前作のゲーム版は大体映画と同じストーリーだったのに対し、今作は完全なるパラレルワールドと言及されている。

基本的には映画版と同じようなあらすじだが、新キャラクターであるドララ特務兵が登場する影響で、彼が登場するストーリー部分の展開が映画と異なる他、物語の結末も映画版と少し異なっている（あのキャラが誕生するところは同じ）。
つまり本作は、映画を見ていても見てなくてもどちらでも楽しめるゲームとなっている。

なお今作が完全なるパラレルワールドの扱いなのは実はとある設定があり、その設定というのが「本ゲームで登場するあるもの」によって判明する。これ以上記述するとネタバレになるため、知りたい人は実際にゲームをプレイして確認してほしいところではある（どうしても知りたい人はこちらを参照。ただしこの項目は映画のネタバレも含まれるため、両方のネタバレが許される人のみ閲覧を推奨します）。

ちなみに次回作である5はゲーム化されなかった（一応原作漫画版としてパラレルワールド的なものは作られている）ため、映画のゲーム版は今作品で事実上最後の作品となる。

ゲームシステム

前作である「超劇場版ケロロ軍曹3 天空大冒険であります!」のシステムを引き継いでいるため、キャラの操作やシステムはほとんど同じ。だだし、今作では仲間の交代が不可能になり、新たに特定キャラ専用ステージが追加された。

追加点

サポート

今作では新たに「サポート」が追加された。召喚するとそのキャラに応じた能力が発揮される。使うためにはステージに浮かんでいる「クリスタル」を25枚以上集めなければならない。どのサポート技も約5秒間有効である。

チャージ攻撃

通常攻撃（Aボタン）長押しでチャージが可能になった。溜めた後に話すとそのキャラ特有の性質が使えるようになる。使用制限などはない。

専用壁

ケロロ小隊のいずれか一人しか壊せない特殊な壁。基本的に通常攻撃で壊せる。

藁の壁…ギロロ
レンガの壁…タママ
スライムの壁…ドロロ

専用ステージ

特定のキャラのみが挑戦できるステージ。特定外のキャラは選べなくなっている(ドララ特務兵を除く)。

変更点

ミニゲーム

前作から搭載されていたミニゲームが、今作では新たに別のゲームが搭載されている。
前作同様、ゲーム名はナムコ作品からパロっている。ルールなども全く一緒。

称号

コレクションの中に入っており、前作の「カード」に相当するもの。内容は前作と同じ。

フィギュア

前作の「ガンプラ」に相当するもの。ケロロ軍曹のキャラクターのフィギュアになっている。

登場キャラクター

ここではゲームに関係するキャラのみ記載する。映画版のキャラについては映画の記事を参照。

通常プレイヤー

通常サポート

日向冬樹…ケロロのサポート
日向夏美…ギロロのサポート
西澤桃華…タママのサポート
サブロー…クルルのサポート
東谷小雪…ドロロのサポート

撃侵ドラゴンウォリアーズであります!

ゲーム概要

ストーリー

ゲームシステム