概要
監督は三池崇史。当初は『科学忍者隊ガッチャマン』の実写映画として企画されていたが、オファーを受けた三池監督が「自分の実力では無理」「ガッチャマンは『ダークナイト』級の作品を作れる技術・リソースが有ってこそ活きる作品（逆に言えば、技術やリソースが無い状態で作れば確実に失敗する）」と断り、代わりにヤッターマンを提案してきたという経緯がある。
ストーリーフォーマット自体はアニメ第一作をベースとしており、過去のタツノコプロの実写映画とは異なり可能な限り原作アニメを意識したつくりとなっている。
監督の三池崇史曰く「とにかく明確だったのは、子供のころに見た『ヤッターマン』の感じを、限りなく再現したいということだった」
またゲストとして原作アニメの三悪の声優である小原乃梨子、たてかべ和也、笹川ひろしが出演している。（ボヤッキーのCVである八奈見乗児は唯一顔出しNGだったため、ボヤッキーのモデルである笹川が代役で出演となった。)
主題歌は嵐の「Believe」、挿入歌として原作主題歌「ヤッターマンの歌」が使われている。
あらすじ
4つ集めるとあらゆる願いが叶うというドクロストーンをめぐり、週に一回戦っているヤッターマンと泥棒の神様を名乗るドクロベエ率いるドロンボー一味。
ある日、ドクロストーンの調査に向かったまま行方不明になった考古学者・海江田博士の娘、翔子から捜索依頼を受けたヤッターマンは二つ目のドクロストーンをオジプトの遺跡で発見する。ドロンボーとの激戦の末、ドクロストーンを基地に持ち帰ったヤッターマン。今やヤッターマンたちの手元にはドクロストーンが二つ。
その頃、世界では様々な場所からパチンコのパを含めたいろいろな物が消え始める異変が起こった。この異変にはドクロストーンが関係しており、すべて集まると地球も消滅してしまうとオモッチャマは言う。その危機を察知したヤッターマンは、ドクロベエの計画を阻止するべく翔子と共に最後のドクロストーンがあるという南ハルプスへ向かう。
