しかし、吉田の胆力の強さ故に完全には支配しきれず抑え込まれてしまい、表に出ることができなくなった。聖杯を手にした吉田は「徳川に対抗できる者」として高杉を選定し再び維新都市に現界させたものの、怨念の影響で生前から内に秘めていた「日本を飛び出して外の世界を見たい」という願望が暴走。手始めに食した者を心酔させる作用がある松陰大福を市民中に売り捌いて資金調達すると、それを元手にかつて日本に襲来した脅威・黒船を模した「戦艦・クロフネ」を建造、さらに「外の世界」への入口と言えるカルデアの接収を目論むなど、一連の事件を引き起こした。

カルデアと手を組んだ高杉に吉田が倒されると、全ての黒幕である怨霊が分離してクロフネと融合し「第16代将軍・徳川クロフネ」を名乗って暴れ始める。これに対抗すべく吉田は高杉が建造し宝具へと昇華させた機動兵器「アラハバキ」に搭乗、自らを欠損していた魔力炉の代用とする捨て身の策を敢行。そしてカルデアとの共同戦線の末にクロフネを打ち倒した吉田は高杉に本当の胸の内を明かし、彼とカルデアの若者に未来を託して退去した。

なお、クロフネは戦艦の残骸を依代にして逃げ延び、エミヤ・オルタに高杉たちの暗殺を命じたものの、最初から「聖杯にまつわる害悪の後始末」を目的としていた彼に宝具を撃たれて消滅するという末路を辿った（エミヤ・オルタには元から味覚が無い事が彼のバレンタインシナリオや幕間で判明しており、先の大福が通用しないため元から食べていない事はマスターたる主人公なら当然把握済みの案件である。そのため終盤にて一人飲んでいた彼のもとに出雲阿国がやって来たのは、主人公はエミヤ・オルタがとった一連の行動の真意を全て察知していたがあえて黙っており、せめてもの労いのためこっそり彼女を向かわせた可能性が推察されている）。

余談

NPCなので例によってクラスは不明。生前の逸話からバーサーカー、もしくはイベントにてクロフネを操っていたことからライダーへの適性を持つのではないかという説が浮上している。
- なお、怨霊はキャスター、それが宿ったクロフネはセイバーである。
『サバフェス2023』では概念礼装「泡沫の彼方」に登場しており、どうやらハワトリアに来ていたようで、酒場で高杉と杯を酌み交わしている。