カブトverでは全身をパワー系射撃武器で固めた最新鋭カブトメダロット「ジュウーク」、クワガタverでは強力な補助能力を備えた頭部と用途の別れた格闘攻撃用の両腕を備えた最新鋭クワガタメダロット「モンジロー」を渡され、それぞれ「ジッパー」「ソウエン」という愛称を与えられる。周回プレイだと同じタイミングで予備のパーツ（バージョン別に歴代主人公メダロット一式）がもらえる。

当初はメダルの人格が非常に幼く、テンマの言うことをロクに聞かなかった（実際、初期は戦闘中の指示を聞かず、勝手に行動してしまう）が、交流を重ねて少しずつ絆を深めていくことになる。

メダチェンジを使いたがったりコンボを使いたがったり好奇心が強く、ロボトルや勝負事が大好き。勉強は嫌い。

なおジッパーはグラントシロカブト、ソウエンはコガシラクワガタ(グラントチリクワガタ)がモチーフとなっている。

メタビー/ロクショウ

毎度おなじみメダロットシリーズの元祖主人公機体だが、本作では正体不明の野良メダロットとして登場。

街中で怪しい黒ずくめ集団を追いかけ回していた所、たまたま通りかかったテンマに「俺のマスターのふりをしろ」と言い出し、そのまま二人で協力して集団のメダロット達をあっという間に撃破してしまう。

その後も連中に何かを問い詰めようとするが、突如現れた初老の男性（MEDA学院の校長先生）に制止され、どこかへと去っていった。

そしてテンマがMEDA学院入りした後、島の奥にあった廃鉱山の入口にて、ずっと身を構えている姿を見かけるのだが……。

ある期間は自由にロボトル可能で、強敵ではあるもののそれぞれのパーツを一式入手可能。

主人公のメダルと相性の良い高性能なパーツなのでぜひ手に入れよう。

テルル

ゲーム冒頭でテンマが所有していたパートナーメダロット（カブトverではクマのぬいぐるみ型「アレクベア」、クワガタverではマスコット型「ラピラピ」のパーツを装備している。いずれも女性型）。

開始早々に些細なことから喧嘩になり、コンビ解消を言い渡してテンマの前から去ってしまう。

その後はテンマの妹、アサヒのメダロットになった模様。

クニギク（シノザキクニギク）

MEDA学院三年生で、ドが付くほどのマイナー部「探検部」の部長。成り行きでテンマを探検部に引き入れる。

何気に頭は良いらしいが、重度のロマン至上主義者でもっぱら自分が興味を持った事柄しか相手にしない、そもそも傍から見れば何にロマンを見出しているかの基準もよくわからないという、典型的な変人キャラ。

とにかく適当で投げやりな性格にはテンマもよく振り回されることに。

ストーリーの進行＆学園内各地で生徒たちと会話を積極的に行い情報を集めていくと彼の過去についてある仮説が浮上してくる。

サンゴ

クニギクのパートナーメダロット。男性メダロッターが女性型機体を相棒にするというパターンは何気にちょっと珍しい。

性格は温和であまり自己主張はしない方だが、何だかんだで探検部内のメダロット達とは仲が良い模様。

人魚型機体「マリンヒーラー」のパーツを装備している。

ミオ（シラカベミオ）

テンマが編入してきた、MEDA学院一年C組の女子生徒。

本作のヒロイン……と言うべき立ち位置のキャラだが、容姿は確かに可愛いながらも性格は極めて尊大、自分で自分を世界一可愛いと思っている自己中心的な超問題児という、いわゆる残念な美少女。

MEDA学院入学後、アイドル部に入部していたのだが、その性格が災いして他の部員と全く反りが合わず、テンマが学院に来た頃には既に退部して、部活無所属になっていた（しかし、アイドル志望としての歌や踊りの実力は紛れもなく本物である）。

パートナーメダロットの「ラピス」にだけは心を開いている。

……逆に言うと、作中よくよく見てみると教室内にいる時にテンマ以外のキャラと関わるようなシーンが全く無いため、恐らくは…………。

当初はそのラピスが何故か行方不明になってしまっていたので、転入生のテンマにラピス捜索の協力を頼んで（というより無理矢理押し付けて）、その見返りとして廃部寸前の探検部への入部をさせられることに。

ストーリーが進行すると人格的にも成長し、主人公の妹や同世代の女子の間ではかなりの有名人であると発覚する。

ラピス

ミオのパートナー。主人の問題児ぶりとは裏腹に、人当たりが良く世話焼きな性格。

アイドル型機体「ディアステージ」のパーツを装備している。

上記の通り、冒頭ではミオの下から姿を消してしまっていたので、ミオは「アイドル部をやめたことで、部員がウチのメダロットを隠して嫌がらせをしているのではないか」と思い込んでいたが……。

リョウマ（キクスイリョウマ）

MEDA学院二年生。実は元から探検部に所属していたのだが、部長のクニギクがあまりにも何もしないので一人で勝手に島中のフィールドワークに勤しんでいたという逞しい人。

テンマ入部後は部内の兄貴分として、精力的にメンバーを率いていく。ぶっちゃけ探検部の真のリーダーはむしろ彼。

メダロットの整備が得意で、作中「こんなこともあろうかと」と言いながら探索向けの可変メダロットを取り出したりするシーンも。序盤にとあるメダロットのデータ収集のため一度だけロボトルすることになる。

ギンセイ

リョウマのパートナーメダロット。性格はノリが良くてわかりやすい熱血漢。

自動車型機体「ランドレイダー」を装備している。

マイン（コニシマイン）

MEDA学院二年生だが、飛び級しているので年齢は恐らく10歳くらいという超天才少女。

真型メダロットのビート（カブトver主人公機）を模したっぽいメカアーム付きヘルメットが特徴。ちなみにこれを脱ぐと実はロングヘアーだったりする。

一応生徒なのだが、普段は自室で研究作業に勤しんでいるので教室にはほとんど顔を出さず、学院側も彼女だけは特例としてそれを黙認している。

当初はメダロット研究会という部に属していたが、学院内のロボトル大会（この際、一回だけロボトル可能）を経た後、色々あって探検部に引き抜かれることに。

あまりにも天才過ぎてやることなすことがハイレベル過ぎ、常人には到底ついていけない発言を連発する、というタイプの天然キャラ。たまに暴走するが基本的に良い子でこの手のキャラにしては常識もわきまえていて結構礼儀正しい。

タイタニア

マインのパートナーメダロット。

兵器型メダロット（つまり、あの悪名高いビーストマスターやゴッドエンペラーの同系列機である）「デスプロビデンス」のパーツを装備している。

物凄くごっつい見た目のコワモテキャラ……かと思いきや、いざ喋り出すと左右反転表示されたひらがなだけで喋る、しかもすごく読み辛いながらも、きちんと読んでみると言ってること自体は物凄く爽やかな好青年調という訳の分からなさが魅力の、作中屈指の萌えキャラ。

ちなみにテンマは「何を言っているのかが全くわからない」と言いたげな反応を見せていたが、マインとはちゃんと意思疎通できており、とても仲が良い模様。通称は「タイちゃん」。

頭にマインを乗せて移動しているシーンがちらほら確認できる。

尚、デスプロビデンスは前作メダロット8において、ロボロボ団が丹精込めて製作した最新鋭機という扱いで登場していたのだが、本作ではなんでまたそんな物騒なモンを一学生が平然と所有しているのかは謎。周回すると彼の参入時にプロトタイプ（しさくいちごうき、しさくにごうき、しさくさんごうき）のパーツも一緒に手に入る。