原作では、書類通過した時点で「センダイに行きたくない」というまちの気持ちが本心であることを読み取った良夫が「村おこしは別の方法で…」とこの計画を止めており、あくまでまちのことを優先して話を進めている。また、まちが都会への不安から被害妄想に陥ってしまうシーンもあくまで良夫の夢であり、原作ではあっさり気持ちを切り替えて次のエピソードに進んでいる。

ところがアニメ版では良夫が村おこしを優先してまちを無理やりセンダイに連れ出し、まちは最初に村でライブをした時のショックや不安もあって被害妄想に陥ってしまい、一度は会場から逃げ出してしまう。響と良夫はまちを探しに行くが途中で口論になってしまい、良夫が「巫女の現代版生贄じゃないけど、村おこしのためには…」と、原作では考えられないようなまちを犠牲にすることも厭わないと考えているようなセリフを放つ。これを聞いていたまちは責任感に苛まれ、アイドルとして神楽を舞わなければと決意することになる。

一方ナツはセンダイまでまちを追いかけるが、実は村でまちを見送った後「まちが村の外では生きられないようになればいい」と山神様に願っていた、というシーンが描かれる。

最終的にステージはナツの応援もあってなんとか無事に終わるが、家に帰ってきたまちは「都会では石を投げられた、悪口を言われた」と発言するなど妄想と現実の区別がつかなくなっており、「もう村から出ない」と、これまで語られてきた都会への憧れを完全に失ってしまっていた。

最後のまちとナツのほのぼの会話シーンは原作とほぼ同じだが、（良夫のエゴに振り回されたことで）精神的に追い詰められ正気を失ったまちと、まち本人を傷つける形で願いが叶ってしまったナツが現実逃避に走る、という歪な構図となってしまい、完全なハッピーエンドとは言い難い結末に終わっている。

『日刊SPA』にて、最終話炎上に至った経緯や視聴者の反応についての考察が行われている。

田舎コンプレックスを抱きながらも都会に憧れ、世間知らずなりに努力し続けたまちがいざ都会に来てみたものの、執拗な被害妄想に囚われ続ける。
いとこで村役場の職員という立場である良夫の、まちに対する非情な発言（勝手にアイドルオーディションに募集する、まちを『村の生贄』に喩える）や、村に戻ったまちはナツとの共依存引きこもりENDという、素直に喜べない結末。
まちに深い愛情を抱き、また自分の愛すら村のためにある意味行き当たりばったりに振る舞いつつも、同時に冷静に裏で立ち回る良夫の用意周到さが、オリジナル展開と「生贄」発言により「行き当たりばったりなのは演技で、まちのことを利用しただけなのでは？」と視聴者に思われるようなキャラになってしまっている。

という趣旨の内容が語られている。→元記事

他にも、都会でのシーンやまちが被害妄想で萎縮してしまったことで、作品の大きな売りの一つである田舎ののどかな風景や、まちの愛らしい動きがあまり描かれていないことなどがファンからの批判の対象となっていた。

最終話放送の少し前にメイン脚本家のピエール杉浦（杉浦理史）はTwitterのアカウントを削除。自身のFacebookからも『くまみこ』の名前を削除しており、一部では｢逃亡｣と揶揄された。

一連の騒動を受けて今後のアニメ作品で脚本を担当した『刀剣乱舞-花丸-(第一期)』『ウマ娘プリティーダービー(第一期)』にも不安視や炎上騒動が掘り起こされて飛び火する事態も起きていた。前者自体は『くまみこ』ほど大きな炎上騒動は起きなかったがキャラクターの出番が不平等(太郎太刀役の声優がアニメ不評の声を認識・苦言らしきツイートをしていた)、ほのぼのアニメ中にやや唐突にシリアスな展開が含まれるチグハグな構成、図鑑設定無視やキャラ崩壊など炎上箇所が度々見つかり、二回連続の炎上。後者はスタッフ発表で二作品の前科から不満で溢れていたが成功を収めている(しかし「(メジャーな作品だから)題材が良かっただけ」「上からの指示で好き勝手しないよう命令を受けた」など頑なに成功を認めない声も多かった)。

『花丸』については炎上を受けてかは不明であるものの、2期では監督ともども降板となっている。

原作者の発言

原作者の吉元ますめは、放送後に自身のTumblrにてこのような投稿をしている。

くまみこアニメ最終回観ました

アニメスタッフの皆様お疲れ様でした

たくさんの苦難があったかと思われます

私自身アニメの威力というものを

身にしみて感じました

最後まで頑張ってくださりありがとうございました

私は脚本をチェックするのは断りました

プロだから、お任せしました

なのでこんなことをいう資格はないですが

ないので原作ファンとして感想を言わせて貰えれば

よしおのあの発言は、酷いなあ

と思っています

宜しくお願いします

と、スタッフに感謝を述べるとともに良夫のセリフについて苦言を呈している。

この投稿がきっかけとなり、ファンの間でも炎上がさらに拡大。騒動が広まったことで投稿は削除され、のちに謝罪と共に、最終話について改めてコメントを投稿している。

この度は手前の発言によりいたずらに事態を大きくさせてしまったことをお詫びさせていただきます。

また、最終回の脚本に関してですが、私も構成会議には参加しており、「最終回どうしましょうね」という相談に「センダイに行けばいいんじゃないですか？センダイでアクシデント起こしたまちを助けるためにナツも車の上を飛び飛び走ったりして、合流してひと盛り上がりして、終わる」というようなこと提案しましたので、もし該当する部分に違和感を感じる方がいましたら私の責任です。申し訳ございません。

私が言うまでもなくアニメ版には原作には出せないアクションの迫力や、お色気や、可愛い細かい仕草、なにより安定した作画があり、オリジナル要素にも、私では描くことができないキャラクターや牧歌的な村の風景などが描かれており、素晴らしい見どころがたくさんあります。

それは他ならぬアニメスタッフの皆様の尽力の賜物であり、最後まで頑張って下さった

皆さんの仕事に感謝の気持ちを述べさせていただきたいと思います。

大変ありがとうございました。

この表明から視聴者は『アニメスタッフ、監督に原因がある』がある一方で『原作者がアニメにノータッチで引き起こした騒動』で賛否両論。

まずアニメスタッフが原因の意見には

・「作品を台無しにされた原作者が普通に可哀想」

・「いきなりアニオリ展開を勝手に作ったアニメスタッフが一番謝るべき」

・「原作者なんだから謝罪しろとの圧力がかかっているように見えて可哀想」

・「本来釈明と責任を取るのは監督とアニメスタッフなのでは？」

・「アニメスタッフは逃げ、原作者を盾にしている」

など作品や作者に同情する意見もあった。

逆に原作者の吉元ますめにも原因がある意見には

・「事前に『アニオリ展開を作らないでください』と言っていれば騒動は避けれた」

・「アニメスタッフだけに任せて関与もしてないのに批判って自分勝手すぎる」

・「ご存命なら原作者も制作や会議にしっかり参加した方が良い」

・「ノータッチで全て任せきりにした原作者に原因があるし、怒る資格はない」

・「脚本チェックに立ち会わなかった原作者も加害者」

など原作者の言動に対する行動が問題ではと指摘や批判も多い。

ただし、吉元が言及しているのはあくまで最終回の良夫のセリフや脚本についてであり、それ以外の部分については否定的な反応を示していない。原作者の意見を完全に無視したわけでもなく、スケジュール通り放送が行われた以上、脚本をはじめとするアニメスタッフの全てを否定するべきではないといえる。

放送後、アニメ公式サイトに製作委員会からのコメントが掲載された。

まずは原作・月刊コミックフラッパー編集部の正式な許諾を得て、

監督・脚本はじめアニメーション制作スタッフの総意と製作委員会合意の下、

しかるべきプロセスを踏まえて制作されていることをご報告致します。

このことから、少なくとも最終話のストーリーおよび良夫のセリフについては「脚本家の暴走による一方的な改変で監督以下制作スタッフの承認を得ず放送された」わけではないと見られる。

なお、後に発売されたBD/DVD版では台詞が修正され、特に問題視されていた「生け贄」発言は修正され無難な台詞になっている…が、根本的な展開自体は変わっておらず、その点についても批判的な声が大きい。

以降から吉元ますめはアニメのくまみこに一度も触れず、視聴者から望まれていた二期はほぼ絶望的となった。

ピエール杉浦の見解

2022年2月22日「株式会社PTA Inc」が「株式会社Pita」へ改名と同時に脚本担当のピエール杉浦が唐突に本人のYoutubeチャンネルでくまみこ炎上騒動の顛末を語った(現在は非公開)。

Twitterアカウント削除の真相

炎上騒動や｢逃亡｣と揶揄された件は本人も当然認識しており、Twitterアカウントを消した理由については「事実とは異なる」である発言をしている。実は炎上から逃げたのではなく脚本担当が発表された『刀剣乱舞-花丸-』の時点の6月から「審判者からストーリーリクエストやキャラクター出演要望がTwitterのDMへ頻繁に送られ、困っていた」と明かしている(もちろん刀剣乱舞花丸のアニメ公式や監督からのリクエスト募集は行っていない)。当時の身勝手なファンの行動に難儀してプライベートや仕事に何度も送られて支障をきたしていたとし、本人曰く「ストーリーのリクエストを送ってくれる事自体は本当にありがたいけれど、このままだとストーリーをパクったパクってない。またそれ以前の問題になる。」と証言。

全てリクエスト通りに書いて放送してしまうとSNSで(解釈不一致やイメージ崩壊)騒動になるから避けたい、自分の力で脚本を書きたいとの独断で止めるには「アカウントを消すしか方法がなかった」状況を告白。そのため本人は「逃亡の件は『くまみこ』と関係ありません」と否定。「それ以前」の発言については不明だが製作会社、声優、ゲームメディアにアニメと関係無い場所まで飛び火してしまう事を恐れたとも判断出来る。

アカウント削除の正確な日時は不明でSNSでは第9話放送の前後と思われ、Twitterでくまみこの最終回前で消えてたことに気づいたユーザーのツイートからくまみこが原因じゃないと最初から疑問視する呟きはあったが信憑性は薄く、唐突のアカウント削除も火に油を注ぐ原因を作らせたとしてまとめサイトや2chからの偏見記事や疑惑が書かれたことについては「事情を何も話さずいきなり削除した行動はくまみこの炎上から逃げたなどの偏見や疑惑を決めつける行動をした自分も原因がある」誤解を招いてしまった事、そしてくまみこのストーリーについても「自分のやり方でファンの期待を裏切らせてしまった」と続けて謝罪した。

つまり本当の理由は『刀剣乱舞放送前にトラブルを防ぎたかった』のが真相である。

炎上後の苦難

放送終了後に作品を穢した元凶の一人としてピエール杉浦へ向けた匿名での批判が集中。名指しで炎上していた事は把握しており、まとめサイトや掲示板の書き込みに誹謗中傷はもちろん、親族のプライベートまでも晒され、挙げ句には殺害予告まで度が過ぎた行動する者も現われた。それを見たピエール杉浦は「そこまで叩かれるのか…」と精神的不安定に陥り、「(刀剣乱舞花丸の評価も含めて)炎上の影響は中々冷めず鬱状態となり、アニメ関係の仕事を休むまで追い込まれ、一時期は道路から飛び出して自殺を考えていた」と心境を明かしている。

それから回復した後、自らの行いを反省して行動を見直すべく設立した株式会社PTA Inc(現:Pita)で現在は「複数の脚本家やスタッフと共に話し合って製作活動を行なっている」と説明(2014年に設立していたため、厳密に言えばくまみこの放送前から会社は存在していたが公表したのは初めて)。

復帰後の2017年7月に「ひとりじめマイヒーロー」第7話の脚本を担当した際は杉浦理史で記載。以降の作品からピエール杉浦での名義はゆるキャン△(三期)まで一切使わなくななり、炎上の傷跡が見て取れ、現在はウマ娘シンデレラグレイ、映画しまじろうシリーズの脚本担当中心で活動している。

ただこの動画は賛否両論で炎上後からの苦難と人生を崩壊しかけた弁明をしてくれた反面、くまみこの炎上理由の真相をほとんど話していない点が挙げられていて「自殺を考えるほど追い詰められるのは流石に可哀想」「(アニメ制作は本来監督以下複数のスタッフが関わるため)脚本家だけが叩かれるのはおかしい」と同情する意見もあるが「なんでアニオリのストーリーにしたのか話して欲しかった」「6年経って今更遅すぎるし、叩かれるは当たり前」「再生数とチャンネル登録者稼ぎにしか見えない」という非難する意見に分かれている。

そして2024年4月4日放送のゆるキャン△(第三期)で久しぶりに脚本担当する事も判明している。