「魔法少女、育てます。」
ストーリー
「闇の書事件」（魔法少女リリカルなのはA's）から10年後の新暦0075年。19歳になった高町なのは、フェイト・T・ハラオウン、八神はやての3人は、育まれた絆を胸に、それぞれの夢を追うべく時空管理局に所属。一流の魔導師として活躍していた。
そんな中で新たに発見されたロストロギア「レリック」とそれを狙う謎の機械兵器「ガジェットドローン」の出現。「レリック事件」と呼ばれるそれらの状況に対応するため、はやては迅速に対応できる部隊が必要だと思い、ロストロギア関連の任務を扱うための部隊「機動六課」を立ち上げる。
一方、遡ること4年前。スバル・ナカジマは空港火災に巻き込まれた際、なのはによって命を救われる。自身の理想を体現したかのような彼女に憧れたスバルは、満天の星の下、管理局の魔導師になることを決意する。
それから4年経ち、紆余曲折の末に晴れて管理局魔導師として2年の実績を積んだスバルは、訓練校時代からのコンビパートナー、ティアナ・ランスターと共に魔導師の昇格試験に挑んでいた。それを見つめるのは「機動六課」の有望な人材として二人に目をつけたはやてとフェイト、そしてなのは。三人が見つめる中、試験開始を告げるリインフォースII（ツヴァイ）とともに『StrikerS』の物語が幕をあける。
登場キャラクター
機動六課
- 高町なのは（CV:田村ゆかり）
- フェイト・T・ハラオウン（CV:水樹奈々）
- 八神はやて（CV:植田佳奈）
- シグナム（CV:清水香里）
- ヴィータ（CV:真田アサミ）
- シャマル（CV:柚木涼香）
- ザフィーラ（CV:一条和矢）
- スバル・ナカジマ（CV:斎藤千和）
- ティアナ・ランスター（CV:中原麻衣）
- エリオ・モンディアル（CV:井上麻里奈）
- キャロ・ル・ルシエ（CV:高橋美佳子）
- フリードリヒ（CV:高橋美佳子）
- リインフォースⅡ（CV:ゆかな）
- グリフィス・ロウラン（CV:箭内仁）
- ヴァイス・グランセニック（CV:中村悠一）
- シャリオ・フィニーノ（CV:伊藤静）
- アルト・クラエッタ（CV:升望）
- ルキノ・リリエ（CV:ゆかな）
- アイナ・トライトン（CV:高森奈緒）
時空管理局
- ギンガ・ナカジマ（CV:木川絵理子）
- マリエル・アテンザ（CV:阪田佳代）
- レティ・ロウラン（CV:鈴木菜穂子）
- ギル・グレアム（CV:長克巳）
- リーゼアリア（CV:谷井あすか）
- リーゼロッテ（CV:松来未祐）
- クライド・ハラオウン（CV:中田譲治）
- アレックス（CV:平井啓二）
- ランディ（CV:柿原徹也）
- ゲンヤ・ナカジマ（CV:大川透）
- ラッド・カルタス（CV:柿原徹也）
- ゼスト・グランガイツ（CV:相沢正輝）
- クイント・ナカジマ（CV:百々麻子）
- メガーヌ・アルピーヌ（CV:中原麻衣）
その他の仲間・知人
- 高町ヴィヴィオ（CV:水橋かおり）
- アインハルト・ストラトス（CV:能登麻美子）
- ユーノ・スクライア（CV:水橋かおり）
- クロノ・ハラオウン（CV:杉田智和）
- リンディ・ハラオウン（CV:久川綾）
- エイミィ・ハラオウン（CV:松岡由貴）
- アルフ（CV:桑谷夏子）
- アリサ・バニングス（CV:釘宮理恵）
- 月村すずか（CV:清水愛）
スカリエッティ & ナンバーズ
- ジェイル・スカリエッティ（CV:成田剣）
- ウーノ（CV:木川絵理子）
- ドゥーエ（CV:又吉愛）
- トーレ（CV:木川絵理子）
- クアットロ（CV:斎藤千和）
- チンク（CV:井上麻里奈）
- セイン（CV:水橋かおり）
- セッテ（CV:桑谷夏子）
- オットー（CV:伊藤静）
- ノーヴェ（CV:斎藤千和）
- ディエチ（CV:升望）
- ウェンディ（CV:井上麻里奈）
- ディード（CV:伊藤静）
主題歌
オープニングテーマ
「SECRET AMBITION」
作詞：水樹奈々 作曲：志倉千代丸 編曲：藤間仁（Elements Garden） 歌：水樹奈々
「MASSIVE WONDERS」
作詞：水樹奈々 作曲・編曲：矢吹俊郎 歌：水樹奈々
エンディングテーマ
「星空のSpica」
作詞：椎名可憐 作曲・編曲：太田雅友 歌：田村ゆかり
「Beautiful Amulet」
作詞：椎名可憐 作曲・編曲：太田雅友 歌：田村ゆかり
各話リスト
| 話数 | サブタイトル |
|---|---|
| 第1話 | 空への翼 |
| 第2話 | 機動六課 |
| 第3話 | 集結 |
| 第4話 | ファースト・アラート |
| 第5話 | 星と雷 |
| 第6話 | 進展 |
| 第7話 | ホテル・アグスタ |
| 第8話 | 願い、ふたりで |
| 第9話 | たいせつなこと |
| 第10話 | 機動六課のある休日（前編） |
| 第11話 | 機動六課のある休日（後編） |
| 第12話 | ナンバーズ |
| 第13話 | 命の理由 |
| 第14話 | Mothers&Children |
| 第15話 | Sisters&Daughters |
| 第16話 | その日、機動六課（前編） |
| 第17話 | その日、機動六課（後編） |
| 第18話 | 翼、ふたたび |
| 第19話 | ゆりかご |
| 第20話 | 無限の欲望 |
| 第21話 | 決戦 |
| 第22話 | Pain to Pain |
| 第23話 | Stars Strike |
| 第24話 | 雷光 |
| 第25話 | ファイナル・リミット |
| 第26話 | 約束の空へ |
放送形態に関しての補足
本放送は2007年4月から9月にかけて、地上波ではテレビ和歌山（和歌山）、三重テレビ（三重）、KBS京都（京都）、チバテレビ（千葉）、テレ玉（埼玉）、TOKYOMX（東京）、tvk（神奈川）のみの放送で、それ以外の「難視聴区域（ぐぬぬエリア）」はCSのファミリー劇場でしか視聴できなかった（のちに2008年6月から12月にかけて同じくCSのAT-Xでも放送）。
のちに2012年1月から6月まで「劇場版2作目のプロモーション」も兼ねたのか、テレビ東京系列で放送（実質再放送）された。このうち、岡山・香川（テレビせとうち。ただし「A's」は条件さえ整えてサンテレビが視聴出来れば視聴は可能だった）、北海道（テレビ北海道）、福岡（TVQ九州放送）は「地上波におけるシリーズ初放送」である。大阪（テレビ大阪）は「実質再放送」という点を考慮しなければ「無印」以来の放送実績を持つことになった。
2007年版は「アナログからデジタルの過渡期」であったため、地上アナログ放送では全局レターボックス状態で放送されており、地上デジタル放送では全局とも額縁放送になっていた。2012年版は16：9サイズのフルワイドになっているうえ（実質「ハイビジョン放送」状態）、本放送版から修正されてクオリティが向上したDVD版の映像が用いられている（いわゆる「少し頭冷やそうかが怖くない方バージョン」）が、なのは達の変身など女性の露出度が上がるシーンの一部には、DVD版に存在しなかった追加修正が施されている。さらにあろうことか「次回予告のカット」という暴挙に出ていた。
関連イラスト
