解説
生まれつき超能力を持つ者たちの総称。
（スパイダーマンのように、後天的な能力者は「ミューテイト」と呼ばれる）
なお、MARVEL世界における狭い意味でのミュータントは、先天的な能力者の中でも、その能力が特定の遺伝子に由来する者達の事で、狭い意味でのミューテイトは、その遺伝子に由来する能力を後天的に移植された者(例：デッドプール)。
普通の人類から差別されている存在としても描かれており、現実世界における少数民族や障碍者などのメタファーとされることもあり、作中では「人と人とはわかり合えないのか？」という深いメッセージも込められている。
ただし、ややこしい事に現実の社会では「差別されている側」が（実際には、そんな事は無くとも）能力的に劣っていると見做される場合が多いのに対して、ミュータントの場合は「差別・迫害されている側こそが一般人よりも少なくとも能力は上の超人」である。
作中世界での扱い
非ミュータントの両親から生まれることも多く、概ね異質・危険な存在として扱われている。
社会的にもその存在は認知されており、ミュータントが生まれたり能力が発現するとミュータントと周囲から呼ばれる。そして、差別と偏見の眼に晒され、艱難辛苦の人生を送る事が多い（「X-MENの敵」に関しても参照）。
プロフェッサーXは、そうしたミュータントの被差別的扱いを解決するため、若きミュータントの教育機関「恵まれし子らの学園」を設立している。
学園の教え子たちはヒーローチーム「X-MEN」を結成した。
プロフェッサーXの教育理念の1つは「ミュータントにも正当に生きる権利がある」であるが、マグニートーやアポカリプスなどは「ミュータントこそが人類の進化系であり、上に立つ存在である」という理念のもと、テロ活動を行っている。
※ただしマグニートーの場合は、自身がユダヤ系で、ナチスなどに虐げられ、戦後も常人に家族を惨殺された事も理念の一つ。そこから彼が設立したのが「ブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツ」である。
このように、常人にはない能力を持つという点は共通しているが、行動次第でヒーローにもヴィランにもなる。
それがミュータントである。
その他
同じく人類から進化（変異）した種族としてインヒューマンズが存在するが、あちらは「テリジェン」という物質を使って後天的に変異し能力を得るタイプ。
ただし、テリジェンにより能力を発現させる為には、古代にクリー人がネアンデルタール人を改造して生み出した「最初のインヒューマンズ」の子孫である事が条件の1つである。（最初のインヒューマンズの子孫がインヒューマンズになれない事も有るが、最初のインヒューマンズの子孫でない者がインヒューマンズになる事はない）
ちなみにテリジェンはミュータントにとっては猛毒なので、それが原因で種族間の争いが起きたこともある。
コミック版以外
実写化シリーズの1つ「マーベル・シネマティック・ユニバース」ではX-MENの登場前から、
- コミックではインヒューマンズであるカマラ・カーンが「突然変異」と言及された
- 同じくコミックでは水棲人類のネイモア・ザ・サブマリナーが初登場作の宣伝段階で「ミュータントである」と明言された
など、その定義・扱いが若干異なると思われる描写が存在する。
その他補足
X-MENシリーズが最初に世に出た作品、1963年発刊「Uncanny X-Men」＃１では、「ミュータントの発生原因は、核実験により排出された放射性物質による遺伝子の突然変異」という見解が、プロフェッサーXことチャールズ・エグゼビア本人から語られている（また、プロフェッサーX自身も「自分がおそらくは史上最初のミュータント」とも語っていた）。
これは発刊当時の、50年代後半～60年代前半に多く行われた核実験にも関連しており、後のサンファイアなどでこの設定が活用された。
色々な理由から、現在はこの設定は抹消され、用いられていない。
関連タグ
ノーマ：ミュータントとは逆に生まれつき特殊能力を持たないために世間から迫害されている種族。
