また、この章から、新機能「アビリティツリー」が追加された。この機能でことわりの実をセットすることで、自由にキャラクターのステータスを強化したり、自動発動スキルを付与したりできるという機能を持ったアビリティツリーの登場により、ステータスの上昇の自由度が非常に高くなり、ある意味、本作のやりこみ要素の一つになったとも言える。

なお、この機能の実装と共に、1章や2章にも特定のクエストでことわりの実を落とすようになった。

しかし、この章から、壮絶な展開や「リアリスト」の暗躍など、重い展開が増えていくようになる。そして、(リアリストに利用されていたとはいえ)性格や行動に問題のあるモブキャラやきらら作品のキャラの酷い扱いなど、後の章で浮き彫りになっていく、第2部の問題点が見られる展開も数多く登場するようになる。

例えば、序盤だけでも

2章の作戦に失敗したヒナゲシを躾け直そうとするリコリス(1節)
偽りの聖典を燃やそうとする街の人々(5節)
聖典を守ったきららたちが街の人々に批判される(6節)
汚染された聖典によっておかしくなった街の人々(6節。前述の街の人々の批判に繋がっている他、ランプも「汚染された聖典を信じるなんて…！」と発言したほどである)
さらに、街の人々がきららたちに対して「リアリスト」の敵だと確信し、ウツカイを呼び出す(6節・7節)
キサラギに対して酷い扱い(怒りと悲しみと絶望に満ちているイラストを何度も描かせるなど)をするリコリス(8節)
ヒナゲシとウツカイによって聖典を奪われてしまい、聖典を燃やされそうになる芸術家(11節)

という感じで、あまりにも壮絶で重い展開が何度も出てくる。一応言っておくが、この展開は序盤の展開である。というか、この章できららたちを助けた『芸術の都』のモブキャラは、前述の芸術家しかいない。

そして、中盤以降も、

きららたちに助けられた芸術家が語る、リコリスが来た後の「芸術の都」(13節)
絶望するキサラギ(21節。そしてそれによって、巨大ウツカイが誕生してしまう)
サンストーンによってパスを切られてしまい、絶叫するキサラギ(21節)
絶望のクリエを搾り取られたこともあり衰弱していたキサラギ(25節。この光景を目撃したノダミキやトモカネも「ひどい……こんなの、ひどいよ」「あいつら、ひどいことしやがって……！」と発言していた)
パスを繋ぎ直し、一時的に復活したキサラギ(25節)だったが、その後にすぐに気を失ってしまう(26節)

という展開もあり、「GA芸術科アートデザインクラス」ファンはもちろんのこと、本作のファンでもトラウマになりかねない展開が何度も登場していた。

さらに、この章のキサラギの扱いはかなり悪く、31節で会話をするシーンを除けば、絶望する展開or衰弱している状態での登場になっていた。

ちなみに、3章では、偽りの聖典を燃やしたり、きららたちを批判していたりしていた街の人々が登場していたのだが、リコリス撤退後の展開で、街の人々がきららたちに向けて謝罪をする場面も実は存在していない。

既にアニメは放送終了、連載も終了していたきらら作品でありながらも本作に参戦した「GA芸術家アートデザインクラス」のキャラが登場するメインシナリオということで期待の声もあったのだが、蓋を開けてみれば、かなり重い展開や「リアリスト」によって酷い扱いを受けられるキサラギなどと言った、多くのファンでもトラウマになりかねない展開も多く、主に「GA芸術家アートデザインクラス」ファンを中心に批判的な意見が少なからず出ていた。

本作の第2部はきらら作品のキャラの扱いが酷いという批判点があったのだが、この章で恐らくその問題点が見え始めたとも言えるだろう。

だが、その批判的な声が運営に通じていなかったのか、4章の後に公開された5章『ご注文はゲリラですか?』では、さらにこの章よりも悪化したかのような展開に変貌することになる…。