※注意※
この記事には「ゾイド公式ファンブック5」の重要なネタバレが含まれているので閲覧注意！！
概要
ゼネバス帝国皇帝ゼネバス・ムーロアの隠し子ギュンター・プロイツェンの策略でZAC2099年に勃発したヘリック共和国VSガイロス帝国の戦い第二次大陸間戦争はZAC2102年の中央大陸を制圧した鉄竜騎兵団による中央大陸デルポイ征服によるネオゼネバス帝国の建国、ガイロス帝国の弱体化、ヘリック共和国滅亡と言うとんでもない結果で幕を閉じた。
ネオゼネバスを束ねる皇帝ヴォルフ・ムーロアは共和国議会の解散と共和国軍解体だけに留めており、ヘリック国民抵抗はさほど無かった。またヴォルフがデルポイの支配者であるムーロア家の血縁である事に民衆が納得しているほかガイロス帝国の侵略への危機感もあってネオゼネバスの支配体制は強固になっていった。
一方首都を失った共和国軍はまだ存在しており、各地でゲリラ戦を行っている程度であったがこの絶望的な事態をひっくり返すための新型ゾイドの開発に踏み切っていた。
共和国残党狩りとブロックスの登場
2103年にネオゼネバス軍は各地で共和国軍の残党狩りを開始した。エレファンダーやバーサークフューラー、ダークスパイナーと言った強力ゾイドを有するネオゼネバスは各地で共和国軍を狩っていったが予想よりも少ない事に不信を抱き、まだ共和国軍がいる事を予感する。
そんな最中、東方大陸のZOITEC社がネオゼネバス帝国に接触、ブロックスゾイドを紹介した。ネオゼネバスはまだ基盤の弱い国家のためにこれを軍事利用したいと考えたがあくまで平和利用を願っていたZOITECは去ってしまう。だがその後日にライバル会社であるZi-ARMSがネオゼネバスにキメラブロックスを提供する事を約束してしまう。だが一方でZOITECは共和国軍残党と結託、ブロックスゾイドを提供するようになる。
ゴジュラスギガ発進
2105年10月、中央山脈の秘密基地で共和国軍はルイーズ大統領の残したデータディスクを基に新型ゾイドゴジュラスギガの建造を急ピッチで行っていた。
だがそこにジーニアス・デルダロス率いるネオゼネバスの精鋭部隊黒の竜騎兵団が襲撃をかけた。ステルススティンガーやダークスパイナーを有するこの部隊を迎撃するべくゴジュラス・ジ・オーガが立ちはだかった。オーガノイドの本能でジャミングウェーブを遮断するオーガはダークスパイナーを潰しまわるがステルススティンガーの攻撃で致命傷を負ってしまう。だがゴジュラスギガが起動し形勢が逆転、ステルススティンガーを失ってジーニアスは撤退した。
クック要塞攻略戦
2106年、年明けになっても各地で共和国軍が抵抗する中、3月に共和国軍は予定よりも早くクック要塞への攻撃を開始した。要塞の四方にゲリラ部隊を送り、ガイロス軍の空の輸送艦を陽動に使ったりして要塞へ突入した。どうにか30機も作れたゴジュラスギガを率いて雪辱を晴らすべく戦う共和国軍の前に帝国軍のデスザウラーが出現した。だがデスザウラーはギガに敗れ、要塞もそのまま占領された。
セイスモサウルスの脅威
2106年8月、占拠したクック要塞にニクスから再編成を終えてきた主力部隊がホバーカーゴやホエールキングに乗って次々と到着していた。
そんな時、レイ・グレッグら閃光師団の元メンバー達からなる哨戒部隊は突然、クック要塞へ向けて荷電粒子砲が超長距離から発射され直撃した。増援の受け入れ中と言う最悪のタイミングで行われた奇襲。この犯人はネオゼネバスがゴジュラスギガ抹殺の為に開発したセイスモサウルスであった。
レイ達はセイスモサウルス部隊を発見し、攻撃を仕掛けるも苦戦し、いくつもの味方が倒されてしまう。そしてセイスモ部隊はギガの最終兵器ゾイドコア砲で敗れ去り、レイ達極僅かな兵は生き延びた。
またクック要塞も帝国軍陸上部隊の襲撃で滅茶苦茶になり共和国軍は壊滅するのかと思いきやそこにガイロス帝国軍のリッツ・ルンシュテッドの乗るジェノブレイカーがネオゼネバス軍を蹴散らしていき、共和国軍部隊はどうにか撤退した。だが結局戦力の半分以上が失われ、反抗作戦も出来ないまま中央大陸からも追いやられる羽目になった共和国軍は東方大陸へ逃げ延びる事となってしまった。
共和国最後の逆襲
共和国が中央大陸から追い出されてから2年後のZAC2108年6月、事件はフロレシオ諸島で起こった。
共和国の新鋭機凱龍輝が現れて帝国軍を攻撃したのだ。この襲撃に帝国は共和国の反抗が南方で行われると思ったのだがこれは共和国の罠であった。
共和国軍は10月にクック要塞を襲撃、レオゲーターとディメトロプテラを投入して要塞占領に成功した。兵の補充が出来ない共和国軍は持てる全ての兵力を持って中央大陸奪回とヴォルフ打倒に向けて総力戦に出たのだ。
帝国側はこれに対して全戦力を集結させようとするが大陸中から部隊を集めるのには時間がかかるのであった。
クロケットシティ攻略戦
共和国は戦力が集結する前にいち早く進撃し、補給エリアであるクロケットシティ攻略に動いた。
ライガーゼロフェニックスが投入され、レイもこれに参加した。そこで彼はヴォルフとその専用機として作られた新ゾイドエナジーライガーと遭遇、取り逃がすもクロケットシティの占拠には成功する。そこで共和国側は帝国が作っていたジェットファルコンを入手する事に成功する。
最後の戦い
2109年1月、ヘリック共和国軍は首都ヘリックシティ奪還作戦を開始し、3つに分かれて進軍する。
ここに共和国軍3万くらいのゾイドVS帝国軍7万以上のゾイドによる最後の大会戦が始まった。
一方レイはトミー・パリスと共にヴォルフから送られた怪しいシグナルとムンベイの情報を頼りにジェットファルコンと鹵獲したライガーゼロイクスを持って北方山脈へ向かった。だが彼らがそこで見たものは複数のセイスモサウルスを連結した異形の砲撃ゾイドセイスモキャノンだった。そこでヴォルフのエナジーライガーと交戦するレイ。ピンチになりながらもジェットファルコンと合体してライガーゼロファルコンとなったライガー。だが戦闘中に発射されそうになったセイスモキャノンをファルコンが撃った結果、セイスモサウルス達の核が一斉に崩壊する厄介な事態になってしまう。このままいくと以前のプロイツェンによるヴァルハラ自爆みたいな大爆発となり半径100㎞の共和国軍や集落、小都市も巻き添えになる危険性が出てしまう。
ここに来て二人は多くの人々を救うべく協力、その後に巨大な爆発が起こった。
セイスモキャノンの砲撃が無い事を知った帝国軍総司令代理ズィグナー・フォイアーは偵察機を派遣してヴォルフを探すが見つからなかった。
皇帝がいないと帝国が成り立たないことを悟ったズィグナーは共和国軍総司令官ロブ・ハーマン将軍と会談して停戦に至った。その後、ネオゼネバス帝国は実質解体され、戦争の裁判の後に大統領選挙が行われ、新大統領が決まった後にデルポイ大陸は再び統一され、10年に及ぶ長い戦争はとうとう終わった。
