アメリカ合衆国カリフォルニア州サンディエゴを本拠地とする球団。
1969年にエクスパンションチームとして新規参入。
創設以来、現在に至るまでナショナルリーグ西地区に所属。
2004年シーズンからペトコ・パークをホーム球場としている。
チーム名は神父に由来するもので、現在のパドレスが創られる前はパシフィックコーストリーグで同地を本拠地としていた球団が使用していた。
本拠地サンディエゴがメキシコとの国境に接しているため、メキシコのファンに向けたファンサービスも行っている。
またサンディエゴが海軍の基地や軍港を構える土地柄から、軍人への感謝をささげるイベントが行われる。MLBで初めてユニフォームにカモフラージュ柄を取り入れたのもパドレスであり、メモリアル・デー（戦没者追悼記念日）仕様のユニフォームをMLB全体で着用するようになるよりも早かった。
1990年代から2010年代の約30年間、チームカラーはサンディエゴの海や砂浜をイメージした紺色とベージュを使用していたが、2020年からは創設時に使っていた茶色と黄色（正確にはゴールド）にチームカラーを戻した。これはサンディエゴ市旗の色に由来する色である。1980年代に採用されていた黄色と茶色のユニフォームは、アストロズの“レインボーカラー”のユニフォームやホワイトソックスの半ズボンユニフォームと並んでMLB史上に残る“変なデザイン”の定番ネタとなっている。
これまでに地区優勝は5回、リーグ優勝は2回。しかしワールドシリーズの制覇はなく、試合単位でみると目下のところ7連敗中である。
2010年代後半からは毎年のように大型補強を行なっているが、地区最下位争いからなかなか抜け出せず、2006年の地区優勝以来、2019年まで13年連続でポストシーズン進出を逃していた（COVID-19の影響によるシーズン短縮とポストシーズン進出枠拡大の恩恵もあったのだが、2020年のパドレスは通常のシーズンでもワイルドカードを取れた成績ではあった）。
MLB30球団の中で唯一、ノーヒットノーランを達成した投手がひとりも出ていない（勿論完全試合やノーヒットワンランも無い）チームでもある。
日本人選手については、かつて伊良部秀輝の獲得を目指していたが、伊良部のゴネ倒しに屈して契約ならず（伊良部はヤンキースへ入団）。この一件がNPB・MLB間のポスティングシステム成立のきっかけとなった。
チーム初の日本人選手は大塚晶則（晶文）。2004年～2005年にかけてセットアッパーとして、トレバー・ホフマン（後に600セーブを達成した伝説的クローザー）の露払いを務めた。
2008年には井口資仁が所属していたが、同年6月に右肩を脱臼したことで調子を落とし、レギュラーシーズン終了を待たずに解雇された。
2018年は埼玉西武ライオンズから牧田和久が移籍。アンダースローから放たれる独特のボールで話題となったが、球速・球威の不足が露呈し、2年契約を結んでいたものの1年でDFAとなった（2年目は1試合だけメジャーに登録されたが出場機会は無かった）。
2020年オフにはカブスとのトレードでダルビッシュ有を獲得。
