種族神はルティアナによってナドラガ＞エルドナ＞ガズバラン＞ワギ＞マリーヌ＞ピナヘト＞グランゼニスの順に生み出された。

人間と竜族を除く5種族の神の名はドルワーム水晶宮にてその名前が確認でき、ゲームを始めて転生する際に選ぶ種族の像として出てくる。

当初はストーリーに関わってこないので冒険者たちにとっては無縁の存在と思いきや、魔法の迷宮で必ず見ることになる種族神像は彼らの像なのでなかなか馴染み深い存在である。

初期からエルドナが声のみ登場し、Ver.3.2でピナヘト、Ver.3.3でワギ、Ver.3.4でマリーヌが登場。

ガズバランはVer.3.5後期まで登場は無いが、クエストや討伐コンテンツで人物像が結構語られている。

グランゼニスはVer.1時代は表舞台に出ることがなかったが、紡がれし勇気の絆にて登場し、前作を経験したユーザーたちを驚かせた。

竜族の神ナドラガの存在はVer.3.1より判明。

Ver.3.5後期に訪れる事が出来る「神墟ナドラグラム」には破壊された種族神の像の前に神器のレプリカを置くギミックがある。

そこには各種族神の神器について記載されている。

Ver.3メインストーリーにはナドラガと他六柱の種族神の対立が大きくかかわってくる。

ルティアナの消滅後、長兄たるナドラガは驕り自身が主神となり屈強な竜族が脆弱な他種族を従えるべきと唱えた。これに反発した六柱の兄弟神とナドラガの対立はやがてそれぞれの種族を巻き込んだ神代の戦争へと発展。

最初は竜族が人間の住むレンダーシアを攻め立てて優位に立つが、徐々に他の種族に加勢されて劣勢になる。追い詰められたナドラガは大いなる闇の根源と手を組むもグランゼニスと相打ちとなる形で敗北し身体を封印された。

そして浮遊大陸ナドラガンドは5つの領界に分割されて残った五柱の神の管理下に置かれ、アストルティアから隔離。ナドラガの尖兵として他種族と争った竜族は領界の過酷な環境で生きるという罰を受けることとなった。

浮遊大陸ナドラガンドに存在した都市とそれぞれの結末

都市名	都市の結末
エジャ聖堂	エジャの民が竜族の先兵としてレンダーシアを制圧しかけたが､炎の神ガズバランがもたらした溶岩に飲みこまれ壊滅
極光都市アヴィーロ	花の神ピナヘトのチカラにより兵士たちの武器が花へと変えられ、無力化される。その後、都市機能をつかさどっていた極光の魔鉱石が暴走して滅亡
カーラ郷	郷を守る岩壁の外に毒をまき散らし、ナドラガンドに攻めてきた侵入者を根絶やしにしたが、土の神ワギに岩壁を壊され、自分たちが作り出した毒で滅亡
水都ルシュカ	浮遊大陸の海を水攻めに活用したことで水の神マリーヌの怒りを買い、水没させられる。しかし、当時のルシュカの姫フィナの訴えに神獣カシャルが応え、海底都市ルシュカとして存続
ムストリア砦	風に守られた天然の要害である砦に立てこもり持久戦を図るが、風の神エルドナが起こした竜巻により壊滅

しかしながら、五柱の神の一部は末代の竜族にまで罰を与えるべきかという点で迷いを見せており、竜族の生活の支えとなる恵みの木や月を残したり、現地の竜族を救いたいという神獣カシャルの嘆願を許可したりしている。

一方、ナドラガは敗北する際に自身の一部を総主教オルストフとして逃がしており、復活の機会をこっそりと狙っていた。

そして、解放者となる主人公と竜族の神の器たるエステラの登場によってオルストフの計画は始動しVer.3の物語へと続くのである。