概要
将軍暗殺篇終了後すぐに始まった長篇。
第五百二十五訓～五百五十一訓で完結。単行本では59巻～61巻。
アニメでは308話〜316話(2016年2月、3月)に渡って放送された。
当時は将軍暗殺篇を抜いて最長の長篇であったが、直後の烙陽決戦篇に抜かれている。
あらすじ（将軍暗殺篇のネタバレを含みます）
茂茂を守り切れなかった真選組は喜喜政権下の元、解体。近藤や松平公は斬首を申し付けられてしまう。
同じく捕まってしまった桂を取り戻さんと動いていた攘夷党と手を組んだ真選組、そして将軍の弔い合戦を果たさんとする万事屋は3人が囚われている黒縄島へ向かう。
一方これを迎撃し生きて帰すまいとする奈落、そしてそれらもろとも全てを破壊しようとする佐々木の野望…
生きて帰った者はいないと言われる地でそれぞれの思惑がぶつかり合う。
名前の通り真選組、また見廻組が活躍する。
真選組設立時の話、佐々木と信女の出会いは必見。
佐々木の過去が判明し、彼の目論みが明らかになり
銀時は己の過去と対峙することになる。
最終話を見れば「さらば真選組」の意味が分かるのではないだろうか。
