てるとダメージを当てることができる。それを３回繰り返すと倒せる。倒すと東のエリアが解放される。ある宝を手に入れるとマップ上にツタが生える。

W4 混沌とした街(A Town in Chaos)

街のステージ。雨水の池を開放すると同時に行くことができる。静かな村と同じく人が一人もいない。裏路地にサッカーのゴールがあり、「シュート」というウサギ型のボスがいる。サッカー勝負で、シュートを踏みつけてボールにして、アタックでゴールするとワリオに点数が入る。３点入れるとシュートを倒したことになる。倒すと赤い宝箱から封印のオルゴールが手に入る。北の「激流の川辺」と「満ち引きの海岸」が出現する。

W5 深海(Beneath the Waves)

「よどみの沼」で手に入れたオルゴールの力で渦潮を発生させることで解放されるステージである。宝箱が中央のダンジョンにあり、鍵が外側の場所にある。外側のルートは宝箱の数と同じ４つある。

W6 西の火口(The West Crater)

ゲーム序盤は赤い岩で塞がっているが、あるアイテムで噴火させると行けるようになる。炎のギミックが多くなっている。ステージ開放に必要なお宝は3つであり、ゲーム上最多である。

南

「雨水の池」と「混沌とした街」で歯車を手に入れると右側のエレベータが起動し、行けるようになる。海のステージがない。クリアに必要なお宝は9個でゲーム内最少。

S1 深々とした草原(The Grasslands)

最初のオルゴールがある場所である。背の高い草で足元が見づらくなっており、見えない穴がある。ボスはミミズの「ドワーム」。ドワームの胴体をアタックし、下がったところを頭にヒップドロップする。３回目は頭しか出なくなるので、直接ヒップドロップして倒すことができる。マップ上では蛇とツタが一緒に表示される唯一のステージである。

S2 巨大橋(The Big Bridge)

オルゴールの力で通れるようになった跳開橋のステージである。宝箱のルートは跳開橋の上下左右に配置されている。マップ上では唯一の十字路である。

S3 復活の塔(Tower of Revival)

ある宝で出現した塔である。縦に長い塔であり、上に登っていくステージである。次の宝を目指すごとの上の階を行くことになる。灰の宝箱は「カエル王子の足ヒレ」が手に入り、水中を泳げるようになる。赤の宝箱は「ニンニクボール」が手に入り、硬いブロックを壊すことができる。ウミガメ岩場に行けるようになる。パワーアップアイテムが2つあるのはここだけである。

S4 険しい渓谷(The Steep Canyon)

ある宝で川の岸を崩すことで出現するステージ。激流の奥にも宝がある。灰の宝箱から「パワーグローブ」が手に入り、物や小さい敵を持ち上げることができる。ある宝を手に入れる左側の岸辺が崩れる。

S5 炎の洞窟(Cave of Flames)

オルゴールの力で火山に穴が開くと行けるステージである。

S6 雲の上(Above the Clouds)

復活の塔の上部にある。そのステージの青い宝箱を開けると鍵が出るので、塔の扉を開いて雲の上のステージに行ける。雲が出たり消えたりするので、難易度が高い。復活の塔と同じく次の宝を目指すたびに上に登っていく。ある宝で月が出るようになり、夜にしか行けないダンジョンに行けるようになる。クリアには必要ないので、やりこみ要素である。

東

「復活の塔」の右側の霧をある宝で吹き払うと行くことができる。ここはある宝を手に入れるまで夜のままである。北の神殿を除けば、ステージの数は7つと最多であり、マップ上の矢印の数は14本と最多である。またエンディングに関係ないステージの数も最多である。クリアに必要なお宝は11個。

E1 よどみの沼(The Stagnant Swamp)

沼のステージである。ある宝を使うと沼の水位が下がるので、更に奥に行けるようになる。唯一ボスが2体いる。ボスはオオサンショウウオの「オオサンショ」と海賊の幽霊の「ジャマノ」である。オオサンショは網の上で戦う。とげ以外の場所を３回ヒップアタックすると倒すことができる。ジャマノは光に弱いので、登場する時に４つの隅のライトを骸骨で隠す。４つの骸骨をアタックで排除すると光で消滅する。ジャマノを倒すとオルゴールが手に入り、「深海」行けるようになる。ストーリーをクリアするにはここの宝箱を全て開けなければならない。

E2 凍り付いた海(The Frigid Sea)

ある宝の力で凍り付いた海である。このステージのbgmはMADで使われている。灰の宝箱からは「破壊の帽子」が手に入り、頭上のブロックをジャンプで壊せるようになる。雪だるまワリオになれるのはここだけである。青い宝箱は設定上昼にならないと攻略できないルートがあるが、夜でもクリアできる抜け道がある。

E3 幻影の城(Castle of Illusions)

ある宝の力で山から城に変わったステージ。小部屋にあるスイッチを操作しながら探索する。宝箱はスイッチがある小部屋に安置されている。灰の宝箱からは「鋼鉄のオーバーオール」が手に入り、地震を起こすヒップドロップができる。大きな敵を倒すことができる。南のエリアの右側に幻影の城または城になる前の山が見える。

E4 巨大な穴(The Colossal Hole)

火山が噴火すると出現する大きな穴である。地上のルートもある。それは昼に攻略できるようにして、フクロウを地上に下ろす必要がある。緑の宝箱からは「ジャンピングブーツ」が手に入り、通常より高くジャンプして高いところに上がることや敵を踏み台にしたハイジャンプができる。スタート時はワリオが上から落ちてくる。

E5 ゆがんだ空間(The Warped Void)

ある宝で発生したステージである。黄色い光に当たるとワープする。恐怖の森を攻略するための宝が多い。エンディングに影響ない。

E6 東の火口(The East Crater)

ある宝によって道のりを知ると行けるようになるステージである。火山でありながら炎のギミックが少ない。灰の宝箱からは「スーパーパワーグローブ」が手に入り、重たい物や敵を持ち上げることができる。ここの青い宝箱はゲーム上最後に解放されるルートであり、解放までに必要な宝は59個である。

E7 恐怖の森(Forest of Fear)

ある宝によって燃やすことで行けるようになる。同時に静かな村に行けるようになる。ゆがんだ空間の攻略に必要な宝が多い。エンディングに影響ない。ゾンビワリオとヴァンパイアワリオを活用して攻略する。ある宝を手に入れるとマップ上の土管が上昇する。

その他

ストーリークリアに必要なお宝の数は49個であり、残りの51個はやりこみ要素である。
ストーリークリアのルートにはすべてのボスを倒すことになる。またすべてのパワーアップアイテムを回収することができる。
全てのお宝を回収するとタイムアタックができる。
タイムアタックの内容はステージ内の4本の鍵を全て集めてゴールすることである。
7本のクレヨンを集めると北のエリアの右側にある山が灰色から緑色に変わり、その中のゴルフゲームができる。
ステージ内のオルゴールコインを集めるとイラストの1マスが色が付く。すべてのステージで全回収すると新しいゴルフゲームのステージが解放される。
ネタバレになるので割愛するが、本作以降から「ワリオはお宝探しをして邪魔なモンスターをぶっ飛ばしていたら人助けという善い事をしていた」という展開がたまに出るようになった。また、本作のスタッフロールのBGMは非常に評価が高い。