また、ベッカムがハンバーガー好きなこともあってか一部の作品ではマクドナルドとのコラボが行われ、当時のマックのクルーユニフォームを着た『クルーベッカム』やドナルド・マクドナルドのコスプレをした『スマイルベッカム』が配信・パスワード限定で登場したり、『ザ・ワールド』ではマクドナルド店舗が建てられるデータが配信されていた(ハッピーセットのおまけにはならなかったが)。

ちなみに公式攻略本は存在しない。

事実上の攻略本と呼べるのは小学館から刊行された「別冊コロコロコミック増刊ペンギンの問題公式ファンBOOK」というムック本。1巻はゲーム版第1作、2巻はゲーム版第2作、3巻はゲーム版第3作、新公式ファンBOOKは第4作の攻略ガイドが掲載されている。

ペンギンの問題最強ペンギン伝説！

第1作。横スクロール式のステージを進んでいきながら、道中ででくわす敵ベッカムと格ゲー形式で戦っていくアクションアドベンチャー。ベッカムが使っていたごペンなさいやすベッカムがそのままアクションとして用いられている(前者はガード、後者はロックマンでいうスライディング)。

敵ベッカムに勝つとそのベッカムの装備がゲットでき、装備を組み合わせることでベッカムを強化できる。

ペンギンの問題X 天空の7戦士

第2作。前作のシステムをベースに、新たに経験値が導入されるなど前作より様々な要素がパワーアップした。面白大図鑑プレートの世界観をベースとしたストーリーはフルボイスな上、クリア後のやりこみ要素も多い。

ゲームオリジナルキャラの七星、六魔将も登場し、のちに一部キャラクターは面白大図鑑プレート化もなされた。

ちなみにBGMはあの佐藤直之が担当。

ペン1グランプリペンギンの問題スペシャル

第3作。前作までのステージ探索要素が廃止され、敵ベッカムとの対戦に特化した内容となった。

Pボールで発動するランダム効果、ステージギミックがバトルを左右し、メダルのランクに応じて入手できる装備の数が変わったり、バトルで特定の条件を満たすと乱入者が現れる事がある。

前作で入手したキャラクターの装備をパスワードを介して引き継げるのが最大の魅力(ただし、性能は本作の仕様に置き換えられるので注意)。

面白大図鑑プレートキャラのうち、八剣士と三悪人が全員揃ったが、勇者ベッカムはRとZをすっ飛ばしてV、キングベッカムがFをすっ飛ばしてV、ベッカムRとLがXXをすっ飛ばしてXXXの姿で参戦するなど主要キャラクターの進化段階は第6弾時点の姿に準じており(勇者ベッカムのライバルであるはずのデビルベッカムはなぜかXで打ち止めのまま)、未来激闘編から登場したカラフル11のメンバーはレッド・ブラック・ブルーが登場。

ペンギンの問題ザ・ワールド

第4作。前作までの対戦アクションからジャンルが変更され、今作はペンワーで釣りや採取、街づくり等をして自由に楽しんだり、ペンワーを襲う敵とペンファイトというタワーディフェンスゲームで戦ったりするシミュレーションゲームとなっている。

ペンギンの問題ザ・ウォーズ

第5作。前作のタワーディフェンス要素と都市経営シミュレーション要素を引き継いでいる。

過去・現在・未来を行き来し、ペンベースの核となるロボ「ペンベースコア」に乗り込んでダンジョン探索を行ったりとやり込み要素が充実している。

ARカードを用いてキャラクターやダンジョンなどのデータを受け取ることも出来た。

ペンギンの問題+爆勝!!ルーレットバトル!!

第6作。アニメ版終了後の発売及びペンギンの問題+名義で発売した唯一の作品。

余談でごペンなさい

連載当初はでんぢゃらすじーさんやケシカスくんと並び、コロコロコミックを代表する漫画であり、アニメ以外にも多数のホビーやゲーム化もされている（このうちゲーム2作目はシリアスなシナリオ等により結構な良作である）。

特にアニメ放送中で商品化が盛んだった08〜10年頃はメタルファイトベイブレードやイナズマイレブンなどとともに何度も表紙のメインを飾った。

時代の進行と共に表現の規制により、下ネタも多めな本作も例にもれず影響を受けた（ゴードンのモザイク等）。

2014年11月号で連載終了したが、この号はちょうど『ポケットモンスターオメガルビー・アルファサファイア』の体験版シリアルコードが付録としてついた号でもあった。かつてコロコロコミックを愛読していた少年・少女達が成長して、ポケモン目当てに久しぶりに本誌を購入したら本作が最終回だったことに驚いた声も結構あったり。