・本作で明かされた設定も併せて考えると、過去キャラの中で唯一登場している「彼」を除いて、過去キャラ達が現在生存しているかどうかすら明らかにされないため、悪い方向への予想を覆すことができない(少なくとも「灰域」発生直後は極東支部の仲間達の一人が生きていた事は「彼」が通信していたことで明らかになっているが、「灰域」からは脱していたとしても本編中で「彼」がなりかけた「活動限界」というゴッドイーターとしての寿命が明文化されてしまったのでそちらの可能性も出てきてしまっている。「3」は「1」の時代から16年もの年月が経過しているので「1」当時はまだ15歳であったアリサですら「3」の時代では31歳。人間は20歳から老化が緩やかにだが始まるものであるため過去キャラ達が「活動限界」にどれほど抗えるかという問題がある。また過去キャラ達がいくらベテランと言えど、常に死と隣り合わせの世界で生きるのがゴッドイーターという存在であり、加えて「3」は「灰域」の影響でフェンリルが崩壊しているという過酷な環境であるため戦死している可能性も無くは無い。「彼」は仲間達が今でも生きていることを信じているようだが、実際に描写されない以上、それはあくまで「彼」の希望的観測でしかない)。

・対アラガミ最重要戦力であるAGEが差別されており、神機使いが丁重に扱われていた過去作との整合性が取れない。(差別が原因でクーデターでも起こされたら困るなんてものじゃないのは明白である)

・アラガミと戦って世界を救うというストーリーが売りだったはずが、自分達の価値を示すという人vs人の戦いになっている。(ゴッドイーターのストーリーとしてはスケールが小さい)

ゲーム面では

・フィールドか狭くて細長く、戦いにくい

・灰域種の補食がしつこい。成功するまで何度でもやってくる。

・遺された神機の大幅な改編

具体的には、スキルレベルの最大値が10なのに対し、遺された神機に付属されたスキルは最大5レベル(前作までは10。最大レベルで発動するスキルに関しては発動レベルも5に下げられた)、スキルそのものの種類が大幅に減少及び複合スキル軒並み削除によりカスタム性が損なわれた。

・バレットエディットの改編

恐らくこれが最も大きい不満点である。前作までは好みのバレットを作成し、OPを消費することで発射していたため、強力なバレットを半永久的に撃つことができたが、本作はOP消費弾とは別に持ち込むようになっている。OPを消費しない特性上、コスト性になっており、それゆえ強力なものだと1、2発しか持ち込めないということもザラで、戦闘の自由度が損なわれた。

といった具合にシリーズを長年プレイしてきた歴戦の神機使いにとっては不満点が多い作品となってしまった。しかし一方で、ストーリーが独立していること、ニンテンドースイッチに移植されていること、狩りのスピード感は断トツ等の理由から、シリーズ初プレイにと勧める者も少なくない。