概要
県立豊橋東高校⇒筑波大学⇒NTT西日本を経て2005年の大学生・社会人ドラフト会議で、中日ドラゴンズから3位指名。
大学3年の時スイッチヒッターに転向し、プロ入り時は一時右打ちに戻したが再度転向。強肩（本人は手首が強いと言っている）、俊足でパンチ力があるがシーズンを通してはなかなか活躍できないでいた。しかし守備に関しては落合博満が監督の頃「藤井は守備だけで一生飯が食っていける」と言ったほど評価されていた。
- 2014年8月5日・2015年5月20日の対広島東洋カープ戦は、地元・豊橋市民球場での中日主催試合となりホームランを放つなど大活躍、中日ファンの間では「藤井淳志＝豊橋で活躍」のイメージがすっかり定着した。
- 齊藤信介（現:中日球団職員）や脇谷亮太（巨人⇒西武）は社会人時代の同僚。ファンサービスの精神が旺盛な一方、おしゃれな選手でもある。
- 入場曲はTHE BLUE HEARTSの『キスしてほしい』だが、同じTHE BLUE HEARTSの『TRAIN-TRAIN』やカウボーイビバップのOP『Tank!』を使っていたこともある。
現役晩年の2020・2021年は二年連続で1軍出場がなく、若手積極起用のあおりを受け2021年9月28日に現役引退が発表された。
引退後は、CBCテレビの副音声解説者・東海ラジオのコメンテーターを2022年から務める。
国公立大学出身の野球選手
藤井は現役選手で珍しい国公立出身者だったが、中日の国公立大学出身選手はプロ野球に在籍10年以上と結構息が長い。中日選手で他の国公立大学出身者選手は次の通り。
東京大学から1966年・第2次ドラフト3位で入団。投手として1勝、外野手に転向して主に守備固めや代走で起用。1976年引退後サラリーマンを経て1978年から中日のコーチやフロント、東海ラジオ解説者（1987年 - 1991年にフロント業務と並行）、球団代表も務めて2015年の退任まで50年以上（選手として9年）中日に在籍した。
2019年11月、母校・東京大学野球部の監督に就任した。
北九州市立大学から2004年・ドラフト2巡目で入団。先発として起用、2014年に福岡ソフトバンクホークス、2019年オフ阪神タイガースに移籍。2021年引退。生涯成績は通算297試合登板、100勝79敗1セーブ、防御率3.75。引退後ソフトバンクの三軍投手コーチに就任。
大学別出身者
※太字は2024年現在現役
支配下登録選手
国立大学
※前身の学校時代の選手も含む。
| 大学名 | 人数 | 出身選手と入団チーム |
| 筑波大学 | 7人 | 西本和美（巨人）、渡辺正人（ダイエー）、小林昭則（千葉ロッテ）、杉本友（オリックス）、藤井淳志（中日）、坪井俊樹（千葉ロッテ）、寺田光輝（横浜DeNA）、佐藤隼輔（埼玉西武） |
| 東京大学 | 6人 | 新治伸治（大洋）、井出峻（中日）、小林至（ロッテ）、遠藤良平（日本ハム）、松家卓弘（横浜）、宮台康平（日本ハム） |
| 東京学芸大学 | 2人 | 栗山英樹（ヤクルト）、加藤武治（横浜） |
| 横浜国立大学 | 2人 | 長富政武（大洋）、北川智規（オリックス） |
| 大分大学 | 1人 | 荒巻淳（毎日大映） |
| 愛媛大学 | 1人 | 重松省三（大洋） |
| 鳥取大学 | 1人 | 山根俊英（大毎） |
| 高知大学 | 1人 | 福田岳洋（横浜） |
| 広島大学 | 1人 | 久保祥次（広島） |
| 和歌山大学 | 1人 | 久喜勲（西日本） |
| 京都大学 | 1人 | 田中英祐（千葉ロッテ） |
| 滋賀大学 | 1人 | 関口雄大（横浜） |
| 静岡大学 | 2人 | 杉山光平（近鉄）、佐藤啓介（広島） |
| 千葉大学 | 1人 | 稲垣正夫（東映） |
| 群馬大学 | 1人 | 神田直輝（巨人） |
| 秋田大学 | 1人 | 滝田政治（急映） |
| 北海道教育大学岩見沢校 | 1人 | 齊藤誠人（埼玉西武） |
公立大学
| 北九州市立大学 | 2人 | 中田賢一（中日）、平田真吾（横浜DeNA） |
※前身の北九州大学時代に森山良二（中退、西武⇒横浜）を輩出。指導者として横浜、西武、福岡レッドワーブラーズ（独立リーグ・監督）、楽天を経て現・福岡ソフトバンクホークスの投手コーチ。
因みに、
プロ野球の監督経験者
栗山英樹（北海道日本ハム：2012年～2021年、後に日本代表監督も経験。）
プロ野球のコーチ経験者
井出・中田の他に加藤武治（現：北海道日本ハム二軍投手コーチ）、荒巻淳、重松省三、山根俊英らがいる。
審判員経験者
久喜勲
プロ野球のフロント経験者
東京大学の井出のほか、同じく東大の新治伸治が大洋球団の非常勤取締役、横浜ベイスターズ球団顧問を務めた。
アマチュア野球の指導者
- 大学野球の監督：井出
- 高校野球の監督：小林昭則、杉本友
等がいる。
育成ドラフトからの支配下登録
- 滋賀大学の関口は 2007年に横浜から育成ドラフト1巡目指名、翌年のオフに支配下登録。
- 北海道教育大学岩見沢校の齊藤は2017年に西武から育成ドラフト2位指名、2019年6月に支配下登録。
- 静岡大学の佐藤は2023年に広島～育成ドラフト2位指名、翌年6月に支配下登録。
育成選手
※支配下登録されていない選手。
2011年
| 岩手大学 | 三浦翔太 | 投手 | 福岡ソフトバンク・育成選手ドラフト3位 |
2019年
2020年
| 筑波大学 | 奈良木陸 | 投手 | 巨人・育成ドラフト9位 |
2022年
| 京都大学 | 水口創太 | 投手 | 福岡ソフトバンク・育成ドラフト7位 |
2024年、指名された選手は次の通り。
- 静岡大学・安竹俊喜捕手が広島から育成ドラフト３位指名
- 小樽商科大学・早川太貴がクラブチームを経てくふうハヤテから育成ドラフト３位で阪神から指名。
