本編要約
ある日、両親とともにジョウト地方ヒワダタウンへ家族旅行に来ていたゴウ。ところが彼は、どこか複雑な面持ちだった。話は3年前に遡る。家族旅行でヒワダタウンに来ていたゴウは、ウバメのもりの中でトキオ(CV:高垣彩陽)という「幻のポケモン・セレビィを探している」と話す少年に出会った。「ミュウを探している」という自身の夢と重ねたゴウは、すぐに意気投合してセレビィ探索をすることに。1日セレビィの祠を探すが辿り着かなかったため、「また明日も探しに行こう」と約束し、その日は別れる事に。しかし翌日の朝。雨が降りしきる中をゴウは待ち続けたが、結局トキオが姿を見せる事は無く、家族と共に帰ることとなった。
「約束だよって言ったのに…。友達だよって言ったのに…。トキオのバカヤロー！！！」
3年前の寂しさが頭の中をよぎるが、トレーナーとなった今は頼もしいポケモン達がいる。野生のポケモン(アリアドスとクヌギダマ)をゲットしながら遂に祠に辿り着くと、トキオからの置き手紙があった。それによると、あの日彼は熱が出てしまって外出出来ずにいた。翌日行ってみるもゴウは既に帰った後。そこで1年後、祠に訪れた際にこの手紙を置いたというのだ(もしセレビィに遭えた場合は、ゴウとの約束の日に戻りたいとお願いするつもりだったが、現実的に難しかったものと思われる)。真実を知ったゴウのもとに、チコリータを連れたトレーナーが。ポケモントレーナーになったトキオだ。
「ゴウ！」
「トキオ…。」
「話したいことが、いっぱいあるんだ！」
こうして、わだかまりの解けた2人。彼らを見届けるかのように、空には2匹のセレビィ(内1匹は色違い)の姿があった。
余談
タイトルは劇場版ポケットモンスター(無印)のタイトル「時を超えた遭遇（であい）」を元ネタとしている。
そのタイトル通り、セレビィがキーポケモンのエピソード回だが、色違いも登場しているあたり、ココの本来の上映期間に合わせて作られたものと思われる。
またこの回は、ゴウメイン回の中でも特に、サトピカが一切登場しない（回想シーンも含む）異色の回でもある。これは、「最強メガシンカ」や「ライコウ雷の伝説」、「ポケモンサイドストーリー」といった外伝シリーズ、各シリーズ(DP・BW・XY)最終回後の特別編を除くとサトシの旅シリーズでは初めての事である。
更にこの回から、OP曲の「1・2・3」の歌い手が西川貴教と鬼龍院翔にバトンタッチ。それに伴って、OP映像も一新された。
それまでOP内ではヒバニーのままだったラビフットが満を持して登場した他、サトシとゴウの傍にいるルカリオやエースバーン、手に入れていない筈のフライゴンやヘラクロスの登場、相棒と共に笑顔を見せるアローラスクール組、オトスパスと共に鍛錬に励むサイトウ等、今後の展開を示唆しているかのような要素が散りばめられている。
