新たなる戦い〜ヴァージョンアップ・ファイト!〜

根源的破滅招来体によって汚染されたクリシスは、ダニエルらアルケミー・スターズの手によって全ての接続を解除・凍結した。ダニエルは石室コマンダーや千葉参謀に謝罪するが、2人は「ダニエル達に責任はなく、コンピューターに人類の運命を委ねることは出来なかったんだ」と述べ、さらに「人間の運命は人間が自分で切り開くんだ」と伝え、ダニエルを励ました。

その頃、我夢は筋トレを行っており、その場に居合わせたチームクロウの樹莉と慧になぜ筋トレをしてるのかと問われると、「戦うなら身体を鍛えなければならないって友達に言われた」と応え、ジムを後にした。共にトレーニングしていた稲城リーダー曰く、「自分の中にある何かと必死で戦ってるみたいだった」という。

その夜、我夢は自室でエスプレンダーに収まっている赤と青の2つの光を見つめ、これまでの戦いを振り返っていた。アグルがいなければ勝てなかった戦いもあり、そんなアグル＝藤宮は光を手放して姿を消したため、これからは1人で戦わなければならないことに我夢は不安を募らせていた。

すると、我夢のパソコンに母・重美からのEメールが届いた。

少しはお前のことが判るかなと思って、

コンピューターを買ってみましたがまだまだです。

父さんも母さんも元気です。

身体に気をつけて、お仕事頑張って下さい。

翌日、我夢は休暇を申し出て城南大学へ顔を出しに行くが、春休みだったこともあり誰もいなかった。その後も街の中を歩いていくが、最終的に当てが外れたことでエリアル・ベースに戻ってきた。

その時、ダニエルから緊急連絡が入った。

なんとクリシスは凍結されてなかった。クリシスから放たれたプログラムがG.U.A.R.D.ヨーロッパのメインコンピューターに侵入したという。システムダウンの直前にクリシスが最後に放った命令が独立したプログラムとしてネットワーク上に生き残っていたのだ。その亡霊のような感じからコマンダーは「クリシスゴースト」と呼称した。

その時、クリシスゴーストがコンピューターウイルスとしてエリアル・ベースに侵入し、システムを麻痺させていく。サブシステムも汚染され、全てのシステムがやられてしまえばリパルサーリフトは停止し、エリアル・ベースは墜落してしまう。速すぎる敵の動きに翻弄され、全乗員の退艦及びエリアル・ベースの自爆もやむを得ない事態になった時、ジョジーが遊びで作ったというジョイスティック型デバイスを接続し、それを敦子が使って元ゲーセン荒らしの腕を生かしてクリシスゴーストを撃退、エリアル・ベースの全システムが復旧した。だが、ジオ・ベースもクリシスゴーストの侵入を受けてしまい、F4ラボが全機能を奪われてしまっていた。F4ラボには、かつて地球を襲った金属生命体・アパテーとアルギュロスの破片サンプルが保管されていたのだ。クリシスゴーストの本当の狙いは活動するための身体を得ることだった。ジオ・ベースの全職員が緊急退避し、現場にチームライトニング、チームクロウが駆けつける。

F4ラボのデータを完全に飲み込み、金属生命体の反応が増大し警戒するファイターチーム。

だが、見覚えのある赤い光の柱が突然現れ、そしてそこから現れたのはなんと……