概要
ファンタシースターオンライン2には様々なボスエネミーが登場する。
PSO2esでは、これらのエネミーが人間の姿になった「トランスエネミー」が登場した。
超化エネミー
新難易度「ウルトラハード」に登場するボスエネミーの強化個体。
出現した原因は不明だが、「終の女神シバ」の侵攻と関係があるらしい…
原生種
ロックベア
レアエネミー：ログベルト
超化エネミー：バンガーベア
惑星ナベリウスの森林エリアのボス。…であった。通称ゴリ。
現在の森林探索のボスはファングバンシー（ファングバンサーのつがい）となっている。
また、クラスのPVや動作テストで登場している死なないロックベアことVRロックベアが実装。
バンガーベアは攻撃範囲の広い叩きつけの追加やダイビングプレスの出始めから攻撃判定が発生するなど若干手強い相手になっている。
デ・マルモス
レアエネミー：ダル・マルリ
惑星ナベリウス凍土エリアの中ボス。
巨大な象の姿をしたエネミーで、大きな鼻で殴ってきたり雪玉を器用に投げつけてきたりする。普段は温厚（ノンアクティブ）な珍しいエネミー。
スノウバンシー（雌）/スノウバンサー（雄）
レアエネミー：バンサ・エレナ/バンサ・オラン
超化エネミー：ブリザードバンシー/ブリザードバンサー
惑星ナベリウス凍土エリアのボスエネミー。通称夫妻。
その姿は巨大な白虎そのもの。俊敏な動きで相手を翻弄し、鋭い爪と牙でプレイヤーを引き裂く。また、口からアイスブレスを吐く。
ブリザード系は氷属性の攻撃が多数追加されており、特に咆哮でフリーズさせてから氷の大爆発を発生させるコンボ攻撃は即死する危険性がある。
ファングバンシー（雌）/ファングバンサー（雄）
レアエネミー：バンサ・オング/バンサ・ドンナ
スノウバンシー/バンサーの亜種で、ファングバンシーは現在の惑星ナベリウス森林エリアのボス。
氷属性の攻撃を使わなくなった以外はスノウとそれほど変わりはない。
龍族
キャタドラン/キャタドランサ
レアエネミー：カタドラール
惑星アムドゥスキアの火山洞窟および浮遊大陸に登場する中ボスエネミー。
伸び縮みする胴体を持ち、頭突きや回転攻撃を行う。
伸びている最中の胴体が弱点。また、尻尾の結晶を破壊すると弱点になる。
ヴォル・ドラゴン
レアエネミー：バーン・ドラール
超化エネミー：エボリオン・ドラゴン
惑星アムドゥスキアの火山洞窟に登場するボスエネミー。
地面に潜り、溶岩を纏ってパワーアップする。
エボリオン・ドラゴンは原種とは逆に最初からフルパワー状態で登場し、部位破壊で徐々に弱体化させていくことになる。新たな攻撃も多数追加されておりほぼ別物と化している。
クォーツ・ドラゴン
レアエネミー：クリス・ドラール
惑星アムドゥスキアの浮遊大陸に登場するボスエネミー。
光属性の光線・光弾や、頭から突っ込んで地面にブッ刺さる攻撃を得意とする。
ゴロンゾラン
レアエネミー：ゾロン・ゴラール
惑星アムドゥスキアの龍祭壇に登場する中ボスエネミー。
丸々と太った体型が特徴。バリアを展開しており、四方に浮かぶ結晶を破壊しないと攻撃できない。
椅子に腰かけたまま宙に浮かび、光弾を発射したりヴォル・ドラゴンを一時的に召喚して攻撃させるなど龍族の魔術士的な存在であるようだ。
ドラゴン・エクス
レアエネミー：ノワル・ドラール
超化エネミー：ドラゴン・イグニシモ
惑星アムドゥスキアの龍祭壇に登場するボスエネミー。
ちなみに希少種の「ノワル・ドラール」と超化版「ドラゴン・イグニシモ」は若い女性の龍族。
クローム・ドラゴン
レアエネミー：ヘイズ・ドラール
強化版：アポストロ・ドラゴン
超化エネミー：デサント・ドラール
「造龍」と呼ばれ、正確には龍族ではないボスエネミー。
主にレアEトライアルで出現。
召喚したダーカーを食らって部位破壊可能な黒いパーツを生やし、行動パターンを強化する。
希少種（ヘイズ・ドラール）とは別に強化版の「アポストロ・ドラゴン」とその超化版「デサント・ドラール」というモノがいる（関連性は現在不明）。
アポストロ・ドラゴンおよびデサント・ドラールは、ダーカー吸収用の吸引攻撃でアークス側もダメージを食らうようになり、更にアークスにしか当たっていなくても部位を生やすようになった。またダークブラストに対して特攻効果がある攻撃を持つ。
機甲種
トランマイザー
レアエネミー：トランゼクシア
超化エネミー：シュトルムマイザー
惑星リリーパの砂漠エリアに登場するボスエネミー。
変形機構を備えており、通常形態と戦車形態の2形態（トランゼクシアとシュトゥルムマイザーは砲撃形態を加えた3形態）を使い分けて戦う。
シュトルムマイザーの状態異常付きミサイル祭りは非常に厄介で、砲撃形態に追加された極太ビームと合わせて殺意が強い相手。
ビッグヴァーダー
レアエネミー：キングヴァーダー
惑星リリーパの地下坑道エリアに登場する巨大戦艦に酷似したボスエネミー。
ヴァーダーソーマ
レアエネミー：エンブリオヴァーダー
惑星リリーパの採掘場跡エリアに登場するボスエネミー。
ビッグヴァーダーの中枢の人型部分を独立させ、各種兵装と飛行ユニットを装着した戦闘兵器。
海王種
オルグブラン
レアエネミー：オルグケラトス
超化エネミー：ブリガンテブラン
惑星ウォパルの海岸エリアに登場する中ボスエネミー。
海王種全般に言えることだが、水棲生物のパーツが色々合成されたキメラのような姿になっている。
モーションはクローム・ドラゴンのそれが多く流用されている。
ブリガンテブランはただでさえ攻撃モーションが激しくなったうえに各攻撃中に水弾をばら撒くようになっている。
バル・ロドス
レアエネミー：バル・ドミヌス
惑星ウォパルの海岸エリアに登場するボスエネミー。
浮上施設でもEトライアルで出現し、こちらは海岸エリアとは全く違った性質のボスとなる。
海岸エリアのギャザリングでは幼体のプチ・ロドスが釣れる。元が元なので、幼体と言えど5m超の巨大サイズ。
ビオル・メデューナ
レアエネミー：マギサ・メデューナ
超化エネミー：グラツィ・メデューナ
惑星ウォパルの海底エリアに登場するボスエネミー。
女性的な外見が特徴で、特に亜種は魔女を意識したデザイン。
海底エリアのギャザリングでは幼体のリトル・メデューナが釣れる。マグとしても採用された。かわいい。
グラツィ・メデューナは格闘戦で吸い込み効果を発揮するようになり、また前方広範囲への強烈な放電攻撃が追加された。
レオマドゥラード
レアエネミー：マルドゥザリード
超化エネミー：アンフェドゥラード
惑星ウォパルの浮上施設エリアに登場する中ボスエネミー。
サンショウウオのような姿で、周囲にパニック効果付きの油をばら撒く厄介なやつ。
ネプト・キャサドーラ
レアエネミー：キャサド・バドゥール
超化エネミー：ガザル・キャサドーラ
惑星ウォパルの浮上施設エリアに登場するボスエネミー。
足の無い魚人とソリのような形状の甲殻類が共生する合成生物。
レオマドゥラードとコンビを組んで登場することが多く、専用のコンビネーション攻撃も持つ。
伸縮する錨による攻撃の他、焼夷弾をばら撒く攻撃を持ち、相方が撒き散らした油に着火し爆発させる。
超化コンビになると、各攻撃の強化はもちろん、巨大な火炎弾に乗って炎をばら撒きつつ相方が油を投入して大爆発を起こすという大技が追加されている。
黒ノ民
アンジャドゥリリ
レアエネミー：ヨグジャドゥリリ
亜種：パジャドゥリン
惑星ハルコタンの白ノ領域エリアに登場する輪入道に酷似したボスエネミー。
ギグル・グンネガム
レアエネミー：グンネ・ギンナガム
超化エネミー：ブロル・ブレンガム
惑星ハルコタンの白ノ領域エリアに登場するボスエネミー。
氷の力を操る巨大な鎧武者。巨体が更に巨大な刀剣を振るうため攻撃範囲がかなり広い。
全体的に硬いうえ、弱点となる頭部は特定のタイミング以外では無敵状態となっている。チャンスタイムに攻撃を加え兜と角を破壊すると常時弱点となる。
ブロル・ブレンガムは一定時間で炸裂する氷塊をノーモーションで設置するのが厄介。また、大技の氷華一閃の簡易版のような技を最初から使用する。
グアル・ジグモルデ
レアエネミー：アガタ・ジグモリンデ
超化エネミー：ビリガ・ジグニンデ
惑星ハルコタンの黒ノ領域エリアに登場するボスエネミー。
大鎌を携えた巨大な絡新婦。
トリガーとなる攻撃に被弾すると、一定時間経過後に無敵時間やHP1で耐える効果などを無視して問答無用で即死させる「死の宣告」を使用する。もしも死の宣告状態になってしまった場合は臀部に一定のダメージを与えると解除でき、同時にしばらくダウンさせることができる。
グアルはドSな女王様、アガタは超ヤンデレ、ビリガは花魁詞を使う遊女といった感じの台詞回しになっている。
マガツ(禍津)
各種形態：マガツ・シガン/マガツ・ヒガン/マガツ・サイ/マガツ・レタルガ
惑星ハルコタンに封印されていた無数の顔を持つ巨大な悪神。
全長およそ60mという圧倒的な体躯を持ち、悪神と呼ぶに相応しいスケールの攻撃を振るう。
だがそれも封印された本体から僅かに零れ落ちた力の欠片に過ぎない。
初期に出現した基本形態はスクナヒメの加護を受けて生身で相手をしていたが、より上位の形態は基本的にA.I.Sで相手をすることになる。
ダーカー
グワナーダ
レアエネミー：グワナーダ・ネロ
超化エネミー：グラナグワナーダ
惑星リリーパの砂漠エリアで出現する蟲系ダーカーの中ボスエネミー。
アリジゴク型。地中に潜ったり、吸引からの噛み付き攻撃を行う。
別エネミー扱いの触手(グワナーダ・ビット)を全て倒すことでダウンする。
グラナグワナーダはビットの攻撃性能や本体の防御力が大幅アップし、ダウンさせないとろくに攻撃が通らなくなっている。
その分、防御力に関係なくHPを削り取る状態異常バーンが非常に有効になった。
ダーク・ラグネ
レアエネミー：ダーク・アグラニ
各惑星のエマージェンシートライアルで出現する蟲系ダーカーのボスエネミー。
四本脚だが蜘蛛に近い形状。大型ダーカーの代表格として様々な場所で不意に出現する。
狭い所が大好き。
ウォルガーダ
レアエネミー：アロナガーダ
惑星ナベリウス「遺跡」に登場する水棲系ダーカーの中ボスエネミー。
パッと見なんの水棲生物が元ネタかよくわからない人型。
四股踏みや突っ張り連打、はたまた飛び込み頭突きなどどっかの相撲取りキャラのような攻撃をしてくる。
ゼッシュレイダ
レアエネミー：リグシュレイダ
超化エネミー：ゴルシュレイダ
惑星ナベリウス「遺跡」に登場する水棲系ダーカーのボスエネミー。
巨大な亀の姿をしており、四肢からのジェット噴射で巨体に見合わない高速移動をするだけでなく、飛行まで行う。その姿はまさにガ○ラ
ゴルシュレイダは回転飛行しながら爆撃を放つ技など様々な攻撃が追加されている。
デコル・マリューダ
レアエネミー：ノーヴ・マリダール
惑星ウォパル「海底」に登場する有翼系ダーカーの中ボスエネミー。
達磨落としのような形状が特徴。胴体部からの散弾攻撃の総威力が非常に高く、拠点防衛系クエストの拠点キラーとして猛威を振るう。
その他にも何かと厄介な攻撃が多い強敵。
ブリュー・リンガーダ
レアエネミー：ノーヴ・リンガダール
超化エネミー：ラファガ・リンガーダ
惑星リリーパ「採掘場跡」に登場する有翼系ダーカーのボスエネミー。
ケンタウロス型の4本腕の鳥人で二刀流かつ二槍流という属性過多っぷりを誇る。
手数が多いため慣れないうちは厄介。慣れればカウンター攻撃や無敵/ガード付き攻撃を活用する良い練習台となる。
ラファガ・リンガーダは吸引から即死級の威力を持つ居合斬りを放つ大技が追加された。
コドッタ・イーデッタ
レアエネミー：バレッタ・イーデッタ
超化エネミー：オドゥナ・ゾルダッタ
惑星ハルコタン「黒ノ領域」に登場する玩具系ダーカーの中ボスエネミー。
本体は子供の人形のような形状だが、無数のブロックパーツを纏ってオモチャのロボットのような姿になって戦う。
伸縮する腕による殴りやロケットパンチ、パーツをバラして無敵状態になってからの突進攻撃などを使う。
四肢のコアを破壊してダウンさせ、本体を露出させない限り本体へのダメージは通らない。
超化版のオドゥナ・ゾルダッタはミサイルやドリルなど様々な攻撃が追加されているほか、最初から原種の怒り後の挙動になって無敵付きの行動を取る頻度が大幅に増していたり、ダウンモーションを取ったと思いきや周囲に衝撃波を放つなどかなり厄介な相手になっている。
ダーク・ビブラス
レアエネミー：ダーク・リンゼス
世壊種：ダーク・ビブラス・ユガ/ダーク・リンゼス・ユガ
採掘基地防衛戦：襲来から登場した蟲系ダーカーのボスエネミー。
カブトムシのような体型と、巨大に発達した前腕部が特徴。
出現する場面が限られているため、あまり戦う事がない。
アポス・ドリオス
レアエネミー：アポストル・トリッツァー
ダークファルス・ルーサーの眷属として立ちはだかる有翼系ダーカーのボスエネミー。
個体によって異なった属性の攻撃を使用するほか、ウィークバレット状態(ダメージ2.55倍)にする誘導弾を使用する強敵。
ただでさえ高威力の攻撃が多いので、WB状態で被弾すると一発で致命傷を食らうことになる。
ダークファルス
ダーカーの親玉ともいえるボスエネミーたち。
それぞれが憑代の人間体、人間より一回り以上大きい戦闘形態の通称ヒューナル体、超巨大レイドボスの本体の3つの姿を持つ。
また、異世界オメガで発生した強化形態オメガファルスが存在する。こちらは世壊種(DA)扱い。
【深遠なる闇】
ダーカーとダークファルスを生み出した存在。
ゲーム的な種族設定としては世壊種(DA)に分類される。
世壊種
アンガ・ファンダージ
壊世区域全般に登場する世壊種(DA)のボスエネミー。【深遠なる闇】と何らかの関わりがあるようだが…
一定段階までHPが減る度に最大3種類まで各武器種や属性に強烈な耐性をつける、基本型と獣型の2種類が存在し前半と後半で形態が入れ替わる場合がある、それとは別に個体によって行動パターンがやや異なるなど独自の仕様を持つ。
ベーアリブルス
レアエネミー：ベルガリブルーサ
壊世区域・森林に登場する世壊種(NA)の中ボスエネミー。
ロックベアが変異したと思しきエネミーだが、その強さはもはや別物レベル。
原種よりも遥かに軽快な動きで隙の小さい攻撃をしてくる。
空中で一瞬静止してからの横回転連続ボディプレスやダイビングプレスといった物理法則を無視した動きが印象に残る。
こいつもそうだが、世壊種は既存エネミーの変異種とおもしき種族でも、後に実装された超化エネミーと比較して攻撃パターンの変化が激しい傾向にある。
プロジオーグルス
レアエネミー：イグニジオグルス
壊世区域・森林に登場する世壊種(NA)の中ボスエネミー。
デ・マルモスの変異体。原種とは違い火炎弾による攻撃を得意とする。攻撃の速度や頻度も段違い。
後頭部の辺りにあるコブが弱点だが、部位破壊すると火口の如く火炎弾をばら撒くようになる。
ディアボイグリシス
レアエネミー：ヴォモスブロドシス
壊世区域・森林に登場する世壊種(NA)のボスエネミー。
前腕を持った巨大な怪鳥。モーションはヴォル・ドラゴンのそれに近い。
巨体を活かした攻撃範囲と鳥類らしい素早さを兼ね備えた強敵。また、火炎弾や火柱による攻撃も得意とする。
実装当時は火柱攻撃による画面揺れが酷く（程なくして調整された）、その巨体や火柱そのものによる視界妨害と合わせて色々な意味で厄介な相手だった。
ファルケ・レオーネ
レアエネミー：レオーネ・ファロッゾ
壊世区域・地下坑道に登場する世壊種(LI)のボスエネミー。
四足獣型の戦闘メカ。一見スノウバンサーに近い見た目をしているが、頭部の形状や、翼や背びれを持つ点などはドラゴンのそれに近い。
格闘戦に特化しており、非常に素早く隙も少ないので、近接戦闘に不向きなクラスで相手をすると凄まじく手強い。
ただでさえ厄介な相手だが、相方のヴリマ・レオパードと共に出現する場合も多い。
ヴリマ・レオパード
レアエネミー：レオパード・ヴロッゾ
壊世区域・地下坑道に登場する世壊種(LI)のボスエネミー。
ファルケ・レオーネと同系列の四足獣型の戦闘メカ。
こちらは射撃戦特化で、砲撃と多段ミサイルによる同時攻撃が厄介。スタングレネードや口部からのビーム砲なども使う。
ファルケ・レオーネと同時出現した際は、慣れないうちはそれはもう滅茶苦茶にされるだろう。
ゼータ・グランゾ
レアエネミー：イプシロン・グランゾ
壊世区域・地下坑道に登場する世壊種(LI)のボスエネミー。
四枚の大型シールドが特徴的な、腕のない人型をしたロボ。前作PSOに登場したギャランゾやイプシロン等のエネミーのエッセンスを取り込んだデザインである。
巨体による突進や踏み潰し、各部に搭載されたバルカン砲やミサイルが主な攻撃手段。大技としてシールドを反射器とした拡散レーザーによる薙ぎ払いを持つ。
ネッキーからの挑戦状！（後の採掘基地防衛訓練：VR）で登場した際は拠点を一撃で破壊する専用技を引っ提げて来ており、プレイヤーたちの度肝を抜いた。
ボクス・ドゥバルス
レアエネミー：ブギル・ドゥバルス
壊世区域・火山洞窟に登場する世壊種(AM)の中ボスエネミー。
トランマイザーの骨格を流用した異様なフォルムが特徴。
ボクシンググローブのような形状の腕部による格闘戦を得意としており、飛行からの突進攻撃なども使う。
ヤンキーっぽい台詞が特徴で、基本種は女性(スケバン)、レア種は男性となっている。レア種はリーゼントめいた曲線を描く角を持っていたりする。
ドラゴ・デッドリオン
レアエネミー：ヴァレオン・ドラール
壊世区域・火山洞窟に登場する世壊種(AM)のボスエネミー。
名前通り獅子のような形状の顔をしている。巨大な槍と爪状の盾を持ち、ドラゴン・エクスの強化版と言える行動パターンを持つ。
基本種のCVからフリーザ様と呼ばれる事が多い。レア種のヴァレオン・ドラールは狂戦士めいた女性の龍族。
グリュゾラス・ドラゴ
レアエネミー：ニルバリーズ・ドラゴ
壊世区域・火山洞窟に登場する世壊種(AM)のボスエネミー。
黄金に宝石を散りばめたような豪華絢爛な外見のドラゴン。クォーツ・ドラゴンの強化版と言える行動パターンを持つ。
レア種のニルバリーズ・ドラゴは女性の龍族。
幻創種
15式戦車
レアエネミー：アーマード15式
地球の東京エリアに登場する幻創種の中ボスエネミー。
外見はまんま戦車だが、幻創種の特徴として戦車砲をミサイルランチャーなどの全く別のものに変形させた多彩な攻撃を行う。
トレイン・ギドラン
レアエネミー：ドクトル・ギドラス
超化エネミー：リーゼス・ギドール
地球の東京エリアに登場する幻創種のボスエネミー。
複数の電車車両で構成された三つ首(尻尾にも頭があるので四つ首？)のドラゴンのような姿をしている。
主な攻撃は見た目通りの質量攻撃だが、頭部を除雪装置に変形させて雪玉をばら撒いたり尻尾をパンタグラフに変形させて放電したりもする。
EP4キャラクリ体験版のムービーでボス役を努めたEP4を代表するエネミーの一体。
東京エリアで見られる映画ポスター「THE LINER」にそっくりさんが描かれている。
幻創戦艦・大和
EP4序盤のレイドボス。
見た目はほぼ戦艦大和そのものだが、クエストが進行するにつれて飛行したり浮遊砲台を展開したりやりたい放題になっていく。
主にA.I.S.での戦闘になる。
デビルズトレーラー
レアエネミー：マーダートレーラー
地球のラスベガスエリアに登場する幻創種の中ボスエネミー。
外見はやはり単なるアメリカンな感じの大型トラックだが、例によってキャリアー部分を具現化して多彩な攻撃を行う。
ベガス・イリュージア
レアエネミー：ナイトメア・ベガス
地球のラスベガスエリアに登場する幻創種のボスエネミー。
スフィンクスに乗った自由の女神というカオスな外見。2つとも現実のラスベガスに実際に設置されているものである。
基本種は自由の女神が、レア種はスフィンクスが喋る。
デコル・マリューズ
地球に出現する幻創種の中ボスエネミー。
ダーカーを模した幻創種の一つで、ノーヴ・マリダールの色違い。
細かな部分の性能が多少違う程度で原種と大きな違いはない。
エスカ・ラグナス
地球に出現する幻創種のボスエネミー。
ダーカーを模した幻創種の一つで、ダーク・ラグネによく似ている。
攻撃パターンも似ているが幾つか新しい行動が追加されており、大きくバックジャンプした後に巨大な糸の壁を作ってからカマイタチで一方的に攻撃してくる。
採掘基地防衛戦:VRでは出現直後に拠点に飛びついてしがみつき、強力な継続ダメージを与える厄介な相手。足の装甲を破壊すると叩き落とすことができる。
デウス・エスカ
EP4終盤のレイドボス。
ストーリーで戦うのはレイド版の第一形態「デウス・ヒューナス」。
その他、緊急クエスト等で登場する第二形態「デウス・アンジェス」と超巨大レイドボス形態の「デウスエスカ・ゼフィロス」「デウスエスカ・グラーシア」が存在する。
魔物種
エリュトロン・ドラゴン
強化版：ドラゴン・アートルム
異世界オメガに登場するレイドボス。
魔導国クエント・旧王城に封印されていた伝説の「紅き邪竜」。
魔神城（ランザーバレス/ギャスルドール/ミシルガスード/バスターバレス）
異世界オメガに登場する魔物種のボスエネミー。
主にバスタークエストの討伐目標として出現する、城を模した大型ボス。
各種は類似する攻撃パターンを持つが、クエストのギミックとして発動する攻撃が大きく異なる。
ロックゴーレム/ボンバゴーレム/レスタゴーレム
異世界オメガに登場する魔物種の中ボスエネミー。
それぞれ岩、岩+赤い結晶、岩+樹木+緑の結晶で構成されたゴーレム型の魔物種。
頭部が弱点であり、両腕を破壊するとダウンするなどの基本的な特徴は同じだが、ロックゴーレムはジャンププレス、ボンバゴーレムは岩投げと自爆攻撃、レスタゴーレムは周囲の敵を回復する行動を取る。
フレイムディアモス
異世界オメガに登場する魔物種の中ボスエネミー。
炎を操り格闘戦も得意な悪魔型の魔物種。即死級の大技を持つなど中ボスの割にはかなりの強さ。
オメガコカトリス
異世界オメガに登場する魔物種の中ボスエネミー。
尻尾が蛇の頭になっている巨大なニワトリ。着弾すると燃え続ける火の玉、毒霧、石化睨みと嫌らしい攻撃を持つ。
閃機種
ドラルベルージュ
超化エネミー：ドラルグルーディ
EPISODE6第1章にて初登場した閃機種の中ボスエネミー。
かなり硬いうえにランダムで四肢の装甲のいずれかに弱点のコアが隠されており、運が悪いと長期戦になることも。
機動力も高く攻・防・速に長けた強敵。特にドラルグルーディは装甲を破壊されて身軽になると瞬間移動めいた速度で移動する。
固有レアのアキュレハーリス/アトゥスハーリスは、特定のフォトンアーツの追加攻撃として、このエネミーが持つ上空からの光線攻撃を放つことができる。
ネメスアンジュール
強化版：アヴァールネメシス
終の艦隊迎撃戦の戦艦撃破ルートに登場する閃機種のレイドボスエネミー。
ヒロイックな外見をした人型ロボ。バリア装置や拡散追尾弾、ミサイル、ブレードによる乱舞攻撃及び光波など多彩な武装を持つ。
宙間戦闘に対応したA.I.Sヴェガに乗り込んで戦うことになる。
強化版のアヴァールネメシスはトリガークエスト「宇宙を駆ける紅き閃機」に登場する。
戦艦撃破ルートでドロップするオルゲイマリス、オルゲイランコアは、特定のフォトンアーツの追加攻撃として、このエネミーが持つ攻撃の一部を放つことができる。
7thオープニングムービーでも登場。A.I.S部隊の背後に一瞬で現れ、斬撃で1機を破壊した。
ディモールドゥミヌス
終の艦隊迎撃戦の敵旗艦突撃ルートに登場する閃機種のレイドボスエネミー。
敵旗艦を破壊するため主砲内部にカチコミをかけたアークス巡洋艦を待ち構えている超大型の閃機種。
A.I.S妨害装置を搭載しており、取り巻きの閃機種たちを倒してからは生身で相手をすることになる。
攻撃に使う腕部の全てと頭部装甲を破壊され機能不全に陥った後、巡洋艦の主砲に止めを刺され旗艦もろとも爆散した。
ベールドフォードルス
主に「艦内侵入：敵大型戦艦」に登場する閃機種の中ボスエネミー。
大型戦艦の動力炉を守る防衛機構だが、撃破されると自分から動力炉に突っ込んでいってしまうドジっ子。
グラーブエクゼクル
超化エネミー：ギルディナエクゼクル
主にディバイドクエスト「逆境訓練：フォトナー強襲」に登場する閃機種のボスエネミー。
当初は敵戦艦への潜入工作などを経てアークス側が仮想敵としてシミュレートしたものだったが、後のフォトナー艦隊との最終決戦においてはマザーシップ中枢への入り口を守る門番として実物が登場した。
重力操作によるジャンプ封じなどを持つ。
攻撃が非常に激しいものの、予備動作などはしっかりしていてテンポよく攻撃してくるので見切りやすくはある。
7thオープニングムービーではボス役としてラストシーンに登場。
超時空エネミー
エンペ・ラッピー
ボーナスクエストとEトライアルでのみ登場する巨大なラッピー。
ニャウ
プレイヤーに戦いを挑んでくるジャコウネコのキャラクター。
コラボエネミー
クーガーNX
レアエネミー：クーガーNX・ACE
「ボーダーブレイク」とのコラボにより登場したブラスト(ロボット)。
一度やられてリスポーンする所も再現。
ナイトギア
レアエネミー：魔導騎士ナイトギア
「シャイニング・フォース クロスエクレシア ゼニス」とのコラボにより登場した騎士の亡霊。
コラボ元がサービス終了したため「帰る場所が無くなった」と言われることも…。
ガル・グリフォン
レアエネミー：グリフォン・ゲルス
超化エネミー：デオス・グリフォン
PSOに登場したボスエネミー。
コラボエネミーでありながらPSO2独自のレア種や超化種が実装され、各種クエストでも通常ボス扱いで頻繁に出現するなどすっかりPSO2側に帰化した感がある。
オーディン
「ファイナルファンタジー14」とのコラボにより登場した闘神。
攻撃エフェクトなど忠実に再現されており、必殺の真・斬鉄剣はあらゆる防御効果を貫通してエリア内全てのプレイヤーキャラを強制的に即死させる。彼が最終ボスとして登場する専用クエストでは、真・斬鉄剣を発動阻止できなければ即クエスト失敗だった。
登場クエストの配信期間が過ぎてからはフリーフィールドで稀に出現する。
常に会える可能性があるコラボエネミーは、今のところ彼が最後である。
専用エリアのウルズの泉は、パラレルエリアの1つとして、極稀に行くことができる。
エルゼリオン
「モンスターハンターフロンティアZ」とのコラボにより期間限定で登場した「灼零龍(しゃくれいりゅう)」。
トリガークエストでは本家モンハン宜しく古塔で闘う。
現在は出現しなくなっている。
第6の使徒
新劇場版ヱヴァンゲリヲンとのコラボにより登場。A.I.Sヴェガに搭乗した状態で交戦する。
現在は出現クエストを受注できなくなっている。
