1999年に移籍。同年に出したアルバム『good morning』は、歌という様式すら破壊しかねないキラーチューン「ガストロンジャー」をはじめ、世紀末の空気感を如実に表した作品となっている。このアルバムでは宮本の打ち込みによって制作された楽曲が多くあり、メンバー全員がレコーディングで参加したのはガストロンジャーのみである。

その後アルバム『ライフ』では、プロデューサーに小林武史を迎え、ニューヨークでのレコーディングを行った。

ミニアルバム「DEAD OR ALIVE」ではバンドサウンドに回帰し、立て続けに「俺の道」「扉」「風」「町を見下ろす丘」をリリースした。

2006年に冨永が慢性硬膜下血腫を発症したが、手術を無事に終えて復帰した。

ユニバーサルミュージック時代

2007年に移籍。このころから蔦谷好位置、亀田誠治等のプロデューサーを楽曲制作に迎えることが多くなる。移籍第一弾シングル『俺たちの明日』はウコンの力のCMソングとなり、長い期間放映された。（さらに2019年にドラマ「集団左遷!!」のテーマソングとなった）その後、アルバム『STARTING OVER』『昇れる太陽』『悪魔のささやき〜そして、心に火を灯す旅〜』『MASTERPIECE』をリリース。

2012年、宮本が突発性難聴に罹患し、活動休止。その後ベスト盤『THE BEST 2007-2012 俺たちの明日』をリリースした。

約1年後の2013年に「復活の野音」にて活動再開2013年。その翌年の2014年には自身最大規模の「さいたまスーパーアリーナ」で、デビュー25周年ライブを開催した。

その後、アルバム「RAINBOW」をリリース。2017年には自身初のオールタイムベストアルバム「All Time Best Album THE FIGHTING MAN」をリリース。それに伴い全47都道府県を回る30周年ツアーを開催し、全ての会場でチケットが完売となる大成功を収めた。

同年の紅白歌合戦では初出場を果たし、代表曲「今宵の月のように」を披露。

2018年にアルバム「Wake Up」をリリース。さらに彼らの地元である赤羽駅で5番線ホームに「俺たちの明日」、6番線ホームに「今宵の月のように」　が発車メロディーとして採用された。

2019年に所属事務所がアミューズに移籍。同年にはボーカル宮本のソロ活動が本格化したことを受け、バンドとしての活動は限定的なものとなる。

2023年にデビュー35周年を迎え、シングル「yes.I.do」をリリース。バンド初となる全国アリーナツアーが開催された。同年、52枚目のシングル「No more cry」をリリース。2回目の紅白歌合戦への出場も果たし、「俺たちの明日」を披露した。

バンドの特徴は、宮本の類稀なるカリスマ性であると言える。初期の頃はライブの際に観客に正座を要求したり、ドラムを間違えた冨永にマイクを投げつけるなどエキセントリックな振る舞いが目立った。バンドのメンバーは宮本の独裁的な性格を長年の付き合いからよく知っているため、あまり彼に口答えすることはない。

しかしそれでもメンバーが宮本についていくのは、彼の圧倒的な才能に全員が疑いを持たず、彼の作り出す音楽を全力で演奏することに命を懸けているからである。

自身もメンバーに対して強く当たってしまうことをいつも反省している（それでもやはりギターの石森には何かと強く当たっているが、石森を「相棒」と称するほど信頼を寄せていることが根底にあるため）。

男らしい力強い曲から、繊細で優しい曲までジャンルが幅広く、いい意味で一つの色に染まらない音楽性が最大の魅力と言える。

どの曲でも基本的に「人生色々大変だけどドーンと行こうぜ！」と言う宮本自身のポリシーが色濃く出ている。