発行部数は85年3月号では35万部にまで落ち込んだものの、その後は上記のロッキーやハゲ丸、おぼっちゃまくんなどといった作品のヒットもあり少しずつ回復し、その後上記のビックリマンブームなどもあり、87年4月号にてコロコロ史上初の100万部を達成。なおこの号にて後にコロコロを長年にわたり支えていくこととなる樫本学ヴのデビュー作、刑事ボットBBがスタート。

90年代前半

わ〜お!ケンちゃん(90年〜)、おれは男だ!くにおくん(91年〜)、バーコードファイター(92年)、やったね！ラモズくん(93年〜)、星のカービィデデデでプププなものがたり、爆走兄弟レッツ&ゴー!!(94年〜)などがヒット。

90年に連載開始したスーパーマリオくんは現在も連載、コロコロ最長連載記録を更新中。

91〜93年の間は上記のドッジ弾平のアニメ化(91年)こそあったものの、その他に大きなヒットが生まれなかったことやミニ四駆1次ブームの終焉などもあり、ライバル誌であるボンボンに部数を抜かれてしまっていた。

93年にJリーグが開幕。小学館も開幕時にスポンサーとなっていたためコロコロでもJリーグ記事や上記のラモズくん等のサッカー漫画の連載、Jリーグ関連の付録（着脱可能のカツラ付きのアルシンドのお面なるものもあった）などを展開して小学生の間でのJリーグ人気の拡大に貢献したほか、同時期の表紙にはJリーグのロゴが描かれていた。

94年、創刊200号を記念し、のちの次世代WHFの前身となる「コロコロ200号記念フェスティバル」を開催。

90年代後半

学級王ヤマザキ、スーパービーダマン(95年〜)、グランダー武蔵(96年〜)、超速スピナー(97年〜)、うちゅう人田中太郎(98年〜)、デュエルマスターズ、機獣新世紀ZOIDS、サルゲッチュウキウキ大作戦!、爆転シュートベイブレード(99年〜)などがヒット。

95年、現在も行われている次世代ワールドホビーフェアが初開催。

96年9月23日、藤子・F・不二雄が永眠。コロコロで連載されていた大長編ドラえもんのび太のねじ巻き都市冒険記が遺作となる。同年11月号では追悼特集が組まれた。

また同年にはポケモン赤緑が発売。同年9月号より別冊で連載されていた穴久保版ポケモン(いわゆるギエピー)が月刊での連載に昇格。

ポケモン人気や上記のレッツ&ゴーによるミニ四駆の2次ブームもあり、97年9月号にて、コロコロ史上最高部数となる200万部を達成。

00年代前半

01年、ベイブレードのアニメがスタートしたのをきっかけに、ベイブレードの売り上げが上昇、どこにいっても手に入らないと言われるほどの品薄状態が半年以上続くなど社会現象となった。

その他のタイアップ作品では、ロックマンエグゼ(01年〜)、デュエルマスターズ(02年発売)、甲虫王者ムシキング(03年稼動開始)などがヒット。

一方オリジナル作品ではドラベース(00年〜)、コロッケ!、絶体絶命でんぢゃらすじーさん(01年〜)、ケシカスくん(04年〜)などといったのちに長期連載となる作品も多数うみだされている。

00年代後半

西遊記ヒーローGO空伝！、ペンギンの問題(06年〜)、怪盗ジョーカー(別冊から移籍)、イナズマイレブン、ド根性小学生ボン・ビー太、メタルファイトベイブレード(08年〜)などがヒット。

一方で05年にはキヨハラくんシリーズ、翌年にはコロッケ!、ロックマンエグゼ、デデデでプププなものがたりといった本誌を支えてきた作品や長期作品が相次いで終了を迎え、大きな世代交代の時期を迎えた。

07年、創刊30周年企画としてコロツアーを初開催。また同年には創刊から96年までの作品を集めた熱血!コロコロ伝説が全8号刊行された。

10年代前半

イナズマイレブンで築かれたレベルファイブとの協力体制を強化。ダンボール戦機(11年〜)、妖怪ウォッチ(13年〜)がヒット。前者は関連グッズのプラモデルが驚異的な売り上げを記録し、後者は、14年のアニメ開始後、グッズが品薄になるなど社会現象となった。

その他、ウソツキ!ゴクオーくん(別冊から移籍)、オレカバトル、ゾゾゾゾンビーくん(12年〜)、バディファイト(13年〜)などがヒット。

一方この時期もまた、でんぢゃらすじーさんのでんぢゃらすじーさん邪への改題(10年)、デュエルマスターズのデュエルマスターズビクトリー開始による主人公交代(11年)等、長期連載作品の改題、リニューアルも相次いだ。

発行部数は10年1〜3月期は上記のイナズマやペン問などのヒットもあり100万部越えを記録。その後も90万部台をキープしたが、11年はダンボール戦機のヒットがあったものの、震災の影響で部数が低下、12〜13年はメタルファイトベイの終了や新規のヒット作が生まれなかったこともありさらに部数が落ち込む。しかし翌年の妖怪ウォッチブームで息を吹き返し、14年10〜12月期には4年以上ぶりの100万部越えを達成した。

10年代後半

ベイブレードバースト、100%パスカル先生(15年〜)、マジで!まじめくん(別冊から移籍、16年〜)スプラトゥーン(17年〜)、ゾイドワイルド(18年〜)、まんがで！にゃんこ大戦争(18年〜)などがヒット。

また漫画作品としては一貫していないものの、パズドラ、モンストといったソシャゲとのタイアップも長期的に展開された。

この時期は小学生にもYouTubeが浸透してこれまで小学生の娯楽において絶対的な存在だったテレビの優位性が崩れるなど、小学生を取り巻く環境に大きな変化が訪れた頃でもある。それに対応する形で15年にはYouTubeにコロコロチャンネルを開設しコロコロホビーの紹介動画やアニメの見逃し配信等を投稿するという試みを行う。またMinecraftやFortniteといった海外産ゲームが小学生に大ヒットするというこれまでにない事態も発生したが、その流れにも追随してそれらの作品の国内のメディアミックスを主導することに成功する。

18年には「手裏拳トンマ」の終了をもって長年本誌を支えてきた樫本学ヴが月刊コロコロコミックを離れることとなった。

19年には読み切りメインの姉妹誌「ミラコロコミック」が創刊。同誌からはリッチ警官キャッシュ!(19年)が本紙連載に昇格している。

20年代前半

ミラコロ出身組の台頭が目立ち、ブラックチャンネル（20年～）、オレだけはマトモくん（21年～）、運命の巻戻士（22年～）などがヒット。特に「巻戻士」はコロコロ史上初のアンケート12カ月連続1位を達成するなど新たな看板として成長した。

この時期になると子供文化の発信拠点の中心的存在がすでにWebに置き換わり、本誌の看板コンテンツであるポケモンなども本誌よりも先にWebで新作の発表を行うようになっており、子供向け雑誌業界全体において情報発信基地としての速報性はそちらに譲る形となっていった。続く雑誌不況の中でも本誌はよりWeb連携を強化していき、連載作品のYouTubeアニメ化やまいぜんシスターズやにじさんじといった著名YouTuberとのタイアップ作品の連載、2022年からの週刊コロコロコミックの開設などデジタルネイティブ世代の読者に向けてより発信力を高めている。

一方主力コンテンツであるホビーにいたっては伸び悩みが見られ、21年にはレッツ&ゴー以来のミニ四駆漫画であるMINI4KINGが鳴り物入りで開始するも短期間で終了。長期コンテンツであるデュエルマスターズも看板であることに変わりはないが、24年春には長年続いたアニメの地上波放送が終了するなど大きな転機を迎えた。そんな中でベイブレードXがベイブレードの4代目シリーズとして前作からはじめて間を開けずにスタートしたり、かつてはライバル紙のコンテンツであったカードファイト!!ヴァンガードのコミカライズ連載など新たなホビーコンテンツの導入も怠らず続けてきている。

また、インディーゲームの地位が向上し、小学生にもWebメディア等を通じてそれらが浸透してきたことから編集部がゲーム制作に参入するという試みも行われ、カブトクワガタやぶっとバードなどをリリースしている。