もとは前作クロノ・トリガーのストーリーの後、未来変革後のA.D.2400に設置された「時間要塞クロノポリス」の管理コンピュータであった。人類のすべての記憶を持つ人工知能であり、人間や都市機能を管理すると同時に、人間と同じように考えながら成長もする。人類の守護者として生み出されたフェイトは、人間たちに対し深い愛情を抱いていた。しかし、エルニド海で発掘された「凍てついた炎」を守護する内に、一つの夢を見るようになる。

クロノ・トリガーで登場したマザーブレイン（未来が変わっているため全く同じ物ではないが、前作の未来編(A.D.2,300)に登場したマザーブレーンに当たる存在）がベースとなっている。マザーブレインは女性人格だったが、フェイトは男性人格である。

A.D.2,400に、「凍てついた炎」の時間制御実験の失敗(タイム・クラッシュ)で、クロノポリスもろとも1万年前に(B.C.10000)タイムスリップしてやってきた。その時点では都市機能を制御する優秀な人工知能(メーン・コンピューター)として機能していた。

クロノポリスがタイム・クラッシュで1万年前に飛ばされたのと同じく、この地に呼び込まれた「未来都市ディノポリス」（別の時間軸における恐竜人の進化後の姿である龍人、龍の民達の都市。前作の時間改変における可能性、マルチエンディングの一つ）と壮絶な戦闘を繰り広げた。

最終的にクロノポリスがディノポリスとの抗争に勝利し、フェイトらがディノポリスの生体マシンである龍神を6体の龍に分けて封印した。

その後、6体の龍から抽出した「エレメント」を用いて自然をコントロールし、ほとんど海しかなかったエルニド諸島を現在の島の形に再構成し、エルニド諸島に植民したクロノポリス職員（未来に関する記憶を消去した後植民）とその子孫たちを見守ってきた。

自然エネルギーを応用した「エレメント」を一般人でも扱える魔法のようなものとして普及させると同時に、人間を管理誘導するための「運命の書」を開発・量産。これを通して「お告げ」を行い、本来の歴史からしてみればイレギュラーな存在であるエルニド諸島の人間が、外部の国と接触したり、余計な発展をさせたりしてタイムパラドックスを起こさないよう1万年にわたって行動を管理してきた。

加えてクロノポリスを海流と岸壁（猛毒を含んだ珊瑚礁）、気象環境で封鎖したエリア（「神の庭」）に隠匿し、島の人間から干渉されないようにした。「未来からやってきた」海域のため、神の庭は未来の時間が流れている。

ANOTHERにおけるクロノポリスはA.D.1020年でも整然と機能しているが、内部機能が完全に機械化されているため人間をはじめとした生命は存在しない。

しかしタイム・クラッシュの影響からかかつてのクロノポリス職員たちの残留思念がいまでも存在しており、会話ができる他、クロノポリスの何らかの機能を今でも管理している様子が見られる。

スイッチ操作などもしてくれる他、クロノポリス側からみた「クロノクロス」あるいは「クロノトリガー」の世界について語ってくれる。

フェイトはこのクロノポリスから現在でもエルニド諸島の人類を管理している他、調停者を世界に誕生させるための「プロジェクト・キッド」の中枢ツールの一つである「凍てついた炎」を管理している。

HOMEでは7年前のある事件から「神の庭」そのものがクロノポリスもろとも死海化しておりフェイトの存在は失われている。しかしANOTHERから介入したフェイトがワヅキの精神を掌握することやミゲルを死海への観測者としての固着することなどに成功しており、さらに最終的に死海を崩壊させたのも、ANOTHERから介入したフェイトである。

性格

わたしはこんなにもおまえを愛している……

だから、時々、おまえを

メチャクチャにしてやりたくなるのだよ……!!

これは死海でのフェイトの声だが、この「お前」というのセルジュ個人ではなく人類に対して向けられたものである（アルティマニアより）。

元々は人間を導くために作られた人工知能であるため、フェイトは人間に対して愛情を持っていた。

開発当時は現在（A.D.1020時）とは性格も異なってた様子。

しかし現在では、機械でありながら実に有機的な狂気性を帯びるに至っている。

心理的狂気をまとえる機械というのも極めて高度である。

長い間人類を見守り続けてきたフェイトであるが、時を経る内に次第に生き物への羨望を抱くようになった。

「夢を見る」ようになったのである。

現在のフェイトは人間と機械の同化による新しい「種」を想像するようになり、その進化を夢想するようになっている。

そして現在は自らが管理し、認められたものの願いをかなえるという「凍てついた炎」に施されたロックを解除すべく、ある時から行動をはじめている。

その様々な暗躍が、「クロノクロス」あるいは「クロノトリガー」における重大なキーとなるのである。

本体と分身

と、これまでフェイトについて語ったが作中には本体である「コンピューターのフェイト」と「分身たるヤマネコ」が存在する。劇中でプレイヤー側と深く関わるのはヤマネコの方であり、コンピューターのフェイトが台詞を発するのはクロノポリスでの一幕のみ。機械的な台詞であり、ヤマネコとはまったく異なる。分身と言っても最終決戦の際は、ヤマネコが「フェイトの姿（アルティマニアのモンスターデータより）」になったり、倒された際はフェイト共々消滅しているので、限りになく本体に近い存在であると推測できる。

ちなみにヤマネコの正体は、セルジュの父ワヅキである。ワヅキは凍てついた炎に近づいた影響により不安定になっており、そこへセルジュが抱いていた『死（ヒョウ鬼）』のイメージが反映され肉体が変異。更にフェイトの精神まで反映されてしまい10年前に自分を失ってしまう。

こうして誕生したのが『ヤマネコ』である。

狂気性と夢

フェイトの母体となったマザーブレインは、未来改変前（クロノトリガーにおける荒廃したA.D.2300）においてやはり狂気に堕ちたが、こちらが「人類の駆除と機械による理想世界の構築」を目指したのに対し、フェイトは先述のように生物と機械の同化による「新しい種」を目指している。

「クロノ・クロスアルテマニア」ではこの変化について、「凍てついた炎」からの影響もあったのでは、とし、その後の行動を「夢見るあまりの暴走」と評している。加えてクロノは「もしかしたら、フェイト自身、炎を通して、いつか新たな種として生まれかわる夢をみてたのかもしれない……」と推測している。これも「人に対する羨望」があったからだろう。

他の種の一掃ではなくそれすらも飲み込んでの新しい「種」への「進化」というあたりも、世界を巡って種を飲み込み、新しい品種を生みだしてまき続ける事を目的とするラヴォス（「凍てついた炎」の本体）の本能に通ずるものがある。

元々人類の守護者であったこともあって人間に極めて深い愛情を持つが、そういった生命への憧れも

そしてこれらの精神が反映されたヤマネコは、セルジュの肉体を奪ったことで更なる暴走を迎えることになる。原因はセルジュの肉体に遺っていた感情の影響を受けたため。ワヅキがフェイトになってしまったように、今度はセルジュの影響を受けることとなったのだ。以降は強く、様々な心理が錯綜している。

「愛」と「憎しみ」が入り乱れたその感情は実に複雑である。

本人も時にその入り乱れた想いを何ら隠すことなく強烈に発露している。

結果、フェイトは人類に対して破壊活動を開始。死海での言葉の通り「（愛しているからこそ人類を）メチャクチャにしたくなった」のだ。また、彼がキッドの始末を後回しにしたのもセルジュの感情の影響なのだろう。

想いの深すぎるツンデレ、あるいは愛情も狂気も深いヤンデレに近いのかもしれない。

フェイトもまた、「ゆめをみるもの」（Radical Dreamers）であったのである。

ガード・システム

ある博士（理の賢者ガッシュ）の手により、フェイトの回路には自身のネットワークから独立した特殊なガード・システム「プロメテウス」が仕込まれている。

プロメテウスは機械の暴走を防止するためのプログラムであり、ルッカ・アシュティアがロボへの想いから構築したもの。ガッシュはフェイト制作時、密かにこれを仕掛けたのである。このためフェイトは、「凍てついた炎」へのリンクという本来の仕事を逸脱した行動をとることができず、アクセスできる存在の確保のため外部へと思惑を持って干渉する事となった。

回路の隠し方はフェイトをして「実に巧妙」で、フェイトが回路を削除できないよう複数の保護が取り付けられている。

例えば「回路に気がついても即座に忘れるような最優先命令」などがフェイトにプログラムされている。実にコンピュータシステムらしい機能である。

これに関しては分身たるヤマネコが「プロメテウスの消去」をフェイト（本体）に指示したことで攻略された。

なお「プロメテウス」自体の構築は、本来はフェイト専用というわけではなくもっと広範に用いられるプログラム体系である。

このプログラム構築者はある理由から人間と機械との結びつきについて並々ならぬ熱意を傾けており、フェイトはその姿勢、熱意を指して「狂気と言ってもいい」と、評している。

その熱情に取りつかれて世界そのものに執念に似た想いで介入したフェイトをして「狂気」なのだとすれば、その熱意がどれほどのものだったか想像できる。

なお、こちらの人物についてはゲーム中に登場する手紙やその他の人物の発言を見るに、フェイトのような狂気にのまれるようなことはまったくなかった様子である。

「あの頃」のように快活で思いやり深く、他者を労り励ます様子が描かれている。

ストーリーへの絡み

14年前、セルジュの泣き声を聞いたサラがこの時代に干渉した結果、磁気嵐が起こりフェイトのシステムが一時的にダウンしてしまう。こうして開かれた神の庭へ迷い込んだのがワヅキとミゲル、そして幼少のセルジュだった。セルジュは凍てついた炎と接触したことで一命をとりとめたが、ワヅキは炎に近づいたことで不安定になっていた。そこへセルジュが抱いていた死のイメージ（ヒョウ鬼）が反映され肉体が変化。更にはフェイトの精神までが混ざり込み、ワヅキは精神に異常をきたしてしまう。それでもワヅキはセルジュを連れてアルニ村へ戻ったが、セルジュが7歳の時（10年前）に自分を見失いフェイトと一体化。こうして生まれたのが「ヤマネコ」である。なお、クロノによればヤマネコはフェイトそのものではなく分身とのこと。ただしヤマネコは、最終決戦において自身の正体を「フェイト」と述べている。

フェイトは自身の願望を叶えるために炎を求めていたが、セルジュが接触したことでガード・システム「プロメテウス」が起動。フェイトは凍てついた炎へのアクセスを遮断されてしまう。これは理の賢者ガッシュが密かにフェイトに仕掛けた回路で、フェイトが存在に気づいて消去しようとしてもその記憶を消してしまう。そのためフェイトは自力で消去ができず、炎へのアクセス権を失っていた。

そこで分身たるヤマネコは、手始めに7歳のセルジュを溺死に見せかけて殺害（HOMEのセルジュはキッドが助けたため生存）。そしてルッカのもとを訪ね、凍てついた炎の情報をダシに交渉する。この際、凍てついた炎の話をキッドに聞かれており、ヤマネコに炎を渡してはいけないと警戒された。交渉は決裂したため、協力者のツクヨミと共にルッカハウスを焼き払い、ルッカを拉致した。いずれもプロメテウスを攻略できなかったため、今度はパレポリ軍に凍てついた炎の情報を持ち込み、協力関係を取りつける。この時に蛇骨大佐と友人となった。

また亡者の島にてカーシュ、ダリオらに同行。ダリオの死の真相を語ることをカーシュに諫めた後、グランドリオンを持ち去った。このグランドリオンはHOMEの死海の入り口を封印するのに使用された。ANOTHERではグランドリオンの存在自体が不明。HOMEのヤマネコとツクヨミは、3年前に死海へ赴いた際に行方不明となっている。

セルジュの殺害、ルッカの拉致といずれも失敗に終わったためHOMEのセルジュがやってくるのを待つことにした。ANOTHERのヤマネコは、孤児院を焼き討ちした際に「未来のセルジュ」と出会っているため、いずれ次元を超えて炎と接触するのがわかっていた模様。成長した17歳のセルジュを見て、一目で「息子」とわかったのは「父親」だったからなのだろう。

セルジュがANOTHERへ来ると古龍の砦まで誘き出し、龍の涙を用いた儀式によって精神を交換することで肉体を奪い取った。用済みとなったセルジュを異空間カオスフィールドに放逐した後、セルジュの肉体に残っていた感情の影響を受け、人類に対して破壊活動を開始（人間に対する愛憎の表れ）。凍てついた炎を手にするという本来の目的を忘れたように破壊活動に専念する。更にキッドはもう一人の人格が表出したことで（経緯は不明だが）ダークセルジュの仲間となった。

セルジュが元の身体を取り戻そうとしているのに気づき、古龍の砦に先回りをして妨害するが撃退される。その後、神の庭に先回りし、クロノポリス深部にある凍てついた炎を手にしようとする。だが直前で駆けつけたセルジュたちによって阻まれた。そこでセルジュたちに自身の正体がフェイトであることを語り、『（コンピューターの）フェイト』に命令してプロメテウスを消去させた。そして漆黒の巨体を持つ巨人――『フェイト』としての姿を現し、セルジュたちと最後の一戦を繰り広げる。

「フッ……。来い、セルジュ！

　おまえがこの星に生まれてきたことの意味を……

　生きていることの意味を、

　教えてもらおう!!」

しかし、偽物が本物に勝てるわけがなくフェイトは炎を巡る戦いに敗れ、神が死ぬという事実に驚愕しながら消え去った。炎を求めた結果、自身が恐れていた『自分が消滅する』という歴史が誕生してしまった。

人に対する愛憎を持ち、アナザーのセルジュを殺害した彼にとって「セルジュの姿で最期を迎える」のは最大の皮肉だったと言える。

フェイト（戦闘時）

「プロメテウス」排除後、調停者としての機能を全て掌握すべくセルジュ達に襲いかかる。

この時点ではHPが5000もあり、まさに破格の強さを誇る。

その際、最上段にあるイラストのようにデータを集約した本体または戦闘体が床を突き破るような姿形（ただし床を突き破るような具体的なエフェクトはないので、かつてのマザーブレインのような実態を持った投影像の可能性もある）で出現した。

アルティマニアによれば、この形態は「クロノポリスの中枢コンピューター」と紹介されている。

巨大な錆色をした男性の上半身に電子的または星の瞬きのような細かい光が無数に煌いており、胸から下は無く、数本のパイプで地面とつながっているという狂気的な姿を披露した。

また、背中には制御棒のような棒状の何かが規則的に数本突き出している。

フェイトが生身の人間の体を乗っ取っているダークセルジュを除けば、機械的なクロノポリスにあって、有機的なシルエットをとる唯一の存在（それでもかなりメカニカルではあるが）。

攻撃時は長い両腕や複数のエレメントを用いてセルジュらを圧倒する。

また攻撃やエレメント使用の際など様々なタイミングでかなり独特なポーズをとる。

加えてそのアクションの一つ一つもかなり異様な動きをする。

両肘を開き、開いた手を口元に寄せて詠唱したり、呼吸するように肩が震えたり、あるエレメント使用時には過剰にのけぞったりなど、その挙動の一つ一つが嫌でも印象に残るものばかり。

戦闘中のカウントダウンといいそんなアクションの数々といい、前後のあまりに重いストーリーも相まってフェイトとの戦闘はかなりトラウマ的である。

その他

人間関係

人類：管理下にある存在であると同時に、愛情と羨望の対象でもある。

ワヅキ：セルジュの父親。HOMEのA.D.1006においてクロノポリスに辿り着いた際、凍てついた炎の影響により不安定となり、そこへフェイトの精神が混ざり込み、10年前に一体化。ヤマネコとなった。
ミゲル：ワヅキの友人。フェイトの力（未来を知ること）に魅せられ、情報の海（クロノポリス）と一体化。その後、死海化してしまったHOMEの旧神の庭（死海）に観測者として固着した。ANOTHERのミゲルは「何らかの理由により」消去されている（アルティマニアより）。
セルジュ：プロメテウスはセルジュ（調停者）しか炎の前に通さないため、フェイトはセルジュの消去または掌握を画策する。
サラ・キッド・ジール：彼女の大切な家族を死へと追い込んだのがヤマネコ（フェイト）である。