　時間断層工場内のコントロール艦〈プロメテウス〉で、〈銀河〉建造のための作業指揮を執っていた。土星沖海戦の際は、中継されたものを〈プロメテウス〉艦内で観ていた模様。海戦の様子に対して、特に言及はしていない。シナリオ集、絵コンテ集では、ガトランティスの侵攻に対して、「コスモリバース（CRS）の奇蹟は、もう起きない」と断言し、自らが危機を乗り越えねばならない事を語っている。

　さらに、同シナリオ集や絵コンテ集内で、〈銀河〉クルーである航海長市瀬美奈が「戦闘に感情は不要」と言い切り、星名透から「君は自らを機械化する事も出来るか？」という問いに意味深な笑みを浮かべたが、藤堂早紀自身も、自らの力で危機を切り抜ける為には、身体を機械化させることも辞さない考えを示している。

第六章（ネタバレ）

　土星沖海戦で大敗した地球防衛軍艦隊の後に到着し、破滅ミサイルで撃沈寸前だった〈アンドロメダ〉を、巨大な波動防壁で間一髪のところで防いだ。またガミラス艦隊と地球艦隊残存艦（と思われる）が〈銀河〉の両側に布陣し、白色彗星の侵攻を『ガミラス臣民の壁』の妨害で妨げ、時間稼ぎに出た。

　白色彗星に飲み込まれる寸前に脱出したヤマトクルーの一部要員を、今後のG計画達成の為として〈銀河〉の艦橋要員に配置させる。クルーの能力をデータとしてフィードバックし、自律運用を完成に近づける為だとしている。

　損耗した戦力を増強させるために、地球の時間断層工場による大量生産が始まっていたが、より多くの波動砲艦を揃える為の時間稼ぎを決定する。白色彗星から出撃するガトランティス軍の後続部隊（多数のカラクルム級戦闘艦と破滅ミサイル搭載型ミサイル戦艦）を撃破する為に、〈銀河〉が中心となっての攻勢に出た。

　〈銀河〉のCRSによって連合艦隊の防御力を強化し、ガトランティス軍の注意を引き付ける。そこへ無人戦闘機ブラックバードを投入する。大艦隊の中へ無人機を送り届ける為に、志願者である加藤三郎を有人機に載せて送り出した。

　敵艦隊内で、ブラックバードに内蔵された大量の波動コアがばら撒かれるも、予想以上の迎撃力で波動コアが破壊されていってしまう。指揮AIであるブラックアナライザーの判断で、早期のCRS発動が提案され、加藤機が影響圏内に要るにも拘らず、早紀もそれを承認してしまった。CRSの発動によって波動コアが共鳴現象を引き起こし、ガトランティス軍を一瞬のうちに行動不能にせしめたうえ、破滅ミサイルの誤爆連鎖で壊滅した。

　白色彗星が動き出すまでに、白色彗星が及ぼす重力傾斜のデータ観測を実施し、ギリギリ離脱できる範囲を測定していた。後にイーターⅠで『ガミラス臣民の壁』を破壊されたうえで火星付近までワープされたのに続き、〈銀河〉も追跡のためワープする。

　〈銀河〉が木星を通過した時点で、連合軍は５０％の損害を受けたことから、ブラックアナライザーがG計画を優先すべく戦線不参加と、艦の指揮権の一部委譲を提案する。機械が指揮権を持つことに、さしもの島は驚愕し、さらにG計画に疑惑を持つ真田が改めて問いかける。ここで初めて、G計画が人類存続のための途方もない計画である事が、早紀の口から明かされた。

「恐怖に勝つには、私達が恐怖になるしかない」

　人間らしさを残しては、この弱肉強食の世界では地球は生き残れないと判断していた。

　直後、〈アンドロメダ改〉の山南修から、〈ヤマト〉生存の報告を受け、なおかつ〈アンドロメダ改〉単艦による重力源破壊を試みる旨を聞かされる。無謀な案だが、真田が、CRSを利用しての波動砲なら破壊できる可能性があると提案。片やCRSの破損を理由にG計画優先と続けるブラックアナライザー。２つの主張を受け、早紀の心情が次第に揺れ動き始めていた。

　そこへ土方の通信が艦内に流れる。特攻して差し違えいようとする山南へ、そしてその場にいる者達へ向けて。

「人間は弱い、そして間違える。それがどうした。機械は恥を知らない。生きろ、生きて恥をかけ。間違えるのも、恥をかくのも、人間の特権なんだ！」

　土方の声を受け、揺れ動いていた早紀は決心し、指揮AIによる指揮を拒絶する。G計画を推し進めるブラックアナライザーを銃で破壊し、指揮権を自身に戻した。単艦で重力源破壊へ挑む山南を援護すべく、〈銀河〉を〈アンドロメダ改〉の後方に付けるとCRSを最大稼働させる。下手をすればCRSが失われる可能性もあったが、それに構わず、彼女は〈ヤマト〉救出の為にCRSを発動させた。

「この艦は、私達の……人間の艦だ！」

　自身の決意を滲ませた結果として、彼女の決断によって重力源の破壊を成功させ、〈ヤマト〉も〈アンドロメダ改〉によって救出されるにいたった。

　戦闘後、父である藤堂に事情を報告する。上司と部下の呈であったが、藤堂が父としての責務を中々果たせなかったことを口にし、通信を切られる直前に、久々の父子としての会話を口にする。母の死を切っ掛けに機械的・合理的思考に走っていた彼女は、今回の一件から人間として生きる事を決意し、自身の考えを改めたことを父藤堂に告白した。

　〈ヤマト〉に装備を譲り、決戦に向かう姿を、艦橋で見送った。その際、彼女は心に誓った。

「私は、人間でありたい。どんな事に成ろうとも、最後の１秒まで……」

過去（ネタバレ）

　早紀は、母の愛情を受けて育った明るい娘であった。しかし、母は、ガミラスの遊星爆弾によって、地表から地下への生活を余儀なくされ、日に日に絶望が迫る生活に耐えかね、早紀と夫を残して自殺してしまった。

　この事件が、早紀に対して大きな心の変化をもたらしたと考えられる。心が優しくても、弱いのでは意味がない。そして、自分は母に置いて行かれたと思い込んでしまった彼女は、人間の弱い心を捨て、感情を捨てなければ過酷な世界で生き残れない……と決意してしまったと考えられる。

　しかし、機械的・合理的な思考になった彼女だったが、元より心優しい性格だった為か、完全に人間の感情を切り捨てる事は出来なかった模様。それは、ブラックアナライザーの無情な提案に対して次第に躊躇いの表情を見せていたことからも窺える。また、父との通信のやり取りからも、娘らしい「お父さん」という言葉からも、窺えるであろう。

　もし、彼女が心の芯まで冷酷になっていたのであれば、ブラックアナライザーを破壊せず、真田の意見具申も突っぱねていたであろう。

　最後に土方が投げかけた言葉が引き金となって、彼女は、人間らしい生き方に戻ることとなった。

第七章（ネタバレ）

　終盤、火星域で待機していたところ、ヤマトで滅びの方舟へ特攻して地球人が逃げる時間稼ぎを行うことを決意した古代進から第二の地球探しをお願いされる。しかし、テレサの力を得たヤマトが滅びの方舟を消滅させたため、実行はされなかった。

　戦後は〈銀河〉で破壊された月の修復作業に従事。

　時間断層奥深くの高次元世界の辺端に古代と雪が取り残されていることが判明すると、2人の救出のため〈銀河〉のCRS増幅装置を使って時間断層を崩壊させ、そのエネルギーでヤマトを高次元世界へ送り出す役目を担った。

余談

　彼女の母親の千晶を演じた杉山佳寿子は、『宇宙戦艦ヤマトⅢ』にて平九郎の孫娘である晶子を演じている。十中八九狙っての配役だろう。

　第21話での母親の自殺方法は、本編だと飛び降りだが脚本だと風呂場での自殺（おそらくリストカット）であり、早紀は中学生という多感な時期に自殺した母親の遺体を目の当たりにするという本編よりも辛い内容となっている。

　ちなみにその直前の母親が早紀の手を放すシーンについて、早紀側が手の位置・サイズおよび声色的にどう見ても小学生くらいにしか見えないのだが、実際には劇中から10年前の出来事なので彼女は既に高校生である（ガミラス大戦勃発時点でも中学生）。まだ細かい年齢が確定していないであろう脚本段階でも上記の通り中学生頃とされているので、おそらくは絵コンテを切った人の確認不足と思われる。