本作メインストーリーのキーキャラクター。
『世界を観察する存在に 興味はおありですか？』
CV 三石琴乃
概要
大人、狂人、そして少女…あらゆる世界にあらゆる姿で現れる緑髪の女性。
複数存在することは間違いないが、その正体や目的は未だに多くの謎に包まれている。
自らを「この世の条理の果てを目指す者」と呼び、あらゆる事象を「観測」している。
無数の平行世界の出来事をすべて把握しており、プレイヤーがいる現実世界もそのひとつとして認識している。
物腰は柔らかいが、立場に関係なく意味深な不穏発言やメタフィクションな台詞を吐く。
もるがな(小)
エテルノのフィフス・フォースのメンバーに協力しているモルガナについてはもるがなの記事概要欄を参照してください。
モルガナ(大)
基本的な姿は糸目の女性。しかし、目を開くと遊戯王の悪役もビックリの顔芸を披露する。戦闘スタイルは遠隔攻撃端末による収束レーザー。他にも莫大な力を利用して時空を歪め、五次元探知能力をもつストライカー達の意識を飛ばす攻撃方法も持つ。
初登場はチュートリアル。この時点で事件の元凶と判明する。
アルタイル・トルテの面々と隊長に撃退され、別のチャンネル（平行世界）に逃亡する。
本作最初のスペシャルレイドオブリ（はぐれメタル的な奴）でもある。
同じ外見の別個体が2014年7月協力戦や2014年10月協力戦などで登場。この個体がエピソードⅡで引き続き悪役を務め、フィフス・フォースのショコラーデ・ミラと対立する。
セレーネからアマンド・フォーマルハウトを離反させ、そのデータを収集して本人達より強い複製体妖魔「ファントム」を生産、エピソードⅠ以上の災害を起こそうとしている。
2016年11月協力戦ではエピソードⅡの展開に合わせて、通常型の大人モルガナ（エピソードⅡ版のコピー）が暴走巨大化したプチコ（霊獣テンコ）と共に再びスペシャルレイドオブリとして登場した。
モルガナ・ジ・アビス
2014年8月の協力戦イベントからスペシャルレイドオブリとして登場した、モルガナの亜種。
姿形や色は通常版(究極変身コス)ベースのものや変身コスベースのものなど複数種類が登場している。
エピソードⅠで妖魔（ヨウマ）を製造していた個体は、窮地に追いやられ「アビス」に変貌。風貌は通常版の衣服が白から黒になり、赤い裏地、そして金色の帯を浮き纏う。
2014年8月協力戦に登場した個体も同様の姿形。2014年9月協力戦に登場した個体は、衣服が黒で先述のアビスとほぼ同様な姿だが、裏地が青、帯が銀色と色合いが僅かに異なる。
一方、2014年10月協力戦でモルガナと「もるがな」を襲った個体は、血にまみれた(もるがなの変身コスに似た科学者風)衣装を身に纏っており、急襲妖魔（レイドオブリ）を造り出せる。
いずれの個体も緑髪が白髪になり、左手で光る左目を押さえ、常に不気味な笑みを浮かべる、という共通点がある。
また、通常verのモルガナが首に巻いていた帯は、この形態ではボロボロになりながらも浮き上がり、本体を覆うように浮かんでいる。
他のモルガナ曰く「条理の闇に呑まれた者」。
言うなれば発狂したモルガナとも言える存在であり、こうなると正常なモルガナからは敵とみなされる模様。
良くも悪くもインパクトがある外見。ギャグ系イラストも確認されている。
2015年末に再登場した（見た目は2014年協力戦に登場したものとほぼ同じだが、4対の爆撃オプションの色が通常の白青から黒赤に変化している）が、その後は音沙汰なし。
と思われていたが2017年6月の協力戦の特攻メモカでなんとこの娘に召喚されると言う驚きの再登場（見た目は上述のものから衣裳の表地が赤色になり、全体的に赤い色合いの意匠に変化）を果たす。
後述のミゼラストロフやアグローナと同様、『2』以降は主にストーリーに関係ない定期サイレント復刻として再登場。（EPV以降ストーリーに関わるレア敵は特異と決戦編の敵）
2023年11月には混沌プラトーンに関連するアナザーストーリーにて再登場。
この個体は各メンバー由来の妖魔「シャドウ」を率いて使役し、境界や平行世界を消滅させようと動き出す。
モルガナ・ミゼラストロフ
2017年4月の協力戦で初登場した、モルガナの亜種。
同イベントのスペシャルレイドオブリを担当する。
同じく亜種である「モルガナ・ジ・アビス」とはデザインが大きく異なり、こちらはほどけかけた包帯のように崩れた身体に偵察型オブリに類似した顔…といったもので、モルガナの面影はほとんど見当たらない。
変身メモカ「蝕」と同時期に登場した。
種類は、白・黒・赤・青・黄の属性色5種類が登場している。
if世界でモルガナ化しつつあった雨森このえが、用済みになった訓練用の零号スーツを使い捨て前提の超高出力解放版（＝変身・蝕）に改造したことで、
装着者が制御に失敗して暴走した力に呑まれたらという可能性から具現化させてしまった存在。
知性もあるようで2017年7月協力戦ではある娘に対して言葉も発しており何故かフィフス・フォースの存在も知っていた。
また2017年8月には巨大なミゼラストロフがエテルノを襲撃するが、36連携攻撃により撃退された。
モルガナ・オブ・ジ・エンド
詳細はエンド(スクスト)の項目へ
関連項目
スクールガールストライカーズ アザーズ(スクスト) マッドサイエンティスト
その正体（※メインストーリーのネタバレ事項）
平行世界や因果律など「世界の在り方」を深く知りすぎた者の意識は、いつしか歪んで自己を保てなくなり、「大いなる無意識」の集合体の一部として集約されてしまう。
この「『大いなる無意識』と同化した者」という概念がモルガナであり、個人を指す名前ではない。
モルガナ化した者は無数の平行世界の中に無数に存在する。
全てのモルガナは意識を共有し、共通して「条理の果てを探求する」という目的のもとに行動する（「もるがな」としてエテルノにいる個体も含めて）。
だが、最終目的こそ同じでもモルガナ同士が団結しているわけではなく、その行動は完全なスタンドプレー。
お互いに協力することも妨害することもなく、各々がそれぞれの方法で「条理の果て」に至るべく研究を続けている。
意識も容姿も変質したとはいえ元は普通の人間であり、人間時の記憶も残っている。
「大いなる無意識」とは無機物・無生物である星々に宿っている《意識》のことを指す。
そして無意識の1つ、「地球の意識」が観測の多様性を増すために、ただ宿った対象の認識を通して観測を行なうだけの《意識》が宿るための容れ物として育んだのが「人間」である。
しかし世界を構成する宇宙の遺伝子に生じた「世界の遺伝子の欠陥（コスモゲノム・ディフェクト）」により、《意識》の容れ物に適した生物に過ぎない人間が、逆に《意識》を観測するというありえない異常事態が発生する。
これが《意識》を宿す人間が平行世界や因果律など「世界の在り方」を深く知りすぎるという事態が起こり得る因果の裏事情で、「世界」に対する一種の叛逆行為にあたるという。
そのため「無意識」の一部に結合した叛逆者である多くのモルガナは、条理の果ての探求という目的のために平行世界の多様性を減らしていく方法を無自覚に選ぶ「世界の歪み」としての性質を持つ。
ただし「無意識」の一部にうまく同化して、破滅的な性質を持たずそのような方法を採らない個体も存在する。
エピソードI
ステラプリズムを開発した研究者たちは知識を追究して次々とモルガナ化していった。
適性研究チーム主任・千嵐麻衣あるいは兵器研究チーム主任・折江幹子のどちらかが、オープニングで「最後の戦い」を交えたモルガナの正体とされる。
（ゆぴてる園との関係から「適性」担当ではないかと思われる）
モルガナの一部になった者の中でも特に意識が強かった彼女は個人としての意識の主導権を保ち、モルガナという大きな無数に分岐する流れの中で同じ支流にあるモルガナ達を支配下に収め、モルガナ化を厭わなかった知識欲のままに、様々な平行世界の歴史を因果律から外れた滅亡の歴史へと導いて観測することで、さらなる条理の探求を目指していた。
また転生研究チーム主任・沙島茜も彼女によって強制的にモルガナ化させられており、
操られるままに1つの平行世界を滅ぼす実験に従事させられている。
「アルタイル・トルテ」の世界にて、沙島茜だったモルガナが討伐されると、それを操っていた真のモルガナが世界に侵攻をかけ、その世界のアルタイル・トルテ5人を各個撃破している。
オープニング「最後の戦い」にて逃げようとしたモルガナは、前世で沙島茜により転生能力を与えられていた隊長の自爆同然の転生に巻き込まれて消滅。転生前の記憶もないどこかの世界のただの人間の赤子として転生したと思われる。
なお、アニメチャンネル（エピソードⅠの並行世界として扱う）における折江幹子の容姿はモルガナと同じ。
エピソードⅡ
エピソードⅡのモルガナは、「因果が複雑に絡まった無数の平行世界を滅ぼしてシンプルになった世界を観測することで条理を探求する」ことを思い付く。
また、世界は《意識》が観測することで生まれるという知識に至っており、とある世界において逆に観測を遮断することで世界を消滅させる。
それに巻き込まれた無数の意識は行き場をなくし、意識の集合体である霊獣テンコへと姿を変える。
そして人間に宿れない霊獣テンコは自身を保護した賢宮ほたるを観測主体として選ぶ。
「重い因果を持つ世界に集っている意識が根幹となって他の世界に影響を与える」という知識も得ていたモルガナは、意識の集合体である霊獣テンコを利用して多数の世界をいっきに滅ぼすべく、シャルロッテを襲い、時空管理官セレーネを「観測が遮断された人為的な事象的地平面外に転移させる」ことで抹殺、賢宮ほたるに憎悪を植え付けて霊獣テンコを暴走させた。
その後、神装メモカによる攻撃でトドメをさされて消滅している。
モルガナ化する前については明かされていないが、エテルノメンバーの現今世界の3人のモルガナの1人とされており、
沙島茜を除いた2人、適性研究チーム主任・千嵐麻衣あるいは兵器研究チーム主任・折江幹子のどちらかもう片方ということになる。
（ファントムを開発していることから「兵器」担当ではないかと思われる）
エピソードⅢ
エンド(スクスト)のネタバレを参照
真相
…以上が、Ep.3までに言われていた内容である。
なにやら非常に難解な内容のため補足すると、まずこの「世界の在り方」というのがおそらくモルガナの言う「条理」のことであり、そしてこの話が事実であれば、モルガナがやっているのは単なる越権行為である。
しかしこれが事実だとすると、では時空管理局がやってることはなんなのか？という重大な問題が発生することになる。
たしかに、時空管理局はモルガナのように、他の並行世界の破壊は目的としていないのかもしれない。が、目的が「条理」の「探究」か否か、というだけで、それ以外は概ね似たりよったりと言える。
そして、この「大いなる無意識」とやらこそ、劇中で何度となく出現した、正体不明の「天の声」(「エーテルの源流」など声だけで出てきた謎の存在)である可能性が極めて濃厚である。といってもあの「天の声」の真の名称が「大いなる無意識」ということではなく、あくまであの「天の声」の一種、もしくは一側面にすぎないと考えられる。
では、「大いなる無意識」と同様の存在であるはずの存在に触れたミネルヴァや湊小春、そのような高次元時空に立ち入ったテミスやエデン世界の天音とリョウコはモルガナ化しているのだろうか？そして時空管理局はモルガナとどういう関係にあるのだろうか？
モルガナと時空管理局に関する数々の謎や闇については、時空管理局(スクスト)の当該項目にて考察する。
