概要
京都に居を構える剣術道場「吉岡道場」十剣の一人。吉岡清十郎に師事し、又八の妻・お甲の浮気相手だった。佐々木小次郎の初登場シーンでは挑発しすぎて髷を切り落とされる醜態を演じている。
清十郎、伝七郎を倒され、一条寺下り松の決戦にも敗北し吉岡の最後の一兵となった藤次は、お甲や鎖鎌の宍戸梅軒と共謀し、山賊と共に武蔵を襲撃するも、返り討ちに遭い絶命する。
『バガボンド』では右目に傷を持つワイルドな風貌で登場。己の腕に絶対の自信を持ち、躊躇なく人を斬る冷酷な性格。周囲からは「天狗」と呼ばれているがその剣技は自他ともに認める高さ。
どっかのアホにより吉岡道場が失火した折、武蔵を倒すために京を出て修行の旅に出る。武蔵を追い、興福寺で宝蔵院とひと悶着を起こすが、胤舜、更には柳生石舟斎の実力を知って動揺し、迷い始めてしまう。
京に帰った時に偶然武蔵を発見、原作（くわえて史実）と違い武蔵が清十郎を殺害したことを知り、激昂して襲い掛かるが一瞬で斬り倒され死亡する。
なお祇園藤次なる人物は実在しているが、吉岡兄弟の父・吉岡憲法の師匠であり、吉岡の門下生ということはあり得ない。おつう同様吉川英治の創作によるものである。
その他創作における祇園藤次
『龍が如く見参!』
CV:塚本高史
伝七郎派の門下生。愛刀は大般若長光。
関ヶ原の戦いにおいて丸目長恵のスカウトを受けて東軍方に参戦するが、戦端が切られる直前に逃走した。京では邪魔な清十郎を追い落とすために武蔵（桐生一馬）を吉岡に呼び込み互いに戦わせて共倒れを目論む。
