青年漫画誌「イブニング」にて、2004年16号より連載開始。2014年3月に単行本第13巻をもって完結した。
テレビアニメ『もやしもん』は、2007年10月から12月までノイタミナ枠にて放送された。全11話。2012年7月より同枠で『もやしもんリターンズ』が放送開始。
2010年に実写ドラマ化もされ、同年7月から9月までテレビアニメと同じくノイタミナ枠で放送された。

限定酒

単行本2巻の第23話に登場した「大吟醸生原酒龍神丸中どり無ろ過」はネット注文のみ限定10本が抽選で販売された。ちなみに、単行本第2巻13話に登場した「大吟醸生原酒龍神丸」は、限定品ながら高垣酒造で一般販売しているが、2006年3月31日に発売された2006年度産は10時間ほどで完売した。
関連品として同社では、純米吟醸生酒「かもすぞ」を発売している。これには作者がデザインしたA.オリゼーとS.セレビシエとロゴが描かれたラベルを使用しており、2006年度産はわずか13分で完売したため、2007年度産は抽選販売となった。

ストーリー

菌の姿が見える主人公沢木惣右衛門直保が通う某農大を舞台に、菌やウィルスと少しばかりの人間が右往左往する物語。

登場人物

人間

発酵蔵
沢木惣右衛門直保（CV：阪口大助）
樹慶蔵（CV：西村知道）
長谷川遥（CV：大原さやか）
美里薫（CV：小西克幸）
川浜拓馬（CV：杉山紀彰）
及川葉月（CV：神田朱未）
武藤葵（CV：能登麻美子）
西野円
日吉酒店
結城蛍（CV：斎賀みつき）
日吉菊二（CV：藤本譲）
日吉友春（CV：日野聡）
某農大関係者
宏岡亜矢（CV：たかはし智秋）
金城優
 長峰
 中山ちさ
 小坂伽沙凛
 立花助教授（CV：吉田真澄）
その他
バーテンくん（CV：松本忍）
龍太（CV：大川透）
長谷川の父（CV：柴田秀勝）
マリー（CV：沢城みゆき）
加納はな
 沢木惣右衛門直継

菌やウイルス

A.オリゼー（CV：冬馬由美）
A.ソーエ（CV：沼倉愛美）
C.トリコイデス（CV：ムーディ勝山）
P.クリソゲヌム（CV：神田朱未）
S.セレビシエ（CV：玉川美沙）

A.ニガー（CV：阪口大助、杉山紀彰、吉田尚記）
C.ジフテロイド（CV：鈴木Q太郎）
L.ラクチス（CV：鍋井まき子）
L.ヨグルティ（CV：仲村みう）
M.フルフル（CV：松田洋昌）
P.エレギノーサ（CV：斉藤隆史）
T.マツタケ（CV：斉藤隆史）
T.ルブラム（CV：世戸さおり）

その他の菌は→菌どもを参照のこと。

主題歌

オープニングテーマ

「カリキュラム」
作詞・歌 - 依布サラサ / 作曲 - Anders Hellgren&davld Myhr / 編曲 - 松田岳二
「Wake Up」（リターンズ）
作詞・作曲・編曲 - 丸山真由子 / 歌 - ClariS

エンディングテーマ

「Rocket」
作詞 - Hiroyuki Hayashi / 作曲 - Hiroyuki Hayashi、Fumi / 編曲・歌 - POLYSICS
「サイキン」(リターンズ第1話〜第4話、最終話)※「最近」をアニメ用に編詞をしたもの
「最近」(同上第5話〜第10話)
作詞・作曲 ‐ 恵梨香　/ 編曲 - 浅田信一　/　歌 - ひいらぎ