番号	階層(世界樹)	深界(アビス)
1層	翠緑ノ樹海	アビスの淵
2層	原始ノ大密林	誘いの森
3層	千年ノ蒼樹海	大断層
4層	枯レ森	巨人の盃
5層	？？？	なきがらの海
6層	真朱ノ窟	還らずの都
7層	なし	最果ての渦
?層	なし	奈落の底

また両作ともこの層の中で文化を形成し、暮らしている者が登場する⇒モリビト、成れ果て

迷宮には狂暴な生物がはびこる

世界樹の迷宮→「F.O.E」

メイドインアビス→「原生生物」

層	生息するF.O.E	生息する原生生物
1層	狂える角鹿、怒れる野牛、全てを刈る影、フォレストウルフ	ツチバシ、ガンギマス、ゴコウゲ
2層	ジャイアントモア、森の破壊者、密林の殺し屋、災いの巨神	ナキカバネ、オットバス
3層	永劫の玄王、ハイキラーアント、ハイガードアント、這い寄りし暗殺者、水辺の処刑者	ネリタンタン、ベニクチナワ
4層	うごめく毒樹、冷酷なる貴婦人、禍乱の姫君、世界樹の双葉、フォレストオウガ、フォレストデモン	タケグマ、タマウガチ、クオンガタリ
5層	死を呼ぶ骨竜、魂の裁断者、深海の王者、樹の下の大王	ハマシラマ、カッショウガシラ
6層	鮮血の担い手、魔界の武王、とこしえの魔竜、深淵を舞う者、氷竜クローン、雷竜クローン、炎竜クローン	ミゾウジャク、ダイオウカブリ、ヤドネ、リュウサザイ、水もどき、カマヅノ

これらの生物は両作品とも「倒すものではなく避けるもの」というセオリーがあり、遭遇したらその場から逃げる事を推奨される。

可愛らしいデザインのキャラクターに容赦なく襲い掛かる過酷な描写

世界樹の迷宮→「世界樹でよくあること。」※本編のテキスト上で展開される。

メイドインアビス→「上昇負荷」「成れ果て」

このようにつくしあきひと氏は、世界樹の迷宮から影響を受けたと思われる作風を多数メイドインアビスに散りばめている。※ただし「上昇負荷」があるぶんアビスの世界観の方が厳しい環境と言えるだろう。

共通出演者

声優	世界樹	アビス
伊瀬茉莉也	フレドリカ・アーヴィング	レグ
大原さやか	サクヤ	オーゼン
川原慶久※	オレルス、オリバー、男性・実況者	シムレド
久野美咲	No.28(天然)、No.36(オドオド)、シャーマン(誰ガ為のアルケミスト・コラボユニット)	ファプタ、イルミューイ
坂本真綾	ペルセフォネ、世界樹の迷宮3PVのナレーション	ライザ、ナレーション
田村睦心	少年・元気、女性・真面目	ナット
富田美憂	少女・乱暴者、少女・無個性２	リコ
沼倉愛美	女性・クール	シギー
日高里菜	No.39(無口)、No.27(素直)	ミオ

※世界樹の迷宮のファンとして有名な声優。

両作品にそれぞれフレドリカ役、レグ役として出演している伊瀬茉莉也氏だが、2人とも迷宮内から主人公により発見され、記憶を失っているという共通点を持つ。そして2人とも自分が何者なのかを知る為に迷宮(奈落)の探索へと挑む。(ただし原作でのレグの登場は、フレドリカの登場作である新・世界樹の迷宮が発表される前なので前述のような影響などの因果関係は無い)。

他にも坂本真綾氏は両作品でそれぞれ、ナレーションを担当していた事がある(世界樹では3作目のPV、アビスでは本編ナレーションを担当)。