歴史
黎明期
1951年に門司港駅と熊本駅の間を運行する準急列車につけられた愛称が始まり。以来常に九州を拠点とする優等列車の愛称であり続けている。
1965年には岡山～熊本間の急行の愛称に使われ、初めて本州進出を果たす。その後、1967年をもって門司港駅～西鹿児島駅（現：鹿児島中央駅）間を運行する特急として新たに名づけられ（前述の岡山発着列車は「しらぬい」に改称）、以後九州島内完結列車・鹿児島本線の特急として50年以上に渡り活躍を続けることとなる（国鉄時代を通して、同線内を走る急行との併存を続けたが、後に「つばめ」誕生を挟んで鹿児島本線優等列車は特急に統一される）。
民営化してJR九州が誕生して以後、783系「ハイパーサルーン」が真っ先に投入され花形列車として扱われる。783系充当列車は「ハイパー有明」「スーパー有明」と称され、車内にはカフェテリアが設けられるなどJR九州の看板列車となった。
また、熊本駅発着の一部便は当時非電化であった豊肥本線水前寺駅に乗り入れた。この時、電車特急である「有明」を乗り入れさせるためDE10による牽引運転を採用した（水前寺発は推進運転）。
「つばめ」との分離
1992年に787系が登場。車内設備は更に進化し、ビュッフェや個室も連結された。この787系を用いることとなった西鹿児島行きの列車は分離され新たに「つばめ」となり、「有明」は主に熊本までの列車となった。なお、「つばめ」に併存して八代行き1～2往復と水俣行き1往復が残存し、有明の最長運転区間は西鹿児島行き分離後も水俣までとなっていた。
783系と共に鹿児島本線の看板格を降りた「有明」は、その後線内では一貫して「つばめ」より停車駅の多い特急として扱われ、783系のカフェテリアなどは「つばめ」ビュッフェに代わる形で運用を終了。単なるビジネス特急の感が強まっている。また、一部の「有明」は787系が使用された。
2000年頃までに787系に短編成用の4両編成が大量増備されたため、「有明」の使用列車は一転して大半が787系となり、後には統一された。783系は長崎本線系統の特急などに転用されている。
2001年には小倉発着便が復活。更に豊肥本線が1999年10月に肥後大津駅まで電化されると、水前寺直通便の復活の他肥後大津直通便も設定された（この時は何れも電車のみで運行）。
2003年の九州新幹線部分開業に伴い、八代・水俣発着便は順次廃止された。また、「つばめ」が運行区間を短縮して「リレーつばめ」となる際、毎時1往復分の「有明」が「リレーつばめ」に置き換えられた。この時まで「有明」の本数は「つばめ」の倍近くあったが、逆転されている。
なお、同時に夜行特急「ドリームつばめ」が廃止されたが、この時同列車の博多～熊本間のみ「有明」として存続することとなった（川内～鹿児島中央も快速列車として存続）。
その後は九州新幹線全通まで小倉・博多～熊本・水前寺・光の森（2006年開業）・肥後大津間を結ぶ特急列車として運行された。
新幹線開業に伴う運転縮小
2011年の九州新幹線全面開業により大幅な減便が避けられなくなり、主に新幹線の停車しない荒尾・長洲や瀬高方面の補完用ビジネス特急・ホームライナー的存在としての役割を担うことになる。この時豊肥本線発着列車は全廃となった。熊本駅発着は「ドリームつばめ」スジの早朝・深夜便1往復のみとなり、他は長洲発着となった。783系使用列車を再設定。
2014年にはこの熊本発着便も長洲発着に変更され、熊本への乗り入れが廃止。2017年には「かもめ」との併結運転も実施された。
2018年3月のダイヤ改正により、「かもめ」との併結運転が取りやめ。同時に下り列車全廃、上りも大牟田駅発の朝の1本のみとなり、福岡県内で運用が完結するようになった（同時に、熊本県内の特急は新幹線を除き全て気動車となる）。運行車両は再度787系。
2021年3月のダイヤ改正では、この最後まで残っていた上り1本が廃止され、ついに列車消滅を迎えることになった。
