1996年11月27日に発売された。「スーパーファミコン史上最高画質」のキャッチコピーのもとで発売された本作はNINTENDO64発売後にもかかわらず高い売り上げを残している。
本作の発売から9年後にはゲームボーイアドバンスでリメイクされているが、「2」同様サブタイトルは無くなっている。追加ステージや全BGMの変更、追加ボスなど、SFC版からの変更要素が多い。

ストーリー

キャプテンクルールとの戦いに勝った後、DKアイランドでのんびりと過ごすドンキー達。
しかしある朝ディクシーがディディーの部屋を訪れると、彼の姿はなく「ディクシーへドンキーと島を探検してくる。明日戻る。ディディーより」というメモだけが置いてあった。

ところが、何日経っても2匹は戻ってこず、心配したディクシーは探検先のクレミス島へ行き、すでに島に滞在していたリンクリーやファンキーの元を訪ねる。

両者によると、2匹の姿は見かけたが行き先は聞いていないとのこと。そしてファンキーから探しに行くなら親戚の赤ちゃんディンキーを連れて行くように頼まれる。
こうしてディクシーとディンキーは謎に包まれたクレミス島で、ドンキーとディディーを見つけ出すための冒険へと出発した。

登場キャラクター

ディクシーコング
今作の主人公。ポニーテールスピンと素早いアクションを得意とし、ゆっくり降下することもできるが、パワーはディンキーに劣る。
チームアップ時にディクシーを投げた場合、着地したディクシーの場所に投げたディンキーも自動的に移動するため、ジャンプでは届かない場所にも辿り着くことができる。

ディンキーコング
今作の主人公。「水切りジャンプ」などのパワフルなアクションを得意とし、ディクシーでは倒せない敵を倒せる反面、機敏性はディクシーに劣る。
チームアップ時にディンキーを投げた場合、転がって敵を攻撃できるほか、着地した場所にひび割れがあった時にそれを粉砕して、中に隠れたアイテムを取り出す事ができる。

ファンキーコング

本作では水上のものを中心に様々な乗り物を貸してくれる。

リンクリーコング

前作と同様セーブ担当だが、今回は無料で行える。スーパーマリオ64をプレイしている時がある。

バロンクルール
科学者の姿をした大型のワニ。ドンキー、ディディーを誘拐した張本人であり、バナナバードを封印した。

アニマルフレンド

各ワールド

※ワールド9「パシフィカの滝壺」はGBA版のみの登場。

	名前	ボス	クマ
-	クレミス島	-	バザー、ブルンダー、ベラミー、バーター
1	オランガタンガ湖	ベルチャ	バーナクル【SFC】/バチュラー【GBA】
2	クレムウッドの森	アーリック	ブラッシュ
3	コットントップの入り江	スクワーター	ブルー
4	メカノス工場の島	カオス	バズーカ将軍
5	雪山K3	ブリーク	ブリザード
6	カミソリ渓谷	バーボス【SFC】/クロクタプス【GBA】	ベニー&ビヨーン
7	カオスの隠れ家	カオス→バロンクルール	バッフル
8	クレマトア島	バロンクルール	ブーマー
9	パシフィカの滝壺	バーボス	バーナクル